Иерархиялык жана бүтүндөй геномдук мылтык секвенирлөөнүн ортосундагы негизги айырма, мылтыктын иерархиялык секвенирлөөсүндө геном секвенирлөөнүн алдында чоңураак фрагменттерге бөлүнөт, ал эми бүт геномдук мылтык секвенирлөөсүндө бүт геном секвенирлөө үчүн кичинекей фрагменттерге бөлүнөт..
Секвенирлөө молекулярдык процесстерде, өзгөчө түрлөрдү так аныктоодо маанилүү ыкма. Чынында, бул гендеги же геномдогу нуклеотиддердин так тартибин аныктоо ыкмасы. Секвенирлөөнүн көптөгөн ыкмалары бар. Алардын айрымдарына Максам Гилберт методу, Сэнгер методу жана автоматташтырылган Сангер ыкмасы кирет.
Иерархиялык мылтык ырааттуулугу деген эмне?
Иерархиялык ок атуучу мылтык секвенирлөө секвенирлөөнүн бир ыкмасы. Ал ошондой эле "жогорудан ылдый секвенирлөө" деп аталат. Андан ары, бул ыкма эки этаптан турат: биринчи кадам геномду күчөтүү, экинчи кадам - геномду фрагментациялоо. Бул ыкмада геном адегенде чоң фрагменттерге кесилет. Андан кийин бул чоң фрагменттердин векторлорду же жасалма хромосомаларды колдонуу менен ар кандай хостторго клондоштуруусу жүрөт. Андан кийин, бул рекомбинантты векторлор китепканага жайгаштырылат. Мылтыктарды секвенирлөө учурунда рекомбинантты вектордук клондор өзүнчө секвенирлөөдөн өтөт. Клондордогу фрагменттер геномдун көлөмүн андан ары кичирейтүү үчүн чектөө сиңирүүсүнөн өтүп, секвенирлөөдөн өтөт.
01-сүрөт: Мылтыктын иерархиялык тизилиши
Мылтыктын иерархиялык секвенирлөөсүндө, мылтыктын секвенирлөөсүнө чейин фрагменттердин чоң бөлүктөрүн иретке келтирүү керек. Бул клондоо процессинде камтылган молекулярдык маркерлердин жардамы менен ишке ашат.
Иерархиялык мылтыктын секвенциясы азыраак чечилиштеги ген картасын түзөт. Бирок ал иреттелген ырааттуулук картасын түзөт. Ошентип, ал түз секвенирлөөдөн көбүрөөк убакытты талап кылат. Рекомбинантты вектордук китепкананы түзүүнүн эсебинен бүт процесс кечигип жатат. Бул да эмгекти кеп талап кылган техникабы. Бирок, учурда техника жумушту жеңилдетүү үчүн автоматташтырылган.
Бүтүндөй геномдук ок атуучу куралдын секвенциясы деген эмне?
Бүтүндөй геномдук мылтык секвенирлөө бир кадам секвенирлөө процесси. Бул процессте биринчиден бүт геном кыркылышы ишке ашат. Андан кийин бул кичинекей фрагменттердин ар бири туш келди секвенирлөөдөн өтөт. Тиешелүү аяктагандан кийин ырааттуулуктарды талдоо жүргүзүлөт. Ырааттуулукту талдоо учурунда бири-бирин кайталаган ырааттуулуктар алынып салынат жана талдоо иреттүү процесс эмес. Ошондуктан, катарларды чогултуу иерархиялык мылтык секвенирлөөсүнө салыштырмалуу азыраак эффективдүү процесс. Бирок, бүт геномдун секвенирлөө процесси ылдамыраак жана бүт геномдун анализи бир эле учурда ишке ашат.
Иерархиялык жана бүтүндөй геномдук ок атуучу мылтыктын тизмегинин кандай окшоштуктары бар?
- Иерархиялык жана бүт геномдук мылтык секвенирлөө эки секвенирлөө ыкмасы болуп саналат.
- Экөө тең Сангер секвенирлөөсүнөн же автоматташтырылган Сангер секвенирлөө ыкмаларынан өтүшөт.
- Алар ДНК менен РНК фрагменттерин секвенирлөөдө катышат.
- Мындан тышкары, эки ыкма тең молекулярдык диагностикада жана изилдөө максаттарында маанилүү.
- Учурда эки техника тең автоматташтырылган же компьютердик.
- Эки техника тең геномдун фрагментациясына таянат.
Иерархиялык жана бүткүл геномдук ок атуучу куралдын секвенирлөөнүн ортосунда кандай айырма бар?
Иерархиялык ок атуучу мылтык секвенирлөө ырааттуулуктун кичинекей фрагменттери менен иштеген бүт геномдук мылтык секвенирлөөсүнө салыштырмалуу чоңураак өлчөмдөгү фрагменттерди жаратат. Ошентип, бул иерархиялык жана бүт геномдук ок мылтык секвенирлөөнүн ортосундагы негизги айырма. Мындан тышкары, мылтыктын иерархиялык тизилиши эки негизги кадамдан турат, ал эми бүт геномдук мылтыктын тизмеги бир негизги кадамга таянат.
Мындан тышкары, иерархиялык жана бүтүндөй геномдук мылтык секвенирлөөнүн дагы бир айырмасы, иерархиялык ок атуучу мылтыктын секвенирлөөсүнө салыштырмалуу резолюция бүт геномдук мылтык секвенирлөөсүндө жогору болот.
Төмөнкү инфографикада иерархиялык жана бүтүндөй геномдук мылтык секвенирлөөнүн ортосундагы айырма жалпыланган.
Кыскача маалымат – Иерархиялык жана бүтүндөй геномдук мылтык секвенциясы
Иерархиялык жана бүт геномдук мылтык секвенирлөө чоң геномдорду тизмектөөнүн эки ыкмасы. Иерархиялык мылтыктын ырааттуулугу - бул геном чоңураак фрагменттерге бөлүнгөн секвенирлөөнүн эки баскычтуу процесси. Ал эми, бүт геномдук мылтыктын секвенциясы бир кадам секвенирлөө болуп саналат, мында геном кичинекей фрагменттерге бөлүнүп, тике тизилген. Ошентип, бул иерархиялык жана бүт геномдук мылтык секвенирлөөнүн ортосундагы негизги айырма. Андан тышкары, техникалык аспектилер эки техниканын ортосунда ар кандай болушу мүмкүн.
