Негизги Айырма – Генотиптештирүү vs Секвенция
Генотиптөө жана секвенирлөө - бул нуклеиндик кислоталар, негизинен организмдин ДНКсы жөнүндө маалымат алуу үчүн аткарылган эки ыкма. Генотиптөө менен секвенирлөөнүн ортосундагы негизги айырма генотиптөө - бул маркерлердин жардамы менен индивиддин кайсы генетикалык вариантка ээ экендигин аныктоо процесси, ал эми секвенирлөө ДНКнын берилген фрагментиндеги нуклеотиддердин ырааттуулугунун туура тартибин аныктоо болуп саналат.
Генотиптөө деген эмне?
Генотиптөө – бул ДНКнын жана маркерлердин ырааттуулугун колдонуу менен инсандын генетикалык түзүлүшүн аныктоо жана анын тукум куулугун салыштыруу жана идентификациялоо. Генотиптөө эволюциялык биологияда, популяциялык биологияда, таксономияда, экологияда жана организмдердин генетикасында маанилүү. Ал ар кандай ыкмалар менен аткарылышы мүмкүн, анын ичинде ДНК секвенциясы, полимераздык чынжыр реакциясы, чектөө фрагментинин узундугу полиморфизми (RFLP), туш келди күчөтүлгөн полиморфтук аныктоо, күчөтүлгөн фрагменттин узундугу полиморфизми (AFLP), ДНК микроаррейлери ж.б.
Генотиптөө ДНК тизмегинин өзгөчө кичинекей фрагменттерин секвенирлөө жана генетикалык маркерлерди колдонуу менен башка адамдар менен генетикалык курамдын байланышын табууну камтыйт. Ал жеке адамдардын же конкреттүү аллельдердин ортосундагы жалгыз нуклеотиддик полиморфизмдерди (SNPs) аныктайт. Генотиптөө организмдердин кеңири чөйрөсүнө, анын ичинде адамдарга да тиешелүү. Ал ошондой эле вирустар, козу карындар ж.б. сыяктуу микроорганизмдерге да тиешелүү жана алардын генетикалык варианттарын шилтеме профилдери менен аныктоо үчүн колдонулушу мүмкүн. Молекулярдык эпидемиологияда жана соттук микробиологияда патогендерди, өзгөчө микроорганизмдерди контролдоо генотиптөөдөн алынган маалымат менен жүргүзүлөт. Асыл тукум анализинде генотиптөө абдан маанилүү. Адамдар энеликти жана аталыкты тастыктоо үчүн генотипке бөлүнөт. Генотип конкреттүү белгилерди чечүүчү гендердин басымдуу жана рецессивдүү аллелдерин ачып берет.
1-сүрөт: RFLP генотиптөө
Секвенация деген эмне?
Секвенирлөө – бул ДНКнын же РНКнын берилген фрагментиндеги нуклеотиддердин туура тартибин аныктоо процесси. Организмдин өсүшү жана өнүгүшү үчүн зарыл болгон дээрлик бардык маалыматтар анын геномунда коддолгон. Бир нече жүздөгөн нуклеотиддүү нуклеин кислоталарынын фрагменттерин өндүрүү жана бөлүп алуу ыкмаларынын болушу ДНКнын же РНКнын берилген фрагментинин нуклеотиддердин так ырааттуулугун аныктоо процедураларын иштеп чыгууга алып келди. Бүгүнкү күндө секвенирлөө ыкмаларынын ар кандай түрлөрү бар. Бул секвенирлөө ыкмалары организмдин бүт геномун чагылдырган геномдук китепканаларды куруу технологиялары менен бирге ошол организмдин бүт геномунун секвенирлөөсүнө көмөктөшөт, ген структураларын, ген функцияларын, гендердин жайгашкан жерлерин, ген экспрессияларын терең талдоо, гендик карта түзүү, генди жөнгө салуучу аймактар ж.б.
Көптөгөн вирустардын, бир нече бактериялардын, архебактериялардын, ачыткылардын жана кээ бир башка организмдердин жалпы геномдору тизмектелген жана картага түшүрүлгөн. Адам геномунун долбоору бүт адам геномунун ырааттуулугун жана картасын түзүүгө жана анын биринчи долбоорун 2003-жылы жарыялоого мүмкүндүк берди. Бул биологиянын өнүгүшүндөгү негизги этап болуп саналат. Адам геномунун тизмеги азыр медицина тармагында сейрек кездешүүчү оорулардын генетикалык себептерин аныктоо, жаңы төрөлгөн ымыркайлардын оору коркунучун текшерүү, ар кандай рактын генетикалык деталдарын аныктоо, жаңы терапияларды иштеп чыгуу жана жаңы диагностикалык каражаттарды иштеп чыгуу ж.б. үчүн колдонулат.
Өсүмдүк дүйнөсүндө күрүчтүн геному жана Арабидопсис геномдору ырааттуу түрдө тизилген. Бул тизмектерди билүү клеткалар менен организмдердин иштеши жөнүндөгү түшүнүгүбүздү өзгөртөт.
2-сүрөт: Сангер секвенирлөөнүн авторадиографиясы
Генотиптөө менен секвенирлөөнүн ортосунда кандай айырма бар?
Генотиптөө жана ырааттуулук |
|
| Генотиптөө – инсандын генетикалык курамын аныктоо жана ал организмдин тобун же таксономиясын текшерүү процесси. | Секвенирлөө – берилген ДНКнын же РНК фрагментинин нуклеотиддеринин так тартибин аныктоо процесси. |
| Техникалар | |
| RFLP, Ген секвенциясы, ПТР, ДНК микроэлементтери, AFLP ж.б. | Сэнжер секвенциясы, Гилберт секвенциясы, Пиросеквенирлөө, Кийинки муундун секвенциясы, Мылтыктын секвенциясы ж.б. |
| Негизги тынчсыздануулар | |
| Бул генотиптин айырмачылыктары фенотиптин чыныгы айырмасын берип жатабы деген суроого көбүрөөк маани берет. | Бул нуклеотиддердин тартиби жана анын айырмачылыктары жана башка организмдер менен өзгөрүшү көбүрөөк кызыкдар. |
Кыскача маалымат – Генотиптештирүү жана ырааттуулук
Генотип жана секвенирлөө организмдердин генетикалык маалыматын изилдөө үчүн пайдалуу. Генотиптөө – индивиддердин ортосундагы генотиптин вариацияларын аныктоо жана алардын категорияларын табуу процесси. Секвенирование – бул кызыккан фрагменттеги же ДНКнын аймагындагы нуклеотиддердин туура тартибин аныктоо процесси. Эки техника тең гендер жана геномдор жөнүндө маанилүү маалымат берет.
