Негизги айырмасы – Протеомика менен Транскриптомика
Омик технология - бул организмдин ар түрдүү биомолекулалары анын касиеттери жана функциялары боюнча бүтүндөй бир жыйнак катары каралуучу учурдагы тенденция. Omic технологиясы колдонмолордун кеңири спектрин камтыйт. Биологиялык үлгүнүн ар кандай омикаларына геномика, протеомика, транскриптомика жана метаболомика кирет. Протеомика тирүү организмдеги бардык белокторду толук изилдөөнү камтыйт. Ал организмдеги бардык экспрессиялык белоктордун жыйындысы, анын структуралык жана функционалдык касиеттери катары аныкталат. Ошентип, белоктордун толук топтому протеомду түзөт. Транскриптомика тирүү организмде бар бардык кабарчы РНК (мРНК) молекулаларын толук изилдөө болуп саналат. Ошентип, транскриптомика тирүү организмде активдүү чагылдырылган гендер менен алектенет. Тирүү организмдеги мРНКнын жалпы жыйындысы транскриптом деп аталат. Протеомика менен Транскриптомиянын ортосундагы негизги айырма биомолекуланын түрүнө негизделген. Протеомикада тирүү организмдеги белоктун жалпы жыйындысы изилденет, ал эми транскриптомияда тирүү организмдин жалпы мРНКсы изилденет.
Протеомика деген эмне?
Протеомика термини 1995-жылы пайда болгон жана алгач клеткадагы, ткандагы же организмдеги жалпы белок толуктоосу катары аныкталган. Протеомикалык изилдөөлөрдүн өнүгүшү менен, ал андан кийин көптөгөн изилдөө тармактары камтылган кол чатыр термин катары каралышы үчүн өзгөртүлгөн. Учурда протеомика темасынын алкагында белоктордун түзүлүшү, багыты, функциялары, өз ара аракеттенүүсү, модификациялары, колдонулуштары жана мааниси изилденет. Ошондуктан, учурда протеомика жаатында көптөгөн изилдөөлөр жүргүзүлүүдө.
Биринчи протеомикалык изилдөөлөр ичеги таякчасындагы белоктун мазмунун аныктоо үчүн жасалган. Жалпы белоктун мазмунун карта эки өлчөмдүү (2D) гелдерди колдонуу менен жасалган. Мунун ийгилигинен кийин окумуштуулар, мисалы, гвинея чочколору жана чычкандар сыяктуу жаныбарлардын жалпы белок мазмунун мүнөздөөгө өтүштү. Учурда адам протеининин картасы 2D гелдик электрофорездин жардамы менен жасалууда.
Протеомиканын колдонмолору
Протеомиканы изилдөөнүн көптөгөн артыкчылыктары бар, анткени белоктор протеиндердин катализатордук касиетинен улам көпчүлүк активдүүлүктүн башкаруучу молекулалары болуп саналат. Ошентип, бүт белокторду изилдөө организмдин ден соолук абалы жөнүндө маалымат бере алат. Кээ бир колдонмолор:
- Геномдун аннотациясы: Организмдеги белоктун мазмунун изилдөө менен, активдүү протеин кошулмасы үчүн жооптуу так геномдорду аныктоого болот. Бул сценарийде бардык геномиканын натыйжалары, Транскриптомика жана протеомика маанилүү.
- Ооруну идентификациялоо / Диагностика: Протеомика оорунун абалын аныктоодо дени сак жана оорулууларды салыштыруу аркылуу колдонулат
- Эксперимент учурунда изилденген белоктун экспрессиясын ишке ашыруу үчүн.
- Протеиндин модификациялары жана өз ара аракеттенүүсүн изилдөө: Белокторду in vitro же жана in vivo шарттарында колдонуу үчүн, бул алынган протеиндердин сактоо шарттарын чечүү жана белоктун in vitro, in vivo жана ичиндеги жүрүм-турумун изилдөө – кремний ыкмалары.
01-сүрөт: Протеомика
Протеомикада ар кандай техникалар бар
- Жалпы белокту экстракциялоо жана 2D гел электрофорезин колдонуу менен белокторду бөлүү. Белокторду жогорку натыйжалуу суюктук хроматографиясы (HPLC) аркылуу да ажыратса болот.
- Эдмунддун секвенирлөө ыкмасы же Масс-спектрометрия сыяктуу ыкмаларды колдонуу менен алынган протеиндерди секвенирлөө.
- Изилдөөлөр аныкталгандан кийин, протеин мазмунунун структуралык жана функционалдык касиеттери компьютердик программалык камсыздоо жана биоинформатика куралдары аркылуу талданат.
Транскриптомика деген эмне?
Транскриптом термини жакында эле пайда болгон. Транскриптомика организмдин жалпы мРНК мазмунун изилдөө болуп саналат. Жалпы мРНК – бул тирүү организмдеги же клеткадагы экспрессиялык ДНК. мРНКнын толук жыйнагы транскриптом деп аталат.
Транскриптомду талдоо кадамдары төмөнкүлөрдү камтыйт:
- РНКны экстракциялоо, поли DT мончоктору менен колонна гелинин хроматографиясын колдонуу менен мРНКны бөлүү.
- mRNAнын секвенциясы жасалды.
Microarray технологиясы организмдин транскриптомун аныктоонун кеңири таралган жолдорунун бири. Микроаррей техникасы транскриптомдун кошумча жиптери бар зонд плитасын камтыйт. Гибриддештирүү учурунда организмдеги же клеткалардагы мРНКны мүнөздөөгө болот.
02-сүрөт: Транскриптомиялык техника
Транскриптомика азыр медицина тармагында кеңири колдонулат. Ооруларды диагностикалоо жана профилактика - бул транскриптомика колдонулган негизги тармактар. Организмдин транскриптомун анализдөө менен чет өлкөлүк мРНКны аныктоого болот, ал эми инфекциялар бар болсо аны аныктоого болот. Коддобогон РНКны транскриптомиялык технологияларды колдонуу менен бөлүүгө болот. Ошондой эле ар кандай экологиялык стресстер астында гендердин экспрессиясын көзөмөлдөөгө болот.
Протеомика менен Транскриптомиянын кандай окшоштуктары бар?
- Экөө тең омиикалык технология түшүнүгүнүн бир бөлүгүн түзөт.
- Экөө тең ооруну диагностикалоодо жана организмдин ооруларын мүнөздөөдө колдонулат.
- Изилдөөнүн эки багыты тең биомолекуланы экстракциялоону, биомолекуланы бөлүүнү жана секвенирлөө кадамдарын камтыды.
Протеомика менен Транскриптомиянын ортосунда кандай айырма бар?
Протемикс жана Транскриптомик |
|
| Протеомика тирүү организмдеги бардык белокторду толук изилдөөнү камтыйт. | Транскриптомика – бул тирүү организмдеги бардык кабарчы РНК (мРНК) молекулаларын толук изилдөө. |
| Изилденген биомолекула түрү | |
| Белоктар протеомикада изилденет. | mRNA транскриптомикада изилденет. |
| Изилдөөчү факторлор | |
| Белоктордун түзүлүшү, функциясы, өз ара аракеттенүүсү, модификациялары жана колдонулушу протеомикада изилденет. | РНКнын ырааттуулугу, чөйрө менен өз ара аракеттенүүсү жана колдонулушу транскриптомикада изилденет. |
Кыскача – Протеомика жана Транскриптомика
Омиктар жашоо илимдери тармагында маанилүү роль ойнойт. Протеомика клеткадагы же организмдеги белоктордун толук жыйнагын түзгөн протеомду изилдөөнү билдирет. Транскриптомика мРНК формасында көрсөтүлгөн ДНКнын толук жыйындысы болгон транскриптомду изилдөөнү билдирет. Изилдөөнүн эки багыты, протеомика жана транскриптомика геномика киргизилгенден кийин алынган жана учурда медициналык диагностикада жана организмдердин мүнөздөмөсүндө жана скринингинде кеңири колдонулат. Бул протеомика менен транскриптомиянын айырмасы.
Proteomics жана Transscriptomics'тин PDF форматын жүктөп алыңыз
Сиз бул макаланын PDF версиясын жүктөп алып, аны оффлайн максаттары үчүн колдонсоңуз болот. Сураныч, PDF версиясын бул жерден жүктөп алыңыз: Протеомика менен Транскриптомиянын ортосундагы айырма
