Негизги айырмасы – Алга жана Артка Primer
Полимераздык чынжыр реакциясы (ПТР) – молекулярдык биологиялык колдонмолордо колдонулган ДНКны күчөтүү ыкмасы. Бул өзгөчө кызыкдар болгон ДНК ырааттуулугунун миллиондогон-миллиарддаган көчүрмөлөрүн жасаган кеңири колдонулган ыкма. Бул лабораторияларда жасалган in vitro ыкмасы. ПТР ыкмасы толугу менен Taq полимераза деп аталган коммерциялык түрдө өндүрүлгөн ДНК полимеразага көз каранды. Ошондой эле бир нече башка компоненттерди жана туура температураны сактоону талап кылат. Маанилүү компоненттердин бири - праймерлер. Праймерлер - максаттуу ДНК ырааттуулугу үчүн атайын иштелип чыккан кыска ДНК тизмектери. Алардын узундугу адатта 20 нуклеотидге жакын. Так полимераза нуклеотиддердин мурдатан бар болгон нуклеотиддердин ырааттуулугуна кошулушун катализдейт. Демек, праймерлер жаңы жиптердин синтезинин баштапкы чекиттери катары кызмат кылат. Taq полимераза 5'тен 3'ге чейинки багытта гана иштейт, демек ДНК синтези 5'тен 3'ге чейинки багытта жүрөт. ДНК эки тизмектүү болгондуктан, ПТРде эки типтеги праймер керектелет. Алар алдыга праймер жана тескери праймер деп аталат. Алдыга жана артка праймерлер ДНК синтези пайда болгондо ДНКдагы праймердин узартуу багытынын негизинде деп аталат. Алдыга праймер антисенстик ДНК тилкеси менен эритип, гендин 5' дан 3' багытка чейинки +ve тилкесинин синтезин баштайт. Тескери праймер сезүү тилкеси менен кошулат жана коддоочу катардын комплементарлык тилкесинин синтезин баштайт; бул – гендин жипчеси 5’тен 3’ге чейин. Бул алдыга жана артка праймерлердин ортосундагы негизги айырма.
Forward Primer деген эмне?
Алга багыттоо – гендин коддоо тилкесинин же сезүү тилкесинин синтези. Taq полимераза 5' 3' багытында жаңы жиптин синтезин катализдейт. Коддоочу жиптин синтези праймер коддолбогон же антисенстик тилке менен эритип, 5'ден 3'ге чейин созулганда пайда болот.
01-сүрөт: Алга жана артка примерлер
Антисенс жипчеси же коддолбогон жипче же шаблон тилкеси менен күйгүзүүчү праймер алдыга праймер катары белгилүү, анткени алдыга багытталган праймер коддоо же гендин оң тилкесин синтездөө үчүн баштапкы чекит катары иштейт. Алдыдагы праймер кыска нуклеотид ырааттуулугуна ээ, ал антисенстик жиптин 3' каптал жагын толуктап турат. Ал антисенстик жип менен гибриддешип, Taq полимеразасын калыпка кошумча болгон нуклеотиддерди кошууга көмөктөшөт.
Тескери праймер деген эмне?
Тескери праймер – бул сезүү тилкесинин 3' учу же коддоочу тилке менен күйгүзүүчү кыска ДНК тизмеги. Тескери праймер коддоо ырааттуулугунун же коддолбогон ырааттуулуктун кошумча тилкесин синтездөө үчүн баштапкы чекит катары кызмат кылат. Тескери праймер коддоо тилкесинин 3' учуна кошумча иштелип чыккан. Демек, ал коддоочу жиптин капталындагы 3' учу менен жылдырат жана Taq полимеразага антисенстик жипти же шаблондук жипти синтездөөгө мүмкүндүк берет. Анын багыты тескери болгондуктан, бул праймер тескери праймер деп белгиленген.
Терки жана алдыга праймерлер ДНКнын максаттуу же кызыкдар болгон айрым аймактарынын миллиондогон-миллиарддаган көчүрмөлөрүн өндүрүү үчүн маанилүү.
Алга жана артка Primer ортосунда кандай окшоштуктар бар?
- Алга жана Артка праймерлер олигонуклеотиддерден жасалган.
- Алга жана артка багытталган праймерлер ДНКнын кош тилкелеринин каптал учтарын толуктоочу кыска нуклеотиддик ырааттуулукка ээ.
- Алга жана Артка праймерлер адатта 20 нуклеотидден турат.
- Алга жана артка праймерлер полимераздык чынжыр реакцияларында колдонулат.
- Алга жана артка праймерлер коммерциялык түрдө синтезделет.
- Алга жана Артка праймерлер тең температурага туруктуу жана аларда адатта окшош Tm болот.
- Алга жана Артка Праймерлердин экөө тең максаттуу ДНК ырааттуулугу менен күйгүзүлөт.
- Алга жана артка праймерлер ПТР реакцияларына ылайык иштелип чыккан.
- Алга жана артка праймерлер ДНКны күчөтүү үчүн баштапкы чекит катары кызмат кылат.
- Терки жана алдыга праймерлер максаттуу же кызыкдар ДНК ырааттуулугунун белгилүү бир аймактарынын миллион нускасын өндүрүү үчүн маанилүү.
Алга жана артка Primer ортосунда кандай айырма бар?
Алга Primer vs Reverse Primer |
|
| Алга праймер – бул коддолбогон 3' аягы же гендин шаблон тилкеси менен гибриддештирилген жана коддоо ырааттуулугун синтездөө үчүн баштапкы чекит катары кызмат кылган кыска ДНК тизмеги. | Тескери праймер – кыска ДНК ырааттуулугу, ал коддоонун 3' аягы же шаблон эмес тилке менен гибриддешип, коддолбогон ырааттуулукту синтездөө үчүн баштапкы чекит катары кызмат кылат. |
| Күйүүчү жип | |
| Шаблон жиптери менен алдыга жылдыргычтар. | Тескери праймерди шаблон эмес жип менен жылдырыңыз. |
| Натыйжадагы жаңы ырааттуулук | |
| Алга праймер коддоо ырааттуулугунун синтезин жеңилдетет. | Тескери праймер коддолбогон ырааттуулуктун синтезин жеңилдетет. |
Кыскача маалымат – Алдыга жана Артка Primer
ПТР техникасында праймерлердин эки түрү бар. Алар алдыга жана артка праймерлер. Жаңы ДНК тизмегинин синтезиндеги праймердин узартылышынын негизинде бул праймерлер белгиленет же аталат. Taq полимераза жаңы ДНКны 5' 3' багытында синтездейт. Демек, праймерлер кош жиптердин 3' учуна кошумча катары иштелип чыккан. 5'тен 3'ге чейин созулган алдыга праймер антисенстин 3' аягы же шаблон же коддолбогон ырааттуулук менен гибриддешет. Ал коддоо ырааттуулугун синтездөө үчүн баштапкы чекит катары кызмат кылат. 5'тен 3'ге чейин созулган тескери праймер коддоонун 3' учу же шаблон эмес же сезүүчү жип менен гибриддешет. Ал коддолбогон ырааттуулукту синтездөө үчүн баштапкы чекит катары кызмат кылат. Бул алдыга жана артка праймердин ортосундагы айырма.
