FASTA менен FASTQ ортосундагы негизги айырма - FASTA нуклеотиддерди же протеин ырааттуулугун гана сактаган текстке негизделген формат, ал эми FASTQ ырааттуулукту жана ага байланышкан ырааттуулуктун сапат баалуулуктарын сактаган текстке негизделген формат.
Биоинформатика - бул биологиялык маалыматтарды талдоо жана түшүнүү үчүн ар кандай программалык камсыздоону колдонгон тармак, өзгөчө маалыматтар жыйындысы татаал жана чоң болгондо. Бул тармак биологиялык маалыматтарды талдоо жана чечмелөө үчүн биологияны, химияны, физиканы, информатиканы, маалыматтык инженерияны, математиканы жана статистиканы бириктирет. FASTA жана FASTQ ырааттуулуктарды тегиздөө жана талдоо үчүн биоинформатика тармагындагы эки ырааттуулук көрсөтүү форматтары. Чынында, FASTQ ырааттуулугун сактоо мүмкүнчүлүгү менен FASTA форматын кеңейтүүчү ырааттуу файл форматы.
ФАСТА деген эмне?
FASTA – бул ДНК жана белок ырааттуулугу үчүн тегиздөө программасы. FASTA программасы FASTA форматын колдонот. Бул нуклеотиддердин ырааттуулугун же аминокислота (белок) тизмегин чагылдырган текстке негизделген формат. Бул жерде, бир тамга коддору бул эки ырааттуулукту билдирет. FASTA биоинформатика жана биохимия тармактарында маанилүү курал болуп саналат. Бул формат тизмектердин аталыштарына жана жорумдарына ырааттуулуктун алдына жол берет.
01-сүрөт: FASTA ырааттуулугу
Бул формат FASTA программасынан келип чыккан жана 1985-жылы Дэвид Дж. Липманн жана Уильям Р. Пирсон тарабынан киргизилген. FASTA куралы убакыттын өтүшү менен көптөгөн модификацияларга ээ болгон жана эң акыркы версиясы протеин: белок, ДНК үчүн программалардан турат.:ДНК, белок:которулган ДНК (кадрларды алмаштыруу менен) жана иреттелген же иретсиз пептиддик издөөлөр. FASTA берилген нуклеотид же аминокислота ырааттуулугун окуйт жана окшош маалымат базасынын ырааттуулугун табуу үчүн жергиликтүү ырааттуулукту тегиздөө аркылуу тиешелүү ырааттуулук базасын издейт.
FASTQ деген эмне?
FASTQ – биоинформатика тармагында колдонулган тегиздөө программасы, ал биологиялык ырааттуулукту (көбүнчө нуклеотиддердин ырааттуулугун) жана анын тиешелүү сапат упайларын сактайт. FASTQ алгач Wellcome Trust Sanger институту тарабынан FASTA форматталган ырааттуулугун жана тиешелүү сапат маалыматтарын бириктирүү үчүн иштелип чыккан. Биоинформатика тармагынын өнүгүшү менен, FASTQ көптөгөн жогорку өндүрүмдүүлүктөгү секвенирлөө инструменттеринин жыйынтыгын сактоо үчүн иш жүзүндө стандарт болуп калды.
FASTQ форматы ар бир ырааттуулукта төрт башка сапты колдонот. 1-сап @ белгиси менен башталат жана андан кийин ырааттуулуктун идентификатору (FASTA аталыш сызыгына окшош) келет. 2-сап чийки ырааттуу тамгалардан турат. 3-сапта ырааттуулук "+" белгиси менен башталат жана ыктыярдуу түрдө ошол эле ырааттуулуктун идентификатору менен коштолот.4-сап 2-саптагы ырааттуулуктун сапат маанилерин коддойт жана ырааттуулуктагы тамгалар менен бирдей сандагы символдордон турушу керек.
FASTA жана FASTQ ортосунда кандай окшоштуктар бар?
- FASTA жана FASTQ тегиздөө куралдары.
- Алар эки иреттүү көрсөтүү форматтары.
- Экөө тең биоинформатика тармагына байланыштуу.
- FAST жана FASTQ экөө тең сактоо жана иреттөө үчүн маанилүү куралдар.
- FASTQ - FASTA форматынын ырааттуулугун сактоо мүмкүнчүлүгү менен кеңейтүүсү.
FASTA жана FASTQ ортосунда кандай айырма бар?
FASTA – нуклеотиддерди же белок тизмектерин гана сактаган текстке негизделген формат, ал эми FASTQ – ырааттуулукту жана ага байланыштуу сапат баалуулуктарын сактаган текстке негизделген формат. Ошентип, бул FASTA жана FASTQ ортосундагы негизги айырма. Андан тышкары, FASTA ырааттуулук фрагменттерин картага түшүрүлгөндөн кийин сактайт, ал эми FASTQ ырааттуулук фрагменттерин картага түшүрүүдөн мурун сактайт. Мындан тышкары, FASTA менен FASTQ ортосундагы дагы бир айырмачылык, FASTA бир сүрөттөмө сабынан, ал эми FASTAQ төрт саптан турат.
Төмөнкү инфографикада FASTA менен FASTQ ортосундагы айырмачылыктар жанаша салыштыруу үчүн таблица түрүндө берилген.
Кыскача маалымат – FASTA жана FASTQ
Биоинформатика FASTA жана FASTQ сыяктуу ырааттуулуктун ар кандай форматтарын колдонот. FASTA - бул ДНК жана белок ырааттуулугу үчүн тегиздөө программасы. Ал протеин: белок, ДНК: ДНК, белок: которулган ДНК (кадрларды алмаштыруу менен) жана иреттелген же иретсиз пептиддик издөө программаларынан турат. FASTQ - бул биоинформатика тармагында колдонулган тегиздөө программасы жана биологиялык ырааттуулукту (көбүнчө нуклеотиддердин ырааттуулугун) жана анын тиешелүү сапат упайларын сактайт. FASTA бир сүрөттөмө сабынан, ал эми FASTQ төрт саптан турат. Ошентип, бул FASTA жана FASTQ ортосундагы айырманы жалпылайт.
