BLAST менен FastA ортосундагы негизги айырма - BLAST - бул Улуттук Биотехнология маалымат борборунун веб-сайтында жеткиликтүү тегиздөөнүн негизги куралы, ал эми FastA - Европа биоинформатика институтунун веб-сайтында жеткиликтүү окшоштуктарды издөө куралы.
BLAST жана FastA ар кандай түрдөгү ДНКнын, аминокислоталардын, белоктордун жана нуклеотиддердин биологиялык тизмегин салыштыруу жана алардын окшоштуктарын издөө үчүн кеңири колдонулган эки программа. Бул алгоритмдер ылдамдыкты эске алуу менен жазылган. Себеби, 1980-жылдардын орто ченинде окумуштуулар ДНКны лабораторияда бөлүп ала алышканда, бул жогорку ылдамдыкта кийинки изилдөөлөр үчүн окшош гендерди салыштыруу жана табуу зарылдыгын жараткан. Демек, бул эки программа колдонуучу өз суроо ырааттуулугу менен окшош ырааттуулуктарды тез издей ала тургандай кылып иштелип чыккан.
BLAST - Негизги Жергиликтүү тегиздөө издөө куралынын кыскартылган түрү жана эки ырааттуулукту салыштырууда локализацияланган ыкманы колдонот. FastA бул Fast Aга шилтеме жасаган программа, мында А бардыгын билдирет. Бул жерде программа ДНК секвенциясы үчүн Fast A жана белок үчүн Fast P сыяктуу алфавиттер менен иштейт. BLAST жана FastA экөө тең геномдук маалымат базасын салыштырууда абдан ылдам жана ошондуктан акча жагынан да, убакытты үнөмдөө жагынан да абдан пайдалуу.
BLAST деген эмне?
BLAST – 1990-жылы иштелип чыккан эң кеңири колдонулган биоинформатика программалык камсыздоосунун бири. Ошондон бери ал NCBI сайтында бардыгына жеткиликтүү. Мындан тышкары, каалаган адам бул программага кире алат жана аны колдоно алат. Мындан тышкары, BLAST FastA форматында киргизүү маалыматтарын же ырааттуулугун талап кылган программа. Бирок, ал ачык текст, HTML же XML форматында чыгаруу маалыматтарды берет. BLAST эки ырааттуулуктун ортосундагы локализацияланган окшоштуктарды издөө принцибинде иштейт жана окшош тизмектерди кыскача тизмелейт, андан кийин коңшулук окшоштуктарды издейт.
01-сүрөт: ЖАРЫЛГАН натыйжалар
Ошентип, бул программа окшош жергиликтүү аймактардын көп санын издейт жана босого мааниге жетүү боюнча жыйынтык берет. Бирок, бул процесс адегенде бүт ырааттуулукту издеп, андан кийин салыштырууну жүргүзгөн мурунку программалык камсыздоодон айырмаланат, демек, көп убакытты талап кылат.
Жогорудагы окшоштуктарды текшерүүдөн тышкары, BLASTтин ДНК картасын түзүү, ар кандай түрдөгү эки окшош генди салыштыруу, филогенетикалык даракты түзүү ж.б. сыяктуу көптөгөн башка максаттары бар.
FastA деген эмне?
FastA - протеин ырааттуулугун тегиздөө программасы. Дэвид Дж. Липман жана Уильям Р. Пирсон бул программаны 1985-жылы сүрөттөшкөн. Бул программанын алгачкы колдонулушу протеин тизмегин гана салыштыруу болгонуна карабастан, анын өзгөртүлгөн версиясы ДНК тизмегин да салыштыра алган. Бул жерде, бул программалык камсыздоо эки ырааттуулуктун ортосундагы окшоштуктарды статистикалык жактан табуу принцибин колдонот. Ал ДНКнын бир ырааттуулугун же белоктун башка ырааттуулугун жергиликтүү ырааттуу тегиздөө ыкмасы менен дал келет.
02-сүрөт: FastA
Бирок, ал окшоштук үчүн жергиликтүү аймактарды издейт, бирок эки ырааттуулуктун ортосундагы эң жакшы дал келбейт. Бул программалык камсыздоо кээде локализацияланган окшоштуктарды салыштыргандыктан, дал келбестиктерди да чыгарышы мүмкүн. Ырааттуулукта FastA к-тюптер деп аталган кичинекей бөлүктү алат, мында кортеждер 1ден 6га чейин болушу мүмкүн жана башка ырааттуулуктун к-тюптери менен дал келет. Дал келүү процессинин аягында, ал босого мааниге жеткенде, натыйжаны чыгарат.
BLAST менен FastAнын кандай окшоштуктары бар?
- BLAST жана FastA - протеин менен ДНК ырааттуулугун салыштыруу үчүн колдонулган биоинформатика куралдары.
- Ошондой эле, эки программа тең тизмектерди салыштыруу үчүн баллдык стратегияны колдонот.
- Мындан тышкары, эки курал тең жогорку так натыйжаларды берет.
BLAST менен FastAнын ортосунда кандай айырма бар?
BLAST - биологиялык тизмектердин окшоштугун текшерүү куралы. Башка жагынан алганда, FastA протеин жана ДНК тизмектеринин окшоштугун текшерүүгө көмөктөшүүчү дагы бир программа болуп саналат. Бирок, FastAга салыштырмалуу, BLAST программасы абдан популярдуу, анткени ал так жана тез натыйжаларды берет. Демек, бул BLAST жана FastA ортосундагы айырма. Андан тышкары, FastAдан айырмаланып, BLAST программасы колдонуучунун муктаждыгына жараша өзгөртүлүшү мүмкүн. Демек, бул BLAST менен FastA ортосундагы дагы бир айырма.
Төмөндөгү BLAST менен FastAнын айырмасы боюнча инфографика кененирээк маалымат берет.
Корытынды – BLAST vs FastA
BLAST жана FastA - бул колдонуучуга өзүнүн суроо ырааттуулугун учурдагы маалымат базаларындагы ырааттуулук менен салыштырууга жана окшоштуктарды текшерүүгө мүмкүндүк берген эки программа. FastAнын алгачкы максаты протеин тизмегин гана салыштыруу болгон. Бирок, бул программанын өзгөртүлгөн версиясы протеин менен ДНКнын ырааттуулугун салыштырууга жардам берет. FastA жакшы программа болгону менен, көпчүлүк адамдар BLAST тегиздөө куралын колдонушат, анткени ал популярдуу жана FastAга караганда так жана тез натыйжаларды берет. Ошондой эле, BLAST куралы колдонуучунун талаптарына ылайык өзгөртүлүшү мүмкүн. Кыскача айтканда, бул BLAST менен FastA ортосундагы айырманы жалпылайт.
