Негизги айырмасы – Проб менен Primer
Молекулярдык зонд ДНКдагы же РНКдагы комплементарлык тизмектерди тааныган жана максаттуу ырааттуулукту идентификациялоого мүмкүндүк берген кичинекей ДНК же РНК фрагменти. Праймер ДНК синтези үчүн баштапкы чекит катары кызмат кылган ДНКнын же РНКнын кичинекей бөлүгү. Праймерлер жана зонддор шаблон ДНКсынын же максаттуу ДНКнын комплементарлык нуклеотиддери менен гибриддешет. Бирок, зонд менен праймердин ортосундагы негизги айырма - праймерлер ДНКнын репликациясы үчүн, ал эми зонддор ДНК үлгүсүндөгү белгилүү ырааттуулуктарды аныктоо үчүн зарыл.
Зонд деген эмне?
Зонд – бул үлгүдөгү максаттуу ДНКны же РНКны молекулалык гибриддештирүү жолу менен аныктоо үчүн колдонулган ДНКнын же РНКнын кичинекей фрагменти. Алар ошондой эле молекулярдык маркерлер катары белгилүү. Зонддун узундугу ар кандай болушу мүмкүн (100дөн 1000ге чейин) жана зонд нуклеотиддери максаттуу ырааттуулуктун бөлүгүн толуктап турат. Аныктоо оңой болушу үчүн зонддор радиоактивдүү изотоптор же флуоресценттик боёктор же антителолор менен белгиленет. Зонддор максаттуу ырааттуулуктун комплементарлык негиздери менен байланышып, үлгүдөгү максаттуу ДНКнын же РНКнын бар экендигин аныктайт. Зонддорду этикеткалоонун эки негизги ыкмасы бар: аягы энбелгилөө жана ник которуу. Зонддор ар кандай түрлөргө бөлүнөт, анын ичинде ДНК зонддору, РНК зонддору, cDNa зонддору жана синтетикалык олигонуклеотиддер зонддору жана алар ар кандай ыкмалар менен даярдалат.
Зонддор вирусология, соттук патология, аталыкты аныктоо, ДНК манжаларынын изин алуу, генетикалык ооруларды аныктоо, RFLP, молекулярдык цитогенетика, in situ гибриддештирүү ж.б.у.с көптөгөн микробдук жана молекулярдык тармактарда маанилүү куралдар болуп саналат.
01-сүрөт: Флюоресценттик белги коюлган зонд FISHте патогенди аныктоо үчүн колдонулган
Праймер деген эмне?
Праймер – бул ДНК синтези үчүн демилгечи катары кызмат кылган кыска ДНК же РНК фрагменти. ДНК-полимераза ферменти нуклеотиддерди праймер ырааттуулугунун 3' OH тобуна кошуп, ДНК шаблонуна комплементарлык жаңы тизмекти синтездейт. Праймерлер 18-20 нуклеотиддердин узундугу менен өтө кыска фрагменттер. Алар in vitro ДНКны күчөтүү (ПТР) үчүн лабораторияда химиялык синтезделет. Праймерлерде нуклеотиддердин ар кандай ырааттуулугу болушу мүмкүн, анткени алар колдонуучу тарабынан иштелип чыккан. Алар шаблон ДНКнын толуктоочу негиздери менен дал синтезделет. Демек, ал нуклеотиддердин ар кандай ырааттуулугуна ээ болушу мүмкүн. Праймерлер ДНКнын репликациясы үчүн өтө маанилүү, анткени ДНК полимераза жаңы ДНКны ДНКнын бир бөлүгү жок синтездей албайт. ПТР үчүн праймерлерди долбоорлоодо төмөнкү нерселерди эске алуу керек:
- Праймерлерде ДНКнын көбөйгүсү келген каптал учуна кошумча нуклеотиддер болушу керек.
- Праймерлердин эрүү температурасы 55 – 65 ортосунда болушу керек 0C
- G жана C мазмуну 50-60% болушу керек.
Эки праймер ДНК үлгүсүнүн эки тилкесин тең репликациялоо үчүн ПТРде алдыга жана артка колдонулат. Праймерлер көбүнчө ПТР жана ДНК секвенирлөө үчүн колдонулат.
02-сүрөт: ПТРде праймерди жылдыруу
Зонд менен Primer ортосунда кандай айырма бар?
Зонд менен Primer |
|
| Зонд – молекулалык гибриддештирүү жолу менен үлгүдөгү максаттуу ырааттуулуктун бар экендигин аныктоо үчүн колдонулган ДНК/РНКнын кичинекей фрагменти. | Праймер – ДНКнын репликациясы үчүн баштапкы чекит катары кызмат кылган ДНКнын же РНКнын кичинекей бөлүгү. |
| Функция | |
| Бул ДНКнын же РНКнын үлгүсүндө белгилүү бир ырааттуулуктун бар экенин аныктайт. | Бул ДНК синтези үчүн баштапкы чекит катары иштейт. |
| Узундук | |
| Узундугу 100 – 1000 базанын аралыгында болушу мүмкүн | Узундугу жалпысынан болжол менен 18 – 20 негиз |
| Толуктоочу ырааттуулук менен байлоо | |
| Зонд максаттуу ырааттуулуктун кошумча негиздери менен гибриддешет | Праймер ДНК тизмектеринин комплементарлык негиздери менен кошулат. |
| Энбелгилөө | |
| Зонддор оңой табуу үчүн белгиленген | Праймерлер көбүнчө белгиленбейт |
| ПЦРде колдонуу | |
| Зонддор ПТРде колдонулбайт | Праймерлер ПТРде колдонулат |
Кыскача – Проб жана Primer
Зонд – бул үлгүдөгү максаттуу ырааттуулукту аныктоо үчүн комплементарлык нуклеотиддер менен гибриддештирилиши мүмкүн болгон ДНК же РНК ырааттуулугунун кичинекей фрагменти. Зонддор максаттуу ырааттуулуктун бар экендигин көрүү үчүн радиоактивдүү, иммунологиялык же флуоресценттик деп белгиленет. Primer - бул in vitro ДНКны күчөтүү үчүн баштапкы чекит катары иш алып барган өтө кичинекей ДНК же РНК фрагменти. ДНК полимераза 3' OH тобунун праймерин аныктайт жана шаблонду толуктаган жаңы жипти курууну баштайт. Зонддор жана праймерлер комплементардык нуклеотиддер менен гибриддештирүү аркылуу окшош иштешет. Ошентип, зонд менен праймердин ортосундагы негизги айырма алардын негизги функциясы болуп саналат.
