Кокус праймерлер менен олиго dT ортосундагы негизги айырма кокус праймер бардык мүмкүн болгон гексамер олигонуклеотиддердин аралашмасы болуп саналат, ал эми олиго dT праймери 12–18 дезокситимидиндердин бир саптуу созулушунан турат.
Тескери транскрипция – бул кДНКны mRNA же РНКнын каалаган түрүн колдонуу менен синтезделе турган механизм. КДНКны өндүрүү үчүн тескери транскриптаза ферменти жана башка керектүү компоненттер, өзгөчө шаблон жана праймерлер камсыз кылынышы керек. Праймерлер - максаттуу тизмектерди күчөтүү үчүн атайын иштелип чыккан кыска ДНК тизмеги. Кокус праймерлер жана олиго dT праймерлер тескери транскрипцияда колдонулган праймерлердин эки кеңири таралган түрү. Демек, туш келди праймер же олиго dT праймер - бул тескери транскрипцияны баштоо үчүн тескери транскриптаза үчүн талап кылынган кыска ДНК олигонуклеотиддердин тизмеги. РНК шаблонуна жараша, ылайыктуу праймер бул эки праймер түрүнүн ичинен тандалып алынышы мүмкүн.
Кокус праймерлер деген эмне?
Кокус праймер – бардык мүмкүн болгон гексамер ырааттуулугун билдирген олигонуклеотиддердин аралашмасы. Кокус праймердин праймер ырааттуулугу 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T же C. Ошондуктан, туш келди праймерлерди ДНК полимераза же тескери транскриптаза менен бир катарлуу ДНКны же РНКны күчөтүү үчүн колдонсо болот, тиешелүү түрдө. Мындан тышкары, туш келди праймер аралашмасы кДНКны түзүү үчүн РНКнын бардык аймактарын күчөтүүгө жөндөмдүү. Ошентип, ал ар кандай узундуктагы cDNA өндүрөт.
01-сүрөт: Кокус праймерлер
Эң негизгиси, туш келди праймер аралашмасы шаблондун өзгөчөлүгүн көрсөтпөйт. Ал мРНКны жана башка РНК түрлөрүн айырмалай албайт. Жана, ал үлгүдөгү РНКнын каалаган түрү менен кошулат. Бирок, туш келди праймер аралашмасы поли(A) куйругу жок РНКлардын тескери транскрипциясы үчүн ылайыктуу, мисалы рРНК, тРНК, коддолбогон РНКлар, кичинекей РНКлар, прокариоттук mRNA ж.б., бузулган РНК жана белгилүү экинчи структурасы бар РНК.
Oligo dT деген эмне?
Oligo dT праймери 12 – 18 дезокситиминдин (dT) узундугу. Праймер ырааттуулугу 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3 катары көрсөтүлүшү мүмкүн. Бул поли(А) куйругун камтыган мРНКдан cDNA өндүрүү үчүн колдонулат. Негизинен, ал тескери транскриптаза менен катализденген реакция үчүн праймер катары иштейт. Тескери транскрипция учурунда олиго dT праймери көпчүлүк эукариоттук мРНКлардын 3´ учунда табылган поли-аденилденген куйругу менен эритип, процессти баштайт.
02-сүрөт: Oligo dT Primer аркылуу тескери транскрипция
Кокус праймерден айырмаланып, олиго dT праймери бузулган РНК же поли(А) куйругу жок РНК үчүн, анын ичинде прокариоттук РНК жана микроРНК үчүн ылайыктуу эмес.
Кокус праймерлер менен Олиго dT менен кандай окшоштуктар бар?
- Кокус праймер жана олиго dT праймер тескери транскрипцияда жана cDNA түзүүдө колдонулган праймерлердин эки түрү.
- Кокус праймер менен олиго dT праймерди чогуу колдонуу cDNA синтезинин сезгичтигин жогорулатат.
- Алар бир тилкелүү кыска нуклеотиддик тизмектер.
Кокус праймерлер менен Олиго dT ортосунда кандай айырма бар?
Кокус праймер – кокус ырааттуулуктан турган кыска олигонуклеотиддик ырааттуулук. Ошол эле учурда, oligo dT праймер 12 18 дезокситимидиндердин турган кыска жип болуп саналат. Ошентип, бул кокус праймерлер менен олиго dT ортосундагы негизги айырма. Кокус праймердин ырааттуулугу 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T же C. Ал эми олиго dT праймеринин ырааттуулугу 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3´. Ошондуктан, биз муну кокус праймерлер менен олиго dT ортосундагы дагы бир айырма катары карасак болот.
Мындан тышкары, туш келди праймерлер шаблондук өзгөчөлүктү көрсөтпөйт жана алар РНКнын кандайдыр бир түрү менен эришет, ал эми олиго dT праймерлер эукариоттук мРНКнын поли(A) куйруктары үчүн өзгөчөлүктү көрсөтөт.
Төмөнкү инфографика кокус праймерлер менен олиго dT ортосундагы айырманы жалпылайт.
Кыскача маалымат – Кокус праймерлер жана Олиго dT
Кокус праймер жана олиго dT праймер кДНК синтезинде колдонулган праймерлердин эки түрү. Кокус праймер бардык мүмкүн болгон гексамер ырааттуулугун билдирген олигонуклеотиддердин аралашмасынан турат, ал эми олиго dT праймер 12ден 18ге чейин дезокситимидиндердин бир катарлуу ырааттуулугу. Ошентип, бул кокус праймерлер менен олиго dT ортосундагы негизги айырма. Мындан тышкары, олиго dT праймерлери поли(А) куйругу бар РНКнын толук узундуктагы тескери транскрипциясы үчүн пайдалуу, ал эми кокус праймерлер РНКнын көпчүлүк түрлөрүн, анын ичинде бузулган РНКны, поли(А) куйругу жок РНКны жана РНКны камтыган тескери транскрипция үчүн пайдалуу. экинчи даражадагы структуралар. Демек, туш келди праймер шаблондун өзгөчөлүгүн көрсөтпөйт, ал эми олиго dT праймери поли(A) куйругун камтыган эукариоттук мРНКга карата өзгөчөлүктү көрсөтөт.
