dNTP менен ddNTP ортосундагы негизги айырма dNTP же дезоксирибонуклеотиддер ДНКнын курулуш материалы болуп саналат жана пентоза кант структурасында 3′-OH тобуна ээ, ал эми ddNTP же дидеоксинуклеозид трифосфаттары 3′-OH тобу жок нуклеотиддер жана алар ар кандай узундуктагы ДНК тизмектерин өндүрүү үчүн Сэнгер дидеокси ДНК секвенирлөө техникасында колдонулат.
dNTP жана ddNTP - нуклеотиддер. dNTP дезоксирибоза нуклеотиддерин билдирет. Алар ДНКнын курулуш материалы болуп саналат. dNTPs ДНКны синтездөө үчүн колдонулат. dNTP, экинчи жагынан, dideoxynucleoside triphosphates билдирет. Алар ар кандай узундуктагы ДНК синтезин токтотуу үчүн Сэнгер секвенирлөөсүндө колдонулат. Аларда 3-орунда OH тобу жок. OH тобунун ордуна 3' абалында суутек бар. Демек, ddNTPs кийинки нуклеотид менен фосфодиэфир байланышын түзө албайт. dNTP ДНКнын синтезин жүргүзүүгө жөндөмдүү, ал эми ddNTP ДНКнын полимеризациясын токтотууга жөндөмдүү.
dNTP деген эмне?
dNTP дезоксирибоза нуклеотидди же дезоксирибонуклеотидди билдирет. Ал ДНКнын курулуш материалы болуп саналат. dNTPs төрт түрү бар. Алар dATP, dTTP, dCTP жана dGTP. Алар пуриндик же пиримидиндик азоттук негиздер боюнча аталат: Аденин (А), Гуанин (G), Тимин (Т) жана Цитозин (С).
01-сүрөт: dNTP
Аденин жана гуанин пурин негиздери, ал эми тимин жана цитозин пиримидин негиздери. dNTP пентоз канты дезоксирибоза болуп саналат. Фосфаттык группа да бар. Демек, dNTP үч компоненттен турат: азоттук негиз, дезоксирибоза кант жана фосфат тобу. Бул dNTPs фосфодиэфир байланыштары аркылуу бири-бири менен биригет. dNTPs, пентозалык канттын 3′ позициясына OH тобу бар, ал кийинки нуклеотиддин кантынын 5′ көмүртекине туташтырылган фосфат тобу менен байланыш түзүү үчүн талап кылынат. Бардык dNTPs бул 3ʹ -OH тобуна ээ болгондуктан, алар ДНК тилкелерин синтездеп жана узартууга жөндөмдүү. Демек, dNTP ДНКнын жана гендердин химиялык затынын негизги кайталануучу бирдиги катары иштейт. ДНКнын синтези ар дайым 5ʹден 3ʹге чейин жүрөт.
DdNTP деген эмне?
Сенжер секвенциясы 1977-жылы Фредерик Сэнгер жана анын колледждери тарабынан иштелип чыккан биринчи муундагы ДНК секвенирлөө ыкмасы. Ал ошондой эле чынжырды токтотуу секвенциясы же дидеокси секвенциясы деп аталат, анткени бул методдун негизги принциби дидеоксинуклеозид трифосфатын колдонуу менен чынжырды токтотуу болуп саналат. (ddNTPs). ddNTPs Сангер секвенирлөөдө колдонулган нуклеотиддер болуп саналат. Сэнгер секвенциясы ddNTPтердин тандалма кошулушуна жана ДНКнын in vitro репликациясынын учурунда ДНК синтезин токтотууга негизделген. ddNTPs өзгөчөлүгү, алар чектеш нуклеотиддеги 5′ фосфат тобунун ортосунда фосфодиэстер байланышын түзүүнү улантуу үчүн пентоз кантында 3′-OH тобунун жоктугунда. Демек, бир ddNTP узартылган жипке тиркелгенден кийин, чынжырдын узартылышы токтойт жана ошол жерден бүтөт. ddNTPs Сэнгер секвенирлөө ыкмасы учурунда ДНК полимеразанын чынжырды узартуучу ингибиторлору катары иштешет.
02-сүрөт: ddNTP
Төрт ddNTP бар: ddATP, ddCTP, ddGTP жана ddTTP Sanger секвенирлөөсүндө колдонулат. Бул нуклеотиддер ДНКнын репликация процессин токтотот, алар ДНКнын өсүп жаткан тилкесине кошулат. Натыйжада, Сэнгер секвенциясы ар кандай узундуктагы кыска ДНКны түзөт. Капиллярдык гел электрофорези бул кыска ДНК тилкелерин гелдин өлчөмү боюнча уюштуруу үчүн колдонулат. ddNTPs радиоактивдүү же флуоресценттик түрдө ДНК ырааттуулугун анализдөө үчүн ар кандай түстөр менен белгиленет. Гельди анализдөө менен белгисиз ДНК тилкесинин нуклеотиддик ырааттуулугун аныктоого болот.
dNTP менен DdNTP ортосунда кандай окшоштуктар бар?
- dNTP жана ddNTP экөө тең Сангер секвенирлөөсүндө колдонулат.
- dNTP жана ddNTP төрт түрү бар.
- Алар үч компоненттен турат: азоттуу негиз, дезоксирибоза кант жана фосфат топтору.
dNTP менен DdNTP ортосунда кандай айырма бар?
dNTP - ДНКнын курулуш материалы болгон дезоксирибонуклеотиддердин төрт түрүнүн бири. ddNTP Сэнгер секвенирлөө техникасында колдонулган dideoxyribonucleoside triphosphates төрт түрүнүн бири болуп саналат. dNTP пентоза кантында 3′-OH тобу бар, ал эми ddNTPде пентоза кантында 3′-OH тобу жок. Ошентип, бул dNTP жана ddNTP ортосундагы негизги айырма. Мындан тышкары, dNTPs ДНК полимеризациясын жүргүзөт, ал эми ddNTPs ДНК полимеризациясын токтотот. Демек, бул dNTP менен ddNTP ортосундагы дагы бир негизги айырма.
Төмөнкү инфографикада dNTP менен ddNTP ортосундагы айырмачылыктар таблица түрүндө келтирилген.
Корытынды – dNTP vs DdNTP
Нормалдуу dNTPs ДНКнын курулуш блоктору, ал эми ddNTPs Сангер секвенирлөө техникасында колдонулган нуклеотиддер. dNTPде 3ʹ-OH бар, ал эми ddNTPде 3ʹ-OH жок. Ошентип, бул dNTP жана ddNTP ортосундагы негизги айырма. Мындан тышкары, dNTP ДНК тилкесин синтездей алат, ал эми ddNTP ДНК полимеризациясын токтото алат. Ошондуктан, ddNTPs Сангер секвенирлөөсүндө ар кандай узундуктагы ар кандай ДНК тилкелерин өндүрүү үчүн колдонулат. Sanger секвенирлөө учурунда dNTP да, ddNTP да камтылган.
