Негизги айырмасы – Exome жана Transscriptome
Генде коддоочу жана коддолбогон аймактар бар. Коддоо ырааттуулугу экзондор, ал эми коддолбогон тизмектер интрондор деп аталат. Гендин экзондорунун нуклеотиддик тизмеги белгилүү бир белокту синтездөө үчүн гендин генетикалык кодун билдирет. Демек, экзондор мРНК молекуласында калат. Геномдун жалпы экзон аймагы экзома деп аталат жана ал геномдун маанилүү бөлүгү болуп саналат. Гендердин генетикалык коду протеинди өндүрүү үчүн зарыл болгон mRNA молекуласынын генетикалык кодуна айланат. Бир убакта бир клеткада же клетка популяциясында транскрипцияланган бүт мРНК молекулалары транскриптом деп аталат. Экзома менен транскриптомдун негизги айырмасы - экзома геномдун экзондук аймактарынын ырааттуулугун, ал эми транскриптом клетканын же ткандын белгилүү бир убактагы жалпы мРНКсын билдирет.
Exome деген эмне?
Гендер экзондордон, интрондордон жана жөнгө салуучу тизмектерден турат. Экзондор - транскрипция учурунда мРНК ырааттуулугуна транскрипцияланган ген аймактары. Транскрипция учурунда интрондор жана башка коддолбогон аймактар алынып салынат. Экзондордун нуклеотиддик ырааттуулугу ал коддогон белгилүү бир протеинди синтездеген гендин генетикалык кодун аныктайт. Протеиндин мРНКсынын ичинде экзондор гана калат. Геномдогу экзондордун жыйындысы организмдин экзомасы деп аталат. Ал гендерде чагылдырылган геномдун бир бөлүгүн билдирет. Адамдарда экзома геномдун 1% түзөт. Бул адам геномунун белок коддоочу бөлүгү.
01-сүрөт: Exome
Transcriptome деген эмне?
Транскриптом – бул ткандагы бардык белокту коддоочу жана коддобогон транскрипттердин (РНКлар) жыйындысы. Транскриптом клеткадагы же кыртыштагы гендер тарабынан туюнтулган жалпы мРНК молекулаларынын жыйындысын билдирет. Клетканын транскриптому башка клетка түрүнүн транскриптому менен өзгөрүшү мүмкүн. Транскриптом да динамикалык - ал ички жана тышкы стимулдарга жооп катары убакыттын өтүшү менен өзгөрөт. Атүгүл бир ткандын ичинде же бир клетка түрүнүн ичинде, транскриптом бир нече мүнөттөн кийин өзгөрүшү мүмкүн.
Транскриптом организмдин экзомадан айырмаланат. Транскриптом экспрессиялык тизмектерди гана камтыйт. Клетканын экзомасы бирдей бойдон калса да, транскриптом клеткалар арасында айырмаланат, анткени гендин экспрессиясы бардык клеткалар же ткандар үчүн бирдей эмес. Ар кандай клеткаларда жана кыртыштарда маанилүү гендер гана көрсөтүлөт. Ген экспрессиясы - бул кыртыштын же клетканын түрүнүн белгилүү процесси. Бул ар кандай факторлор, анын ичинде экологиялык факторлор менен жөнгө салынат. Демек, транскриптом тышкы чөйрөнүн шарттарына жараша өзгөрүшү мүмкүн.
Транскриптом протеомиканы изилдөө үчүн прекурсор катары колдонулат. Бардык белоктор мРНК тизмегинен алынат. Трансляциялык модификациялар белоктордун өзгөрүшүнө алып келиши мүмкүн. Бирок, транскриптом протеомикалык изилдөөлөр үчүн маанилүү негизги маалыматты камсыз кылат.
02-сүрөт: эмбриондук өзөк клеткаларынын транскриптому
Exome менен Транскриптомдун ортосунда кандай айырма бар?
Exome жана Transscriptome |
|
| Экзома – гендердин белок коддоочу аймагынын жыйындысы. | Транскриптом – бул бардык транскрипцияланган РНКнын жыйындысы, анын ичинде мРНК. |
| Үлгү | |
| Экзома ДНК үлгүсү аркылуу изилденет. | Транскриптом РНК үлгүсү аркылуу изилденет. |
| Изилдөө методу | |
| Бүтүндөй экзоманы секвенирлөө - экзоманы изилдөө ыкмасы. | РНК секвенциясы – транскриптомду изилдөө ыкмасы. |
Кыскача – Exome жана Transscriptome
Экзондор гендердин коддоо тизмеги жана белоктордун mRNA тизмегин аныктайт. Бул коддоо тизмектеринин (экзондордун) жыйындысы организмдин экзомасы деп аталат. Белокторду жасоодон мурун гендер мРНК молекулаларына транскрипцияланат. Клетканын же кыртыштын жалпы мРНК молекулалары каалаган убакта транскриптом деп аталат. Транскриптом каалаган убакта мРНКга активдүү чагылдырылган гендерди билдирет. Транскриптом клеткага жана тканга мүнөздүү жана айлана-чөйрөнүн шарттарына таасир этет. Бул экзома менен транскриптомдун айырмасы.
