Окшоштук менен бирдейликтин ырааттуулугун тегиздөөнүн ортосундагы негизги айырма - окшоштук - бул салыштырганда эки тизмектин ортосундагы окшоштук (окшоштук), ал эми иденттүүлүк - эки башка ырааттуулуктун ортосунда так дал келген символдордун саны.
Биоинформатика - илимдин дисциплиналар аралык тармагы, ал негизинен молекулалык биология менен генетиканы, информатиканы, математиканы жана статистиканы камтыйт. Тартипти тегиздөө биоинформатикадагы негизги термин. Бул тизмектер ортосундагы функционалдык, структуралык же эволюциялык байланыштын натыйжасы болгон окшоштук аймактарын аныктоо үчүн ДНКнын, РНКнын же белоктун ырааттуулугу уюштурулган процедура. Тегиздөөнүн аягында алар матрицанын ичиндеги саптар катары көрсөтүлөт. Катардагы колониялардагы окшош символдорду тегиздөө үчүн калдыктардын ортосунда боштуктар бар.
Окшоштук деген эмне?
Салыштырганда эки ырааттуулуктун окшоштугу. Бул чындык тизмектердин иденттүүлүгүнө көз каранды. Окшоштук калдыктардын канчалык деңгээлде тегизделгенин сүрөттөйт. Демек, окшош тизмектер окшош касиеттерди камтыйт. Биоинформатикада окшоштук эки белоктун окшоштугун баалоо куралы болуп саналат.
01-сүрөт: Тартипти тегиздөөдөгү окшоштук
Тегиздөө процессин ырааттуу кылуунун эки негизги кадамы бар. Алгачкы кадам - бул BLAST, FastA жана LALIGN сыяктуу алгоритмдерди колдонуу менен эки ырааттуулуктун (анын ичинде боштуктар) ортосундагы оптималдуу тегиздөөнү табууга жардам берген жуптуу тегиздөө. Дал келген алгоритм түзөтүү операцияларынын минималдуу санын табат; бир ырааттуулукту башка ырааттуулукка тегиздөө үчүн in-dels жана алмаштыруулар. Жуптуу тегиздөөдөн кийин ар бир жуптук салыштыруудан эки сандык параметр алуу зарыл. Алар окшоштук жана окшоштук.
Идентификатор деген эмне?
Кезекти тегиздөөдөгү иденттүүлүк – эки башка ырааттуулуктун ортосунда дал келген символдордун саны. Демек, инсандыкты баалоодо боштуктар эсепке алынбайт. Өлчөө эки ырааттуулуктун ортосундагы кыска ырааттуулукка байланыштуу деп эсептелет. Ал ырааттуулугу өтмө эмес болгон жерде эффектке ээ экенин олуттуу түрдө билдирет. Эгерде X=Y жана Y=Z болсо, анда X сөзсүз түрдө Zга барабар эмес. Бул идентификатордук аралыктын өлчөөсү боюнча чыгарылат.
02-сүрөт: Иденттик ырааттуу тегиздөө
Мисалы, X AAGGCTT ырааттуулугуна ээ, Y AAGGC жана Z AAGGCAT ырааттуулугуна ээ. X жана Y ортосундагы окшоштук 100% {5 бирдей нуклеотид/мин[узундук(X), узундук(Y)]}. Y жана Z ортосундагы идентификация да 100% түзөт. Бирок X жана Z ортосундагы бирдейлик 85% гана {(6 окшош нуклеотид / 7)}.
Сизди тегиздөөдө окшоштук менен бирдейликтин кандай окшоштуктары бар?
- Окшоштук менен бирдейлик экөө тең ырааттуулукта колдонулган эки термин.
- Ошондой эле алар эки ырааттуулуктун окшоштугуна кайрылышат.
- Мындан тышкары, биз аларды пайыздык маани катары билдиребиз.
Сизди тегиздөөдөгү окшоштук менен бирдейликтин ортосунда кандай айырма бар?
Тегиздөөдөгү окшоштук салыштырганда эки ырааттуулуктун окшоштугун билдирет, ал эми ырааттуу тегиздөөдөгү идентификация эки башка ырааттуулуктун ортосунда так дал келген символдордун санын көрсөтөт. Демек, бул ырааттуу тегиздөөдөгү окшоштук менен бирдейликтин ортосундагы негизги айырма.
Корытынды – Окшоштук жана Иденттик ырааттуу тегиздөө
Секементи тегиздөө тизмектердин ортосундагы функционалдык, структуралык же эволюциялык байланыштан улам келип чыккан ДНКдагы, РНКдагы же белоктун окшоштук аймактарын аныктоого жардам берет. Демек, окшоштук жана бирдейлик ырааттуулукту тегиздөө контекстинде эки негизги термин болуп саналат. Бул эки терминдин ортосундагы негизги айырма, окшоштук - бул салыштырганда эки тизмектин окшоштугу, ал эми иденттүүлүк - эки башка тизмектин ортосунда дал келген белгилердин саны. Ошентип, бул ырааттуу тегиздөө боюнча окшоштук менен бирдейликтин ортосундагы айырманын кыскача мазмуну.
