Кумасси менен күмүш боёонун ортосундагы негизги айырма - бул кумасси менен боёо - бул кумасси жаркыраган көк түстү колдонгон протеинди боёо ыкмасы, ал эми тилке менен боёо - күмүш такты колдонгон протеин менен боёо ыкмасы.
Протеинди бөлүү жана идентификациялоо протеомду анализдөөнүн маанилүү кадамдары болуп саналат. Алар гел электрофорезден кийин жогорку резолюциядагы белоктун мүнөздөмөсүнө муктаж. Аниондук боёктор (кумасси жаркыраган көк), металл катиондору (имидазол-цинк), күмүш боек жана флуоресценттик боёктор жана башкалар сыяктуу ар кандай боёкторду камтыган көптөгөн боёо ыкмалары бар. Кээде радиоактивдүү зонддор да колдонулушу мүмкүн. Боёо ыкмасын тандоо жөнөкөйлүгүнө, лабораторияда сүрөт тартуу жабдыктарынын болушуна ж.б. көз каранды.
Coomassie Бою деген эмне?
Кумасси менен боёо - бул кумассиге жаркыраган көк боёгу колдонгон белок боёо ыкмасы. Бул жалпысынан Coomassie көк техника деп аталат. Coomassie brilliant blue - эң популярдуу аниондук протеин-боёк. Бул боек, адатта, орточо сезгичтикте жакшы сандык сызыктуу менен дээрлик бардык белокторду боёйт. Coomassie жаркыраган көк түс дээрлик бардык белокторго спецификалык эмес байланышат. Эки түрдүү coomassie жаркыраган көк тагы бар: R-250 жана G-250. R-250 кыска боёо убактысын сунуштайт, ал эми G-250 сезимтал жана экологиялык жактан таза формаларда жеткиликтүү.
01-сүрөт: Coomassie боёосу
Coomassie боёктору масс-спектрометрия изилдөөлөрүндө жана протеинди идентификациялоодо абдан популярдуу. Мындан тышкары, био-коопсуз Coomassie тагы азыр рынокто жеткиликтүү Coomassie көк G-250 коркунучтуу эмес формула болуп саналат. Бул формуланын артыкчылыгы, ал чайкоо жана тазалоо үчүн гана сууну талап кылат. Био-коопсуз кумасси богунун сезгичтиги кадимки кумасси көк G-250 менен барабар, бирок R-250 кумасси богуна караганда жакшыраак. Андан тышкары, ал кадимки Coomassie көк G-250 караганда жөнөкөй жана тез боёо протоколуна ээ. Coomassie көк боёонун кемчилиги күмүш боёгу менен салыштырганда анын сезгичтиги азыраак. Coomassie көк боёгу күмүшкө караганда болжол менен 50 эсе аз сезгич. Бирок, байлоодогу жөнөкөйлүгүнөн улам, ал көптөгөн изилдөөлөрдө тандалат.
Күмүш боёо деген эмне?
Күмүш менен боёо – бул күмүш такты колдонгон белок боёо ыкмасы. Күмүш боёгу агароздук жана полиакриламиддик гелдерди боёо үчүн колдонулат. Агароз гелдеринде белоктун күмүш түстүү боёосу биринчи жолу 1973-жылы Керени жана Галляс тарабынан иштелип чыккан. Кийинчерээк ал SDS-PAGEде колдонулган полиакриламиддик гелдердеги белокторго ылайыкташтырылган. Азыркы учурда, күмүш боёгу ДНКны же РНКны боёо үчүн да колдонулат. Гельдерди боёо үчүн бул ыкмада гельдер күмүш нитратынын эритмеси менен инкубацияланат. Күмүш боёгу белоктор бар жерлерди күрөңдөн карага чейин боёйт.
02-сүрөт: Күмүш боёо
Күмүшкө боёонун интенсивдүүлүгү протеиндин баштапкы түзүлүшүнө жараша болот. Мындан тышкары, колдонулган идиштердин тазалыгы жана реагенттердин тазалыгы да күмүш боёктун сапатына таасир этиши мүмкүн. Бирок, күмүш менен боёонун кемчилиги анын бардык белокторду, өзгөчө гликопротеиндерди жана каптал чынжырларына кошулган чоң өзгөртүлгөн топтору бар белокторду аныктай албайт.
Кумасси менен күмүш боёонун кандай окшоштуктары бар?
- Кумасси жана күмүш менен боёо протеинди боёодо колдонулган эки ыкма.
- Алар белокторду да, ДНКны да боёй алышат.
- Боёо ыкмаларынын тең кемчиликтери бар.
- Бул ыкмалардын тактоо, боёп коюу жана боёо сыяктуу кадамдары бар.
Кумасси менен күмүш боёонун ортосунда кандай айырма бар?
Coomassie боёо - бул кумасси жаркыраган көк боёгу колдонулган белок боёо ыкмасы, ал эми тилке менен боёо - күмүш такты колдонгон протеинге боёо ыкмасы. Ошентип, бул Coomassie жана күмүш боёк ортосундагы негизги айырма. Мындан тышкары, Coomassie боёгу күмүш боёкко караганда азыраак сезгич.
Төмөнкү инфографикада Кумасси менен күмүш боёктун ортосундагы айырмачылыктар жанаша салыштыруу үчүн таблица түрүндө келтирилген.
Кыскача маалымат – Coomassie vs Silver Staining
Белокторду визуализациялоо үчүн протеинге спецификалык боёкту байланыштыруу же түс чыгаруучу химиялык реакция жүргүзүлүшү мүмкүн. Бул белок боёк деп аталат. Coomassie жана күмүш боёо протеин боёодо колдонулган эки ыкма болуп саналат. Coomassie боёо техникасында кумасси жаркыраган көк тагы колдонулат, ал эми тилкеде боёо күмүш такты колдонот. Демек, бул Coomassie менен күмүш боёонун ортосундагы негизги айырма.
