Негизги айырмасы – Экзома менен РНК секвенциясы
Нуклеин кислотасынын секвенциясы – бул организмдин ДНКсынын же РНКсынын белгилүү бир фрагментиндеги нуклеотиддердин тартибин аныктоочу техника. Секвенирлөө клетканын ДНК жана РНК түзүмүн аныктоодо жана функциялык белокторду коддогон айрым гендерди айырмалоодо маанилүү; Ошентип, секвенирлөө бул гендердин мутацияларын жана ген экспрессияларын түшүнүү үчүн колдонулушу мүмкүн. Sanger Sequencing ыкмасы же өнүккөн Кийинки муун секвенирлөө ыкмалары көбүнчө колдонулган секвенирлөө ыкмалары. Экзомдук ырааттуулук - бул организмде бар экзондордун же коддоочу ДНК аймактарынын толук топтомунун ырааттуулугу, ал эми РНК секвенциясы рибонуклеиндик кислоталардын (РНК) секвенирлөө процедурасы. Бул экзома менен РНК тизмегинин ортосундагы негизги айырма.
Exome Sequencing деген эмне?
Экзома – белгилүү бир организмдин коддоочу гендеринен турган геномдун бир бөлүгү. Коддоочу гендер экзондор деп аталат жана мРНКга транскрипцияланып, анан аминокислота тизмегине которулат. Транскрипциядан кийинки модификациялар учурунда эукариоттордогу РНКны бириктирүү механизми интрондорду (коддобогон аймактар) жок кылат, ал эми экзондор калат. Экзомаларды ырааттуулоонун эки негизги ыкмасы бар: чечимге негизделген жана массивге негизделген.
Эритмеге негизделген экзома секвенирлөөдө ДНК үлгүлөрү же чектөө ферменттери же механикалык ыкма менен фрагменттелишет жана жылуулук менен денатураталанат. Бул ыкмада биотинилденген олигонуклеотиддик зонддор (жемдер) геномдогу максаттуу аймактар менен тандап гибриддештирүү үчүн колдонулат. Магниттик стрептавидин мончоктору милдеттүү кадам үчүн колдонулат. Байланыштыруудан кийин жууш кадамы жүрөт, анда байланышпаган жана максатсыз тизмектер жуулат. Байланышкан буталар андан кийин Полимераздык чынжыр реакциясы (ПТР) менен күчөтүлүп, андан соң Сэнгер секвенирлөө же Кийинки муун ырааттуулугу ыкмаларын колдонуу менен секвенирленет.
01-сүрөт: Экзома ырааттуулугу
Массивге негизделген ыкма да эритмеге негизделген ыкмага окшош, бирок ДНК фрагменттери микро массивге тартылып, андан кийин секвенирлөөнүн алдында байланыш жана жуу кадамдары аткарылат.
Экзома секвенциясы оорулардын генетикалык диагностикасы, ген терапиясы, жаңы генетикалык маркерлерди аныктоо, айыл чарбасында ар кандай пайдалуу агротехникалык сапаттарды аныктоо жана өсүмдүктөрдү өстүрүү процедуралары сыяктуу көптөгөн колдонмолордо колдонулат.
РНК ырааттуулугу деген эмне?
РНК секвенциясы клетканын толук транскрипттери болгон транскриптомдун негизинде түзүлөт. РНК секвенирлөөнүн негизги максаттары – мРНКны, коддолбогон РНКны жана кичинекей РНКны кошкондо, транскрипттин бардык түрлөрүн каталогдоштуруу, гендердин транскрипциялык түзүлүшүн аныктоо жана өнүгүү учурунда ар бир транскрипттин экспрессия деңгээлин аныктоо. РНК секвенирлөө учурунда алгач секвенирлөө үчүн гибриддештирүү технологиялары (алар жетилген mRNA ырааттуулугунан алынган кошумча ДНК болгон) колдонулган. Учурда РНК секвенциясы үчүн тагыраак жана өркүндөтүлгөн өткөрүү ыкмасы колдонулууда.
02-сүрөт: РНК ырааттуулугу
РНК секвенирлөөсүндө жалпы РНК же фракцияланган РНК боло турган РНК үлгүсү тескери транскрипцияны колдонуу менен анын толуктоочу ДНКсына (cDNA) айландырылат жана кДНК китепканасы даярдалат. Ар бир cDNA фрагменти адаптерлерге эки тараптан (жуп аягы секвенирование) же бир тараптан (бир аягы секвенирлөө) тиркелет. Бул тегтелген ырааттуулуктар Сэнгер секвенциясы же экзома секвенциясы сыяктуу кийинки муундун жардамы менен тизилген.
Экзома менен РНК тизмегинин кандай окшоштуктары бар?
- Кыска тандалган фрагменттерди же ДНК/РНКнын бүтүндөй топтомун Экзом же РНК секвенциясы үчүн колдонсо болот.
- Тикеленген фрагменттер китепканаларда сакталат.
- Sanger секвенциясы же Кийинки муун секвенциясы колдонулушу мүмкүн.
- Экөө тең in vitro секвенирлөө ыкмалары.
- Изтелген фрагменттерди флуоресценттик тегдер менен аныктоого болот.
Экзома менен РНК тизмегинин ортосунда кандай айырма бар?
Экзома менен РНК тизмеги |
|
| Экзома секвенциясы - бул организмде бар экзондордун же коддоочу ДНК аймактарынын толук топтомунун ырааттуулугу. | РНК секвенциясы рибонуклеиндик кислоталардын (РНК) секвенирлөө процедурасын билдирет; транскриптом. |
| Башталгыч үлгү | |
| Геномдук ДНК экзома секвенирлөөнүн баштапкы үлгүсү. | РНК РНК секвенирлөөнүн баштапкы үлгүсү. |
| Композиция | |
| Бул жалпы ДНКнын Exons деп аталган коддоочу аймактарын гана камтыйт | Бул РНК-мРНКны / транскриптомду камтыйт. |
| Издиктоо | |
| Экзома секвенирлөөнүн эки негизги ыкмасы бар; чечимге негизделген жана массивге негизделген технологиялар. | РНК секвенциясы жалпы РНКны же фрагменттелген РНКны бөлүп алуу аркылуу cDNA китепканасын даярдоо аркылуу ишке ашырылат. |
Кыскача маалымат – Экзомага каршы РНК секвенциясы
Экзома – бул организмдин коддоо аймактарынын толук жыйындысы жана Экзомдун так нуклеотид тартибин аныктоого катышкан ыкмалар экзома секвенциясы деп аталат. РНК секвенирлөө организмдин РНКсынын нуклеотиддик тартибин аныктоого катышкан техника. Бул экзома менен РНК тизмегинин ортосундагы айырма.
Exome жана РНК тизмегинин PDF версиясын жүктөп алыңыз
Сиз бул макаланын PDF версиясын жүктөп алып, шилтеме эскертүүсүнө ылайык оффлайн максаттарында колдоно аласыз. Сураныч, PDF версиясын бул жерден жүктөп алыңыз Exome жана RNA Sequencing ортосундагы айырма
