CGH менен CGH массивинин ортосундагы негизги айырма - бул CGH - бул тестирлөө үлгүсүнүн ДНКсындагы көчүрмөлөрдүн санынын өзгөрүшүн талдоо үчүн салттуу молекулярдык цитогенетикалык метод, ал эми массив CGH - толугу менен автоматташтырылган молекулярдык цитогенетикалык ыкма. жогорку дааналыгы бар сыноо үлгүсүнүн ДНКсындагы көчүрмө санынын өзгөрүшүн талдоо.
CGH жана CGH массивдери жеке адамдардагы копия санынын вариацияларын аныктоонун эки ыкмасы. Көчүрмө санынын вариациясы геномдун кайталануучу бөлүмдөрүн билдирет. Көчүрмөнүн саны ар бир адамга жараша болот. Көчүрмө санынын вариациясы жалпысынан эки топко бөлүнөт: кыска кайталоо жана узак кайталоо. Кыска копия санынын вариациясынын эң белгилүү мисалдарынын бири - хантингтин гениндеги CAG тринуклеотидинин кайталанышы. Бул хантингтин деп аталган неврологиялык ооруну пайда кылат. Көп кайталануучу копия санынын вариациясынын эң мыкты мисалы - инсулинге каршылыкты пайда кылган альфа амилаза гени. Көчүрмө санынын өзгөрүүсүн FISH, CGH жана CGH массивдери сыяктуу ыкмалар менен аныктоого болот.
CGH деген эмне?
CGH – эталондук үлгүгө салыштырганда тест үлгүсүндөгү ДНКдагы копия санынын өзгөрүшүн талдоо үчүн салттуу молекулярдык цитогенетикалык ыкма. Ал автоматташтырылган техникага салыштырмалуу азыраак чечимге ээ. Бул техниканын максаты - ар кандай булактардан келип чыккан эки геномдук ДНК үлгүсүн тез жана натыйжалуу салыштыруу.
01-сүрөт: CGH
Процесс ДНКны эки булактан бөлүп алууну камтыйт: тест жана маалымдама. Андан кийин кийинки кадам ар кандай түстөгү флюорофорлор менен тесттик жана эталондук ДНК үлгүлөрүн көз карандысыз маркировкалоо болуп саналат. Кийинчерээк, эки ДНК үлгүлөрү бир катарлуу ДНК үлгүлөрүн алуу үчүн денатуратталган. Акыр-аягы, хромосомалардын нормалдуу метафазалык жайылышына 1:1 катышында эки натыйжадагы ДНК үлгүлөрүн гибриддештирүү жүргүзүлдү. Хромосомалык айырмачылыктарды флуоресценттик микроскоптун жана компьютердик программанын жардамы менен эки булактын ортосунда аныктоого болот. Андан тышкары, CGH ыкмасы тең салмактуу эмес хромосомалык аномалияларды гана аныктай алат.
Array CGH деген эмне?
Array CGH - бул эталондук үлгүгө салыштырмалуу сыноо үлгүсүнүн ДНКсындагы көчүрмө санынын өзгөрүшүн талдоо үчүн толук автоматташтырылган молекулярдык цитогенетикалык метод. Ал жогорку чечимге ээ жана ал салттуу CGH чектөөлөрүн азайтуу максатында иштелип чыккан. Array CGH микроаррейлерди колдонуу менен CGH принциптерин айкалыштырат. Метафазалык хромосомаларды колдонуунун ордуна, бул ыкма максат катары ДНКнын кичинекей сегменттери менен тизилген слайддарды колдонот. Бул микроаррейлер ДНКны (зонддорду) катуу айнек таянычка салуу жана кыймылсыздандыруу жолу менен жасалган. Зонддордун өлчөмү олигонуклеотидден бактериялык жасалма хромосомага чейин өзгөрүшү мүмкүн.
02-сүрөт: CGH массиви
Зонддорго карабастан, CGH массивинин негизги ыкмасы CGHге окшош. Микроаррейди камтыган зонддор даярдалгандан кийин, ар кандай түстөгү флюорофорлор менен белгиленген эки ДНК үлгүсү (сыноо жана маалымдама) аралаштырылат жана микроаррейге кошулат. Үлгүлөрдөгү ДНК денатурациядан улам бир тилкелүү болгондуктан, бул ДНК тизилген бир тилкелүү зонддор менен гибриддешет. Санариптик сүрөттөө системасын колдонуу менен эки булактын ортосундагы хромосомалык айырмачылыктарды аныктоого болот.
CGH жана Array CGH ортосунда кандай окшоштуктар бар?
- CGH жана CGH массивдери - көчүрүлгөн сандагы вариацияларды аныктоонун эки ыкмасы.
- Алар молекулярдык цитогенетикалык методдор.
- Эки ыкма тең салмактуу эмес хромосомалык аномалияларды аныктайт.
- Флюорофорлор эки ыкмага тең катышат.
- Эки ыкманы тең көчүрүү саны өзгөргөндүктөн генетикалык ооруларды аныктоо үчүн колдонсо болот.
- Алар салыштырмалуу геномдук анализде кеңири колдонулат.
CGH менен CGH массивинин ортосунда кандай айырма бар?
CGH – резолюциясы азыраак болгон сыноо үлгүсүнүн ДНКсындагы копия санынын өзгөрүшүн талдоо үчүн салттуу молекулярдык цитогенетикалык ыкма, ал эми массив CGH – сыноо үлгүсүнүн ДНКсындагы копия санынын өзгөрүшүн талдоо үчүн толук автоматташтырылган молекулярдык цитогенетикалык метод. бул жогорураак чечимге ээ. Ошентип, бул CGH менен CGH массивинин ортосундагы негизги айырма. Андан тышкары, CGHде тесттик жана эталондук ДНК үлгүлөрү хромосомалардын нормалдуу метафазалык таралышы менен гибриддешет, ал эми CGH массивинде тесттик жана эталондук ДНК үлгүлөрү микро массивди камтыган иммобилизацияланган ДНК зонддору менен гибриддешет.
Төмөнкү инфографикада CGH менен CGH массивинин ортосундагы айырмачылыктар жанаша салыштыруу үчүн таблица түрүндө келтирилген.
Кыскача маалымат – CGH жана CGH Array
CGH жана CGH массивдери тең салмактуу эмес хромосомалык аномалияларды аныктоонун эки молекулярдык цитогенетикалык ыкмалары болуп саналат. Алар салыштырмалуу геномдук анализде кеңири колдонулат. CGH азыраак резолюцияга ээ болгон сыноо үлгүсүндөгү ДНКдагы копия санынын өзгөрүшүн талдоо үчүн салттуу молекулярдык цитогенетикалык ыкма. Ал эми, массив CGH - бул жогорку резолюцияга ээ болгон сыноо үлгүсүндөгү ДНКдагы копия санынын өзгөрүшүн талдоо үчүн толук автоматташтырылган молекулярдык цитогенетикалык метод. Ошентип, бул CGH менен CGH массивинин ортосундагы айырманы жалпылайт.
