Гомология менен биоинформатикадагы окшоштуктун негизги айырмасы гомология эки тизмектин жалпы эволюциялык ата-теги жөнүндөгү билдирүүнү билдирет, ал эми окшоштук эки тизмектин ортосундагы окшоштук даражасын билдирет.
Биоинформатика – биологиялык маалыматтарды талдоо жана чечмелөө үчүн биологияны, маалымат инженериясын, информатиканы, математиканы жана статистиканы бириктирген илим тармагы. Гомология жана окшоштук - бул биоинформатика тармагында колдонгон эки термин. Окшоштукту трассанын берилген узундугу боюнча окшош калдыктардын пайызы катары оңой эсептей алабыз. Бирок, биз гомологияны эсептей албайбыз, анткени ал чын же жалган болушу мүмкүн жана адатта колдонулган гипотезага көз каранды.
Биоинформатикадагы гомология деген эмне?
Биоинформатикадагы гомология ДНК, РНК жана жашоонун эволюция дарагындагы жалпы ата-бабалардын касиеттери боюнча аныкталган белок тизмегинин ортосундагы биологиялык гомологияны билдирет. Башкача айтканда, бул эки ырааттуулуктун жалпы эволюциялык ата-теги. Мындай көрүнүштүн себеби спецификациялык окуяларга (ортологдор), гендердин горизонталдуу өтүү окуяларына (ксенологдор) же кайталануу окуяларына (паралогдор) байланыштуу болушу мүмкүн.
01-сүрөт: Бир нече ырааттуулукту тегиздөө
ДНКнын, РНКнын же белоктордун ортосундагы гомологияны алардын аминокислота же нуклеотиддердин ырааттуулугу окшоштугу менен чыгарууга болот. Маанилүү окшоштук эки ырааттуулук эволюциялык өзгөрүүлөр менен жалпы ата-бабалардын ырааттуулугу менен байланышкан деп жыйынтык чыгаруу үчүн күчтүү далилдүү касиет катары кызмат кылат. Бир нече ырааттуулуктун тегиздөөлөрү ар бир ырааттуулуктун гомологдук мүнөздөгү аймактарын көрсөтөт.
Биоинформатикада кандай окшоштук бар?
Биоинформатикада окшоштук эки белоктун же нуклеотиддердин тизмегинин окшоштугун баалайт. Бул процесстин эки негизги кадамы бар. Алгачкы кадам - бул BLAST, FastA жана LALIGN сыяктуу алгоритмдерди колдонуу менен эки ырааттуулуктун (анын ичинде боштуктар) ортосундагы оптималдуу тегиздөөнү табууга жардам берген жуптуу тегиздөө. Жуптуу тегиздөөдөн кийин ар бир жуптук салыштыруудан эки сандык параметр алуу зарыл. Алар окшоштук жана окшоштук. BLAST ичинде издөө окшоштуктары позитивдүү деп аталат.
02-сүрөт: Жуптуу тегиздөө
Консервативдик мутация аминокислота физиохимиялык касиеттерин сактоо менен окшош калдыкка мутацияланганда пайда болот. Мисалы, аргинин +1 оң заряддуу лизинге мутацияга учураса, эки аминокислота касиеттери боюнча окшош болгондуктан жана которулган протеинди өзгөртпөйт. Демек, окшоштук өлчөөлөрү эки аминокислота калдыктарынын бири-бирине кандайча болгон критерийлерине көз каранды.
Гомология менен биоинформатикадагы окшоштуктун кандай окшоштуктары бар?
- Гомология жана окшоштук биз биоинформатикада кездешкен эки техникалык термин.
- Мындан тышкары, эки термин тең ырааттуулуктун молекулярдык анализин билдирет.
Биоинформатикадагы гомология менен окшоштуктун ортосунда кандай айырма бар?
Гомология эки тизмектин жалпы эволюциялык ата-теги жөнүндө билдирүүнү билдирет, ал эми окшоштук эки тизмектин ортосундагы окшоштук даражасын билдирет. Ошентип, бул биоинформатикадагы гомология менен окшоштуктун ортосундагы негизги айырма. Мындан тышкары, гомологияны эсептөө мүмкүн эмес, анткени ал чын же жалган болушу мүмкүн жана адатта гипотезага көз каранды, ал эми окшоштукту түздөөнүн берилген узундугу боюнча окшош калдыктардын пайызы катары оңой эсептесе болот. Демек, бул биоинформатикадагы гомология менен окшоштуктун ортосундагы олуттуу айырма.
Төмөнкү инфографикада биоинформатикадагы гомология менен окшоштуктун айырмасы келтирилген.
Кыскача маалымат – Биоинформатикадагы гомология менен окшоштук
Кыскача айтканда, биоинформатикадагы гомология менен окшоштуктун негизги айырмасы алардын аныктамаларында. Гомология - бул эки тизмектин жалпы эволюциялык ата-тегинин билдирүүсү, ал эми окшоштук - бул эки тизмектин окшоштугу. Гомология ортологдор, паралогдор жана ксенологдордон улам пайда болот. Окшоштуктарды чыгарууда FastA, BLAST жана LALIGN сыяктуу алгоритмдерди колдонууга болот. Гомологияны эсептөө катары көрсөтүү мүмкүн эмес, бирок окшоштукту тегиздөөнүн берилген узундугу боюнча окшош калдыктардын пайызы катары көрсөтсө болот. Ошентип, бул биоинформатикадагы гомология менен окшоштуктун ортосундагы айырманын корутундусу.
