Klenow менен T4 ДНК полимеразасынын негизги айырмасы Кленов фрагменти E. coli ДНК полимеразасынын 1 чоң фрагменти, ал эми T4 ДНК полимеразасы T4 бактериофагынын ДНК полимеразасы 1.
ДНК полимеразалар - алдын ала бар болгон праймердин 3′-OH учуна дезоксирибонуклеотиддерди кошуу менен ДНКнын пайда болушун катализдөөчү ферменттер. ДНК полимеразалардын ар кандай түрлөрү бар. Молекулярдык биологияда колдонулган ДНК полимеразаларынын көбү прокариоттук ДНК полимеразалар. Klenow фрагменти жана T4 ДНК полимераза прокариоттук келип чыккан ДНК полимеразалардын эки түрү болуп саналат. Кленов фрагменти - бул Э.coli ДНК полимераза 1 бактериялык протеаза субтилизин менен эки фрагментке. T4 ДНК полимераза T4 бактериофагынын ДНК полимераза 1 болуп саналат. Klenow жана T4 ДНК полимеразасы 5′→3′ полимераза жана 3′→5′ экзонуклеаза активдүүлүгүнө ээ. Экөөнүн тең 5′→3′ экзонуклеаза активдүүлүгү жок, бул аларды молекулярдык биологиядагы көптөгөн колдонмолорго ылайыктуу кылат.
Klenow деген эмне?
Кленоу фрагменти - молекулярдык биологияда пайдалуу ДНК-полимераза. E. coli ДНК-полимераза 1 бактериялык протеаза субтилизин менен протеолиттик сиңирүүгө дуушар болгондо, эки фрагмент пайда болот: бири чоң фрагмент, экинчиси кичинекей фрагмент. Кленов фрагменти - бул 68 кДа өлчөмүндөгү чоң фрагмент. Кленоу фрагменти 5′→3′ полимераза жана 3′→5′ экзонуклеаза (корректура) ДНК Пол I активдүүлүгүнө ээ. Кленоу фрагментинин 3′→5′ экзонуклеаздык активдүүлүгү полимеризациянын жүрүшү менен туура эмес кошулган негиздерди жок кылууга көмөктөшөт. Кленов фрагменти 5′→3′ экзонуклеаза активдүүлүгүн камтыбайт, ал толук узундуктагы же бүтүн Е.coli ДНК полимеразасы 1. Полимерлөө активдүүлүгү гана керек болгондо пайдалуу. Кленов фрагменттери 5' ашкан жерлерди толтуруу үчүн колдонулат, зонддорду синтездөө, секвенирлөө ДНКсы, кош тилкелүү ДНКнын синтези, cDNA экинчи тилкесинин синтези жана сайтка багытталган мутагенез.
01-сүрөт: Кленоу фрагменти
Кээ бир колдонмолордо Кленов фрагментинин 3′→5′ экзонуклеаздык активдүүлүгү да жагымсыз болуп калат. Аны Кленов фрагментин коддогон генге мутация киргизүү аркылуу алып салууга болот. Алынган Кленоу фрагменти экзо-Кленоу фрагменти деп аталат. Демек, экзо-Кленов фрагменти E. coli полимеразасынын 5′→3′ полимераза активдүүлүгүнө гана ээ.
Т4 ДНК полимераза деген эмне?
T4 ДНК полимераза – ДНКнын синтезин катализдөөчү ДНК полимераза. Бул бактериофаг T4 тарабынан коддолгон белок. Структуралык жактан T4 ДНК полимеразасы 898 аминокислотадан турган протеин (молекулярдык салмагы 103,6 кДа) болуп саналат. Ал синтезди катализдөө үчүн шаблон жана праймер талап кылынат.
02-сүрөт: T4 ДНК полимераза
Кленов фрагментине окшош, T4 ДНК полимеразасы 5′→3′ полимераза жана 3′→5′ экзонуклеаза активдүүлүгүнө ээ. Мындан тышкары, ал 5′→3′ экзонуклеаза активдүүлүгүнө ээ эмес. T4 ДНК полимеразасы ДНК фрагменттеринин 5′-чыгып турган учтарын толтуруу үчүн пайдалуу. Ал ошондой эле көбүнчө кош саптуу ДНКнын 5′-аягы же 3′-аягына белгилөө үчүн колдонулат. T4 ДНК полимераза көп туюк клондоштурууда колдонулат. T4 ДНК полимеразанын 3′→5′ экзонуклеаза (корректура) активдүүлүгү Кленов фрагментине караганда күчтүүрөөк (200 эседен ашык). Эң негизгиси, T4 ДНК полимеразасы жогорку процесске ээ (секундуна 400 нуклеотид).
Klenow жана T4 ДНК Полимеразанын кандай окшоштуктары бар?
- Klenow жана T4 ДНК полимеразасы эки прокариоттук полимеразалар.
- Эки полимераза тең 5′→3′ полимераза жана 3′→5′ экзонуклеаза активдүүлүгүнө ээ.
- Алар 5′→3′ экзонуклеаза активдүүлүгүн көрсөтүшпөйт.
- Эки ферментке тең ДНКнын синтезин катализдөө үчүн шаблон жана праймер керек.
- Бул ферменттерди 75 температурада инактивациялоого болот 0
Klenow жана T4 ДНК Полимеразанын ортосунда кандай айырма бар?
Klenow жана T4 ДНК полимераза ортосундагы негизги айырма ар бир энзимдин келип чыгышы болуп саналат. Кленов фрагменти бактериядан, ал эми T4 ДНК полимеразасы вирус болгон бактериофагдан келип чыккан. T4 ДНК полимеразасы Klenow фрагментине караганда жогорку процесске ээ. Мындан тышкары, T4 ДНК полимераза Klenow фрагментине караганда күчтүү текшерүү активдүүлүгүнө ээ. Ошентип, бул Klenow жана T4 ДНК полимераза ортосундагы дагы бир айырма.
Төмөнкү инфографикада Klenow менен T4 ДНК полимеразасынын ортосундагы көбүрөөк айырмачылыктар таблица түрүндө келтирилген.
Кыскача – Klenow vs T4 ДНК полимераза
Klenow фрагменти E. coli ДНК полимеразасынын чоң фрагменти 1. Ал болгону 5′→3′ полимераза жана 3′→5′ экзонуклеаза активдүүлүгүнө ээ. Бул бузулбаган E. coli ДНК пол 1 5′→3′ экзонуклеаза активдүүлүгүн жок. Ошондуктан, Кленов фрагменти бактериялык полимераза болуп саналат. Башка жагынан алганда, T4 ДНК полимераза T4 бактериофаг тарабынан коддолгон полимераз болуп саналат. Кленоу фрагментине окшош, ал 5′→3′ полимераза жана 3′→5′ экзонуклеаза активдүүлүгүн камтыйт жана 5′→3′ экзонуклеаза активдүүлүгүнө ээ эмес. Бирок, T4 ДНК полимеразасы Klenow фрагментине караганда жогорку процесстик жана жогорку текшерүү активдүүлүгүнө ээ. Демек, бул Klenow менен T4 ДНК полимеразасынын ортосундагы негизги айырма.
