Негизги айырмасы – SDS баракчасы менен жергиликтүү бет
SDS жана жергиликтүү бет Молекулярдык биологияда колдонулган полиакриламиддик гел электрофорез ыкмаларынын эки түрү. SDS Page менен Native Page ортосундагы негизги айырма - бул колдонулган полиакриламиддик гелдин түрү. SDS бетинде денатурациялоочу гель колдонулат, ошондуктан молекулалар алардын молекулалык салмагына жараша бөлүнөт. Ал эми Native Pageде денатуризацияланбаган гелдер колдонулат. Демек, молекулалар өлчөмүнө, зарядына жана формасына жараша бөлүнөт.
Полиакриламиддик гель Электрофорез (Бет) акриламид мономерлерин метиленбисакриламид менен полимерлөө жолу менен жасалган гелди колдонот. Полиакриламид агарозага караганда катуураак жана ысыкка туруктуу. Полиакриламиддик гелдер протеиндерди натыйжалуу бөлүүгө мүмкүндүк берген кичинекей тешикчеге ээ. Барак орнотууларынын эки негизги түрү бар, алар SDS Page жана Native Page. SDS Page же натрий-додецил сульфаты полиакриламиддик гель электрофорези протеиндерди молекулярдык салмагына жараша бөлөт. SDS бетинде денатурациялоочу гелдер колдонулат. Native Page денатурацияланбаган гелдерди колдонот жана протеиндерди алардын өлчөмүнө, зарядына жана формасына жараша бөлөт (3D конформациясы).
SDS Page деген эмне?
SDS Page - протеиндерди молекулалык салмагына жараша бөлүү үчүн колдонулган эң кеңири таралган электрофоретикалык ыкма. Гель жуугуч каражат болуп саналган SDS (натрий додецил сульфаты) кошуу менен жасалат. SDS протеиндерди мономерлерге айлантат. SDS - аниондук жуугуч. Ошондуктан, ал кең рН диапазонундагы белокторго таза терс заряд кошот. Белок молекулаларына таза терс заряд түшкөндө, заряддын өзгөрүшүнө байланыштуу татаал түзүлүштөр бузулат. Терс заряддан улам белоктор оң жагына тартылат. Ошентип, молекулярдык салмагы төмөн болгон молекулалар гел матрицасында ылдамыраак жүрөт жана анодго жакын жерде байкалат, ал эми жогорку молекулалык салмактагы белоктор скважиналарга жакыныраак байкалат.
01-сүрөт: SDS барагы
Полипептиддик чынжыр менен SDS байланышы анын салыштырмалуу молекулярдык массасына пропорционалдуу. Демек, молекулярдык массаны SDS Page аркылуу да аныктоого болот. SDS Page гелдерин боёо бромофенол көк боёосу менен жүргүзүлөт. SDS баракчасынын колдонмолору салыштырмалуу молекулярдык массаны баалоо жана протеин аралашмасындагы протеиндердин салыштырмалуу көптүгүн аныктоо үчүн колдонулушу мүмкүн болгон кеңири масштабда колдонулат. SDS Page белоктордун аралашмасында белоктун бөлүштүрүлүшүн аныктоо үчүн да колдонулушу мүмкүн. SDS Page протеиндерди тазалоо жана баалоо үчүн да колдонулат. Ал western blotting жана гибриддештирүү үчүн алдын ала процедура катары колдонулат, ал өз кезегинде протеинди картага түшүрүү жана идентификациялоо үчүн колдонулат.
Native Page деген эмне?
Native Полиакриламиддик гель электрофорези (Native Page) денатурацияланбаган гелди колдонот. Ошондуктан, SDS же башка денатурациялоочу агент гел матрицасына кошулбайт. Native Pageде белоктордун бөлүнүшү протеиндин зарядына жана өлчөмүнө негизделет. Демек, белоктун кыймылдуулугу белоктун зарядына жана өлчөмүнө жараша болот.
Белоктун заряды аминокислоталардын каптал чынжырларынан көз каранды. Каптал чынжырлар терс заряддуу болсо, белок жалпы терс зарядды алат жана тескерисинче. Протеиндер болуп жаткан бүктөлгөндүктөн 3D конформациясын сактап калат. Бүктөө протеиндердеги дисульфиддик байланыштар, гидрофобдук өз ара аракеттенүүлөр жана суутек байланыштары сыяктуу бир нече байланыш түрлөрүнөн келип чыгат. Демек, эгерде жергиликтүү Page нейтралдуу рНда жүргүзүлсө, белоктор белоктун молекулалык формасына жараша бөлүнөт. Ошондуктан, Native Page белоктун зарядынын өзгөрүшүн же конформациясын аныктоо үчүн сезгич ыкма катары колдонулушу мүмкүн.
Негизги Беттин негизги артыкчылыгы – Беттин анализи үчүн колдонулган протеин Page анализинен кийин баштапкы абалында калыбына келтирилиши мүмкүн, анткени протеин процесстин жүрүшүндө бузулбайт. Native Page - салыштырмалуу жогорку өткөрүү ыкмасы жана белоктун туруктуулугу жогорулайт.
02-сүрөт: Түпкү бет
Гельди иштетүү аяктагандан кийин, Native Page гелин бромофенол көк же башка ылайыктуу боёгуч реагент менен боёп көрүүгө болот. Native Page тиркемелери кычкыл протеиндерди, анын ичинде адамдын рекомбинантты эритропоэтини сыяктуу гликопротеиндерди бөлүүнү же бодо малдын сывороткасы альбумининде (BSA) болгон белокторду аныктоону камтыйт.
SDS баракчасы менен түпнуска беттин кандай окшоштуктары бар?
- SDS Page жана Native Page тутумдары гелдин матрицасы катары полиакриламиддик гелди колдонушат.
- Экөө тең белокторду бөлүү жана идентификациялоо үчүн колдонулат.
- Экөө тең кошулмаларды бөлүү үчүн электрофоретикалык мобилдүүлүктү колдонушат.
- Экөөнү тең вертикалдуу же горизонталдуу түрдө жасаса болот (негизинен вертикалдуу бет орнотуулары катары жасалат, анткени чуркоо узундугу көбүрөөк).
- Электрофорез аппараты, анын ичинде гелдик бак, тарактар, электр энергиясы эки техниканын иштеши үчүн талап кылынат.
- Гельди визуализациялоо эки ыкмада тең боёо ыкмалары менен жүргүзүлүшү мүмкүн.
SDS баракчасы менен түпнуска беттин ортосунда кандай айырма бар?
SDS барагына каршы Native бет |
|
| SDS Page же натрий-додецил сульфаты Page белокторду молекулалык салмагына жараша бөлөт жана ал денатурациялоочу гелди колдонот. | Native Page денатурацияланбаган гелдерди колдонот жана протеиндерди өлчөмүнө, зарядына жана формасына (3D конформациясына) жараша бөлөт. |
| Гельдин түрү | |
| SDS-бетинде денатурациялоочу гель колдонулат. | Негизги бетте денатурацияланбаган гель колдонулат. |
| SDS болушу | |
| SDS SDS бетиндеги үлгүгө терс заряд чыгаруу үчүн жуучу каражат катары бар. | SDS түпнуска баракта жок. |
| Ажыратуунун негизи | |
| Белоктордун бөлүнүшү SDS бетиндеги белоктун молекулалык салмагына жараша болот. | Ажыратуу түпнуска беттеги белок молекуласынын өлчөмүнө жана формасына жараша болот. |
| Белоктун туруктуулугу | |
| Белоктун туруктуулугу SDS барагында төмөн. | Негизги бетте белоктун туруктуулугу жогору. |
| Түпнуска протеинди калыбына келтирүү | |
| Мүмкүн эмес, анткени ал SDS барагында денатуратталган. | Түпкү бетте мүмкүн. |
Корытынды – SDS барагына каршы Native бет
SDS Page жана Native Page белокторду бөлүү үчүн колдонулган полиакриламиддик гел электрофорез ыкмаларынын эки түрү. SDS Page SDS деп аталган жуучу каражат менен иштетилет. SDS протеинге жалпы терс зарядды берет, андан кийин белоктун денатурациясына алып келет. Ошондуктан белоктор молекулалык салмагына жараша бөлүнөт. Ал эми Native Page техникасы денатурациялоочу агентти колдонбойт. Ошентип, белоктор өлчөмүнө же формасына жараша бөлүнөт. Бул SDS барагы менен түпнуска беттин ортосундагы айырма.
