ЛИНИЯЛАР менен SINEлердин негизги айырмасы линиялар (узун кесилишкен ядролук элементтер) LTR эмес узунураак ретротранспозондордун бир түрү, ал эми SINE (кыска аралыкта жайгашкан ядролук элементтер) LTR эмес бир кыйла кыска ретротранспозондордун бир түрү болуп саналат.
LTR эмес ретротранспозондор узак терминалдык кайталоолорду (LTR) камтыбайт. Бирок аларда тескери транскриптаза, РНКны байланыштыруучу протеин, нуклеаза жана рибонуклеаза Н домени үчүн гендер бар. LTR эмес ретротранспозондор кыска кайталанууга ээ. Бул кайталоолордун бири-бирине жакын негиздеринин тескери ирети бар. Мындан тышкары, LTR эмес ретротранспозондор да LRT транспозондорунда түз кайталанууга ээ. LTR эмес ретротранспозондор LINEs жана SINE болуп эки категорияга бөлүнөт.
Сиздер деген эмне?
ЛИНИЯЛАР (узун кесилишкен ядролук элементтер) узунураак LTR эмес ретротранспозондор. Алар эукариоттордун геномдорунда кеңири таралган. Алар көбүнчө адам геномунун 21,1% түзөт. Ар бир LINE узундугу болжол менен 7000 негизги жуп. линиялар мРНКга транскрипцияланып, тескери транскриптаза ферменти катары иштей ала турган протеинге которула алат. Бул тескери транскриптаза LINEs РНКнын ДНК көчүрмөлөрүн чыгарат. Бул ДНК көчүрмөлөрү жаңы сайтта геномго интеграцияланышы мүмкүн.
01-сүрөт: LINES жана SINE
Адам геномунда LINE-1 деп аталган бир гана мол сызык бар. LINE-1 элементинин узундугу 6000 негизги жупка жакын. Адамдын геномунда болжол менен 100 000 кесилген LINE-1 элементтери бар. Кокус мутация LINEs пайда болушу мүмкүн. Кокус мутациялардан улам линиялар бузулушу мүмкүн. Алар мындан ары транскрипцияланбайт жана которулбайт. Мындан тышкары, линиялар L1, RTE, R2, I жана жокей сыяктуу беш негизги топко бириктирилген. Бул беш топ дагы 28 класска бөлүнөт.
LINEлар адатта максаттуу тескери транскрипция механизми (TPRT) деп аталган механизм аркылуу таралат. Линияларды киргизүү гемофилия А, рак, мендел оорусу ж.б. сыяктуу адамдын ооруларын пайда кылат. Линиялардын гипометиляциясы рактын айрым түрлөрүн да козгойт.
SINE деген эмне?
SINEs (кыска аралыкта жайгашкан ядролук элементтер) LTR эмес бир кыйла кыска ретротранспозондордун бир түрү. Алардын узундугу 100дөн 700гө чейин негизги жуптар. SINEs ошондой эле РНК аралык заттар аркылуу эукариоттук геномдор бою өздөрүн күчөп ДНК элементтери болуп саналат. SINEs сүт эмүүчүлөрдүн геномунун болжол менен 13% түзөт. SINEлердин ички аймактары тРНКдан келип чыгат. Ал абдан сакталган бойдон калууда. Алар көбүнчө омурткалуулардын жана омурткасыздардын көптөгөн түрлөрүндө болот. SINEдеги копия санынын вариациясы жана мутациялары түрлөрдүн филогенияга негизделген классификациясын түзүү үчүн киргизилиши мүмкүн.
SINEлерди үч негизги түргө топтоого болот: CORE-SINEs, V-SINEs жана AmnSINEs. Alu элементи приматтарда эң кеңири таралган SINE болуп саналат. Мындан тышкары, SINEs киргизүү менен байланышкан 50дөн ашык адам оорулары бар. Экзондун ичине же жанына киргизгенде, алар туура эмес жабыштырууга же окуу кадрын өзгөртүүгө алып келиши мүмкүн. Бул оорунун фенотиптерине алып келет: эмчек рагы, жоон ичеги рагы, лейкемия, гемофилия, муковисцидоз, жоон ичеги рагы, Дент оорусу, нейрофиброматоз ж.б.
LINES жана SINE ортосунда кандай окшоштуктар бар?
- LINEs жана SINE LTR эмес ретротранспозондордун эки түрү.
- Экөөнүн тең узун терминал аймактары (LTR) жок.
- Экөө тең негизинен эукариоттордо гана кездешет.
- Алар экөө тең автономдуу эмес.
СЫЗЫКТАР менен SINEдердин ортосунда кандай айырма бар?
LINEлар узунураак LTR эмес ретротранспозондор, ал эми SINE бир кыйла кыска LTR эмес ретротранспозондор. Ошентип, бул LINEs жана SINE ортосундагы негизги айырма. Андан тышкары, LINES тескери транскриптаза ферментине код берет, ал эми SINE тескери транскриптаза ферментине код бербейт. Ошентип, бул LINE жана SINE ортосундагы дагы бир айырма.
LINE жана SINE ортосундагы көбүрөөк айырмачылыктар жанаша салыштыруу үчүн таблица түрүндө төмөндө келтирилген.
Корытынды – LINEs vs SINE
Ретротранспозондор негизинен бардык эукариоттордо кездешет, бирок прокариоттордо жок. Болжол менен адам геномунун 37% ретротранспозондорду камтыйт. ретротранспозондор негизинен эки түрү бар: LTR жана Non-LTR ретротранспозондор. LTR эмес ретротранспозондор LTR ретротранспозондорунда бар узак терминалдык кайталоолорду (LTR) камтыбайт. LTR эмес ретротранспозондор андан ары эки категорияга бөлүнөт: LINEs жана SINEs. LINEлар узунураак LTR эмес ретротранспозондор, ал эми SINE бир кыйла кыска LTR эмес ретротранспозондор. Ошентип, бул LINE жана SINE ортосундагы айырманын кыскача корутундусу.
