EcoRI менен HindIII чектөө ферменттеринин негизги айырмасы EcoRI E. coliден бөлүнүп алынган II типтеги чектөө ферменти, ал эми HindIII Haemophilus тумоосунан бөлүнүп алынган II типтеги чектөө ферменти.
Чектөөчү фермент же чектөө эндонуклеазасы – ДНК молекуласынын ичиндеги белгилүү бир таануу жерлеринде (чектөө жерлеринде) ДНКны фрагменттерге бөлүүчү фермент. Бул чектөө ферменттери бактерияларда жана археада кездешет. Алар вирустарга каршы коргонуу механизмин камсыз кылат. Чектөө ферменттери жалпысынан беш түрдүү түргө бөлүнөт: I тип, II тип, III, IV жана V түрү. EcoRI жана HindIII - бул II түрдөгү чектөө ферменттеринин тобуна кирген эки чектөө ферменттери.
EcoRI чектөө ферменттери деген эмне?
EcoRI – E.coli түрүнөн бөлүнүп алынган II типтеги чектөө ферменти. Бул ДНКнын кош спиралын белгилүү бир жерлерде фрагменттерге бөлүүчү чектөө ферменти. EcoRI ошондой эле чектөө-өзгөртүү системасынын бир бөлүгү болуп саналат. EcoRI алгач E. coli түрүнүн RY13 штаммынан бөлүнүп алынган биринчи фермент болгон. Ал молекулярдык биологияда чектөө ферменти катары колдонулат. EcoRI 4 нуклеотиддик жабышчаак учтарды жаратат, 5' аягы AATT ашкан. EcoRI белгилүү G↓AATTC таануу ырааттуулугу боюнча ДНКны кесип. Ал CTTAA↓G палиндромдук толуктоо ырааттуулугуна ээ. Мындан тышкары, бул чектөө ферменти II P типтеги (палиндромдук өзгөчөлүк) субклассына кирет. Негизги түзүмүндө EcoRI көптөгөн башка чектөө ферменттери сыяктуу активдүү сайтында PD. D/EXK мотивин камтыйт.
01-сүрөт: EcoRI
EcoRI чектөө ферменти 31 кДанын гомодимери. Ал α/β архитектурасынын бир глобулярдык доменин камтыйт. Ар бир суббирдикте глобулярдык доменден чыгып турган жана байланганда ДНКны курчап турган илмек бар. Бул фермент адатта кесилген ырааттуулук менен кокристаллдаштырылышы мүмкүн. Андан тышкары, EcoRI чектөө ферменти клондоштуруу, ДНК скрининг жана ДНКны in vitro шарттарында жок кылуу бөлүмдөрүн камтыган ар түрдүү молекулярдык генетикалык техникаларда колдонулат.
HindIII чектөө ферменттери деген эмне?
HindIII – Haemophilus тумоосунун түрлөрүнөн бөлүнүп алынган II типтеги чектөө ферменти. Ал гидролиз аркылуу Mg2+ кофакторунун катышуусунда AACCTT палиндромдук ДНК ырааттуулугун ажыратат. AA'S (5'A↓ACCTT3' жана 3'TTCGA↓A5') ортосундагы бул өзгөчө ырааттуулуктун бөлүнүшү ДНК молекуласында жабышчаак учтар деп аталган 5' ашыкчаларга алып келет. Бул фермент бактериялар сыяктуу прокариоттук организмдерде кездешет. Бактериялар бул ферментти бактериофагдар сыяктуу вирустарга каршы коргонуу механизми катары колдонушат.
02-сүрөт: HindIII
Структуралык жактан HindIII – гомодимер. Ал II чектөө ферменттеринин башка түрлөрү сыяктуу төрт β барактан жана бир α спиральдан турган жалпы структуралык өзөктү камтыйт. Бул ферменттин молекулалык массасы 34,9 кДа. Мындан тышкары, HindIII ДНК секвенирлөө жана карта түзүү сыяктуу заманбап молекулярдык биологиялык илимий эксперименттерде абдан пайдалуу.
EcoRI жана HindIII чектөө энзимдеринин кандай окшоштуктары бар?
- EcoRI жана HindIII - II типтеги чектөө энзимдер тобуна тиешелүү эки чектөө ферменттери.
- EcoRI жана HindIII 1970-жылдардын башында табылган.
- EcoRI жана HindIII экөө тең PD.. D/EXK аминокислота ырааттуулугун камтыйт.
- Экөө тең чектөө ферменттери ДНКнын өзгөчө жиктелүүсүн аткарышат.
- Бул чектөө ферменттерине Mg2+ өзгөчө активдүүлүгү үчүн кофактор катары керек.
- ДНКны кескенден кийин жабышчаак учтар пайда болот.
- Алар заманбап молекулярдык биологиялык изилдөөлөрдөгү абдан пайдалуу компоненттер.
EcoRI жана HindIII чектөө ферменттеринин ортосунда кандай айырма бар?
EcoRI - E.coli түрлөрүнөн бөлүнүп алынган II типтеги чектөө ферменти, ал эми HindIII - Haemophilus тумоосунун түрлөрүнөн бөлүнүп алынган II типтеги чектөө ферменти. Ошентип, бул EcoRI жана HindIII ортосундагы негизги айырма. Андан тышкары, EcoRI ДНКны белгилүү G↓AATTC таануу ырааттуулугунда кесип, ал эми HindIII ДНКны A↓ACCTT белгилүү бир таануу ырааттуулугунда кесет.
Төмөнкү инфографика EcoRI менен HindIII ортосундагы айырмаларды жанаша салыштыруу үчүн таблица түрүндө көрсөтөт.
Кыскача маалымат – EcoRI жана HindIII чектөө энзимдери
EcoRI жана HindIII - типтин II p подклассына кирген эки чектөө ферменттери. Алар ДНКнын өзгөчө жиктерин аткарышат. EcoRI - E.coli түрлөрүнөн бөлүнүп алынган II типтеги чектөө ферменти, ал эми HindIII - Haemophilus тумоосунун түрлөрүнөн бөлүнүп алынган II типтеги чектөө ферменти. Ошентип, бул EcoRI менен HindIII ортосундагы айырманы жыйынтыктайт.
