Негизги айырмасы – ПТР праймерлери менен ырааттуу праймерлер
Молекулярдык биология тармагындагы акыркы өнүгүүлөр менен предметтин ар кандай жолдорун изилдөө процесстерин оңой жана так кылган түрдүү генетикалык техникалар иштелип чыкты. ПТР жана башка секвенирлөө процедуралары эки маанилүү ыкма болуп саналат. Алар ар кандай субкомпоненттерди колдонушат. Праймерлер ПТР жана секвенирлөө ыкмалары үчүн жалпы негизги суб-компонент катары каралат. ПТР праймерлери белгилүү бир ДНК ырааттуулугун күчөтүү үчүн колдонулат, ал эми секвенирлөөчү праймерлер ДНК фрагментин секвенирлөө контекстинде анын нуклеотиддер ырааттуулугунун өзгөчө тартибин ачуу максатында колдонулат. Бул ПТР праймерлери менен секвенирлөө праймерлеринин ортосундагы негизги айырма.
ПЦР праймерлер деген эмне?
Полимераздык чынжыр реакциясы (ПТР) – белгилүү бир ДНК сегментинин бир же бир нече көчүрмөсүн көбөйтүү жана миллиондогон окшош көчүрмөлөрдү алуу үчүн молекулярдык биология тармагында колдонулган генетикалык ыкма. ПТР реакциясында ар кандай компоненттер, анын ичинде праймерлер колдонулат. Праймерлер - бул нуклеотиддердин узундугу 18-25 болгон кыска ДНК тилкелери, алар күчөтүлө турган ДНК фрагменттеринин башталышы жана аяккы аймагына шайкеш келет. Праймерлер алдыга жана арткы праймер болушу мүмкүн. Бул праймерлер ДНК фрагментине белгилүү чекиттерде байланышып, ДНК полимеразаны ошол жердеги спецификалык праймер менен байланыштырат жана жаңы ДНК тилкесинин синтезин баштайт.
Праймерлерди тандоо ПТР процессинин маанилүү аспектиси болуп саналат. Праймердин узундугун тандоо маанилүү. Идеалдуу узундук 18-25 нуклеотид болот. Эгерде узундук өтө кыска же өтө узун болсо, праймерлер так күчөтүлө турган ДНК ырааттуулугуна байланбайт. Узундугу өтө кыска праймерлер ДНК ырааттуулугунун ар кандай жерлеринде спецификалык эмес праймердин күйгүзүлүшүнө алып келет.
01-сүрөт: PCR праймерлер
Жакшы праймердеги гуанин жана цитозин (GC) мазмуну 40-60 аралыгында болушу керек. Примерди күйгүзүү температурасы жана эрүү температурасы ПЦР учурунда маанилүү факторлор болуп саналат. Эрүү температурасын так эсептөө керек жана праймерди күйгүзүү температурасы эрүү температурасынан 5 0C төмөн болушу керек. Эрүү температурасы 60 °C жана 75 °C болушу керек. Өтө жогорку же өтө төмөн температура ДНК полимераза активдүүлүгүн азайтат.
Секвендик праймерлер деген эмне?
Секвенирлөөчү праймерлер ДНК фрагментин секвенирлөө контекстинде анын өзгөчө инсандыгын ачуу максатында колдонулат. Жакшы ырааттуулук натыйжаларын алуу үчүн жогорку сапаттагы праймерлер жана шаблондор маанилүү. Ошентип, праймерлер тандалганда, алар биз ырааттуулукту каалаган белгилүү бир аймак үчүн уникалдуу болушу керек. Ал ошондой эле туура багыт менен болушу керек, мында ырааттуулуктар, адатта, праймерлердин 3'тен 5' учуна чейин түзүлөт. Ырааттуулукта чачтын илмектеринин пайда болушу сыяктуу жагымсыз өз алдынча гибриддештирүү болбошу керек. Анда гуаниндик негиздер ырааттуу пайда болбошу керек.
Праймердин эрүү температурасы (Тм) секвенирлөө шарттарына ылайыктуу болушу керек. Демек, ал 52oC жана 74oC ортосунда болушу керек. Пример катары колдонула турган олигонуклеотиддерди даярдоо ырааттуулуктун толук узундугун алуу үчүн тазаланышы керек. Эгерде олигонуклеотиддердин курамында ыпластыктар бар болсо, праймер ырааттуулугу сигнализациясы ар кандай праймердик участоктордон биригет, ошондой эле базалык клеткалардын санын азайтат.
02-сүрөт: Примерлерди иреттөө
Олигонуклеотиддин праймердик эрүү температурасы (Тм) комплементарлык ДНК тилкелери бири-бири менен канчалык күчтүү гибридделе тургандыгын аныктайт. Tm термодинамикалык эсептөө катары каралышы мүмкүн, анда ал ДНК ырааттуулугуна жана туздун концентрациясы сыяктуу бир нече шарттарга көз каранды. Tm дидеоксинуклеотиддер менен аяктаган фрагменттердин тобун өндүрүү үчүн цикл секвенциясы деп аталган вариант колдонулган ПТР учурунда маанилүү. Бул жерде секвенирленген праймер алгач альтернативалуу күйдүрүлөт, андан кийин узартылат жана акырында күчөтүү үчүн денатурацияланат. Демек, Tm мааниси 52oC жана 74o C ортосунда болушу керек. Синтезделген олигонуклеотиддерди ДНК/РНК синтез лабораторияларынан алууга болот. тандоо. ДНК секвенирлөө үчүн колдонулган синтездин кичинекей масштабы, адатта, 50 нмоль. Ошондой эле эң негизгиси секвенирлөө үчүн колдонулган праймерлер сапаттын төмөндөшүнө жол бербөөчү кирлерден таза болушу керек.
ПЦР праймерлери менен секвенирлөөчү праймерлердин кандай окшоштуктары бар?
- ПТР праймерлери жана секвенирлөөчү праймерлер экөө тең максаттуу ДНК ырааттуулугун күчөтүү процессинде колдонулган праймерлер.
- ПТР праймерлери жана секвенирлөөчү праймерлер экөө тең нуклеотиддерден турат.
- ПТР праймерлери жана секвенирлөөчү праймерлер экөө тең кыска олигомерлер.
ПЦР праймерлери менен секвенирлөөчү праймерлердин ортосунда кандай айырма бар?
ПТР праймерлери жана ырааттуу праймерлер |
|
| ПТР праймерлери – бул нуклеотиддердин ырааттуулугунун узундугу 18-25 болгон кыска ДНК тилкелери, алар күчөтүлө турган ДНК фрагменттеринин башталышы жана аяккы аймагы менен шайкеш келет. | Секвенирлөөчү праймерлер – бул ДНК фрагментин секвенирлөө контекстинде анын спецификалык идентификациясын ачуу максатында колдонулган кыска олигомерлер. |
| Функция | |
| ПТР праймерлери белгилүү бир ДНК ырааттуулугун күчөтүү үчүн колдонулат. | Секвенирлөөчү праймерлер ДНК фрагментин секвенирлөө контекстинде анын өзгөчөлүгүн ачуу максатында колдонулат. |
| Керектүү праймерлердин саны | |
| Эки праймер; бир алдыга праймер жана бир тескери праймер ПТР праймерлери катары колдонулат. | Секвендик праймер катары бир гана праймер керек. |
Кыскача маалымат – ПТР праймерлери жана ырааттуу праймерлер
Секвенирлөөчү праймерлер ДНК фрагментин секвенирлөө контекстинде анын өзгөчө инсандыгын ачуу максатында колдонулат. Процессти иштетүү үчүн бир катарлаш праймер жетиштүү болот. Жакшы ырааттуу натыйжаларды алуу үчүн жогорку сапаттагы праймерлер жана шаблондор маанилүү. Ошентип, праймерлер тандалганда, алар биз ырааттуулукту каалаган белгилүү бир аймак үчүн уникалдуу болушу керек. ПТР праймерлери – бул нуклеотиддердин узундугу 18-25 болгон кыска ДНК тилкелери, алар күчөтүлө турган ДНК фрагменттеринин башталышы жана аягы менен шайкеш келет. ПТР праймерлери алдыга жана тескери праймер болушу мүмкүн. Жакшы праймердеги гуанин жана цитозин (GC) мазмуну 40-60 диапазондо болушу керек. Примерди күйгүзүү температурасы жана эрүү температурасы ПЦР учурунда маанилүү аспектилер болуп саналат. Бул ПТР праймерлери менен Секвенция праймерлеринин ортосундагы айырма.
