Негизги айырмасы – Хромосома менен басуу жана секирүү
Хромосоманы басуу жана хромосомадан секирүү - молекулярдык биологияда хромосомаларда гендерди табуу жана геномдордун физикалык картасын түзүү үчүн колдонулган эки техникалык курал. Хромосоманы басуу - геномдук китепкананын чектеш клондорун кайталап изоляциялоо жана клондоо жолу менен геномдук китепканада максаттуу генди клондоо үчүн колдонулган ыкма. Хромосомалык секирүү - хромосомалык басуунун өзгөчө версиясы, ал хромосомалык басуунун үзүлүү чектерин жеңет. Хромосомалык басуу хромосомалардын кичинекей узундуктарын гана тизип, картага түшүрө алат, ал эми хромосомалык секирүү хромосомалардын чоң бөлүктөрүн секвенирлөө мүмкүнчүлүгүн берет. Бул хромосомалык басуу менен хромосомалык секирүүнүн ортосундагы негизги айырма.
Хромосоманын жүрүшү деген эмне?
Хромосомаларды басуу – бул хромосомалардын белгисиз ырааттуу аймактарын кабатталган чектөө фрагменттерин колдонуу менен изилдеген курал. Хромосома менен жүрүүдө белгилүү гендин бир бөлүгү зонд катары колдонулат жана картага түшүрүлө турган же тизмектелүүчү хромосоманын толук узундугун мүнөздөйт. Бул маркерден максаттуу узундукка чейин барат. Хромосомалардын басылышында ар бир кабатталган фрагменттердин учтары кийинки ырааттуулукту аныктоо үчүн гибриддештирүү үчүн колдонулат.
Зонддор клондолгон ДНКнын акыркы бөлүктөрүнөн даярдалат жана алар субклондолот. Андан кийин алар кийинки кабатталган фрагментти табуу үчүн колдонулат. Бул бири-бирин кайталаган тизмектердин баары хромосоманын генетикалык картасын түзүү жана максаттуу гендерди табуу үчүн колдонулат. Бул кайра түзүлгөн геномдук китепканадан бир-бирин кайталаган майда фрагменттери аркылуу ДНКнын узун бөлүктөрүн талдоо ыкмасы.
Хромосомаларды басуу техникасы – кадамдар
-
Белгилүү генди же максаттуу гендин жанында маркерди камтыган ДНК фрагментинин изоляциясы
- Тандалган фрагменттин чектөө картасын даярдоо жана зонд катары колдонуу үчүн фрагменттин соңку аймагын субклондоо
- Зондду кийинки кабатталган фрагмент менен гибриддештирүү
- Кийинки кабатталган фрагментти идентификациялоо үчүн зонд катары колдонуу үчүн 1-фрагменттин чектөө картасын даярдоо жана 1-фрагменттин акыркы аймагын субклондоо.
- Зонддун кийинки кабатталган фрагменти 2 менен гибриддештирүү
- 2-фрагменттин чектөө картасын даярдоо жана 2-фрагменттин соңку аймагын субклондоо кийинки кабатталган фрагментти идентификациялоо үчүн проб катары кызмат кылуу
Жогорудагы кадамдар максаттуу генге чейин же ырааттуулуктун жалпы узундугунун 3' аягына чейин улантылышы керек.
01-сүрөт: Хромосомаларды басуу техникасы
Хромосома менен басуу көптөгөн организмдердин SNPларын табууда жана генетикалык жактан жугуучу ооруларды талдоодо жана тиешелүү гендердин мутацияларын табууда цитогенетикалык маанилүү аспект болуп саналат.
Хромосоманын секирүү деген эмне?
Хромосомалык секирүү – бул организмдердин геномдорун физикалык картага түшүрүү үчүн молекулалык биологияда колдонулган ыкма. Бул ыкма клондоо процессинде кайталануучу ДНК аймактарын табууда пайда болгон хромосомалык басуу тоскоолдугун жеңүү үчүн киргизилген. Ошондуктан, хромосомалардын секирүү ыкмасы хромосомалык басуунун өзгөчө версиясы катары каралышы мүмкүн. Бул хромосомалык басууга салыштырмалуу тез ыкма жана хромосомалык басуу учурунда клондолуп калбаган кайталануучу ДНК тизмегин айланып өтүүгө мүмкүндүк берет. Хромосомалык секирүү максаттуу ген менен геном картасын түзүү үчүн жеткиликтүү белгилүү маркерлердин ортосундагы ажырымды кыскартат.
Хромосоманы секирүү куралы атайын чектөөчү эндонуклеазалар менен белгилүү бир ДНКны кесүү жана фрагменттерди тегеректелген илмектерге байлоо менен башталат. Андан кийин белгилүү ырааттуулуктан иштелип чыккан праймер тегеректелген илмектерди иреттөө үчүн колдонулат. Бул праймер альтернативалуу түрдө секирүү жана секвенирлөө мүмкүнчүлүгүн берет. Демек, ал кайталануучу ДНК ырааттуулугун айланып өтүп, максаттуу генди издөө үчүн хромосома аркылуу тез жүрө алат.
Муковисциддик фиброз оорусун коддогон гендин ачылышы хромосомалык секирүү куралын колдонуу менен жасалган. Хромосомалык секирүү жана басуу бириктирилгенде геномдун картасын түзүү процессин жакшыртат.
02-сүрөт: Хромосоманын секирүүсү
Хромосоманы басуу менен секирүүнүн ортосунда кандай айырма бар?
Хромосомалык басуу жана секирүү |
|
| Хромосома – молекулярдык биологияда геномдун картасын түзүү жана белгилүү гендердин ордун аныктоо үчүн колдонулган курал. | Хромосоманы секирүү – геномдорду физикалык картага түшүрүү жана хромосомаларда максаттуу гендерди тез табуу үчүн колдонулган курал. |
| Салыштырмалуу ырааттуулуктун узундугу | |
| Кичинекей фрагменттерди гана хромосомалык басуу аркылуу клондосо болот. | Хромосомалардын чоңураак узундугун хромосомалык секирүү аркылуу аныктоого болот. |
| Хромосомалардагы кайталануучу ДНКны клондоо | |
| Хромосомаларды басуу техникасы хромосомаларда табылган кайталануучу ДНК тизмектерин басып өтүүдө кыйынчылык жаратат. | Бул кайталануучу ДНК тизмегин айланып өтүүгө мүмкүндүк берет. Ошондуктан аларды секвенирлөө учурунда табуу кыйынчылык жаратпайт. |
| Процесстерге таасир этүүчү факторлор | |
| Процесстин ийгилиги геномдун көлөмүнө жана белгилүү геномдук абалдан керектүү генге чейин "басып өтүү" керек болгон аралыкка жараша болот. | Ийгилик маркерден максатка чейинки аралыктын геномунун өлчөмүнөн көз каранды эмес. |
| Клондолбогон ДНКнын эффекттери | |
| Хромосомалык басууну клондолбогон ДНК фрагменттери токтотсо болот. | Пиколо ойной турган эң төмөнкү нота: D4. |
| Белгилүү ырааттуулук керек | |
| Процесс максатка жакын белгилүү генден башталат. | Праймерди долбоорлоо үчүн процесс белгилүү фрагментти талап кылат. |
Кыскача маалымат – Хромосоманын жүрүшү жана секирүү
Хромосомалык басуу белгилүү бир ген хромосомадагы мурда клондолгон гендин жанында жайгашканы белгилүү болгондо жана аны геномдук китепканадан чектеш геномдук клондорду кайталап изоляциялоо менен аныктоого мүмкүн болгондо колдонулат. Бирок, хромосомалык басуу техникасы учурунда кайталануучу ДНК аймактары табылганда, процессти улантуу мүмкүн эмес. Демек, техника ошол жерден бузулат. Хромосомалык секирүү бул геномдорду картага түшүрүү үчүн бул чектөөнү жеңүүчү молекулярдык биологиялык курал. Ал клондоо кыйын болгон бул кайталануучу ДНК аймактарын айланып өтүп, геномдордун физикалык картасын түзүүгө жардам берет. Бул хромосоманын басуу менен секирүү ортосундагы негизги айырма.
