Метагеномика менен метатранскриптомиянын ортосундагы негизги айырма ар бир аймакта изилденген биомолекулалардын түрүнө көз каранды. Метагеномика ДНКны, анын ырааттуулугун жана организмдердеги жүрүм-турумун изилдейт, ал эми метатранскриптомика транскрипцияланган ДНКны, негизинен мРНК ырааттуулугун жана анын организмдердеги жүрүм-турумун изилдейт.
Метагеномика жана метатранскриптомика - бул микробдук коомчулукка карата көп жылдар бою популярдуулукка ээ болгон эки тармак. Алар саламаттыкты сактоодо, өнөр жайда жана айыл чарба биотехнологиясында маанилүү. Метагеномика да, метатранскриптомия да жамааттагы жеке организмдерди жана алардын пайдалуу же зыяндуу функциялык ролдорун изилдөөгө мүмкүндүк берет.
Метагеномика деген эмне?
Метагеномика – дезоксирибонуклеиндик кислотаны (ДНК) изилдеген изилдөө тармагы. Бул микробдук коомчулукка абдан тиешелүү. Ошондой эле, бул геномикага салыштырмалуу өнүккөн тармак. Геномияда белгилүү бир организмдердин ДНКсына талдоо жүргүзүлөт. Бирок, метагеномика организмдердин жамааты боюнча генетикалык материалды талдоону камтыйт. Ошентип, бул бир шартка же бир чөйрөгө тиешелүү организмдер коомчулугунун жүрүм-турумун изилдөөгө мүмкүндүк берет.
01-сүрөт: Метагеномика
Метагеномика изилдөөлөрүнүн негизги ыкмасы - бул микро массив технологиясын колдонгон Кийинки муундун ырааттуулугу (NGS). NGS ыкмалары белгилүү бир ДНК тизмегинин бар же жоктугу үчүн бир реакцияда бир нече организмдерди талдай алат. Бул ДНК тизмеги бир оорунун абалы же айлана-чөйрөнүн абалы үчүн жооптуу болушу мүмкүн. Демек, метагеномикалык билимди колдонуу менен организмдердин скрининги оңой жана так жүргүзүлүшү мүмкүн. NGS учурунда секвенирлөө кыскача окууда ишке ашат жана организмдердин ДНКсынын профили түзүлөт. 16s ДНК ырааттуулугу микроорганизмдерге байланыштуу метагеномикада изилденген популярдуу ырааттуулук.
Организмдер жамаатынын ырааттуулугунан кийин, ырааттуулуктарды тегиздөө керек. Негизги жергиликтүү тегиздөө ырааттуулугу куралы (BLAST) сыяктуу куралдар тегиздөө тапшырмасын аткаруу үчүн колдонулат. Тегиздөөдөн кийин филогенетикалык дарак коомдогу ар бир организмдин мамилесин жана анын жүрүм-турумуна байланыштуу деталдарды берет.
Метатранскриптомика деген эмне?
Метатранскриптомика – бул организмдин транскриптому менен алектенген изилдөө тармагы. Транскриптом ДНК транскрипциясы учурунда транскрипцияланган бүт РНК тизмегин түзөт. Транскриптомдогу мРНК тизмеги генетикалык экспрессия жөнүндө маалымат берет. Метатранскриптомика популяциялар же жамааттар боюнча бир нече транскриптомдордун анализи.
02-сүрөт: Транскриптомдук анализ
Метатранскриптомикалык изилдөөлөр ошондой эле кыска окуу тизмегинин ырааттуулугун табуу үчүн микроаррей технологияларын колдонот. Мындан тышкары, метатранскриптомика тегиздөө куралдарын жана дарактарды долбоорлоо ыкмаларын колдонуу менен кылдат биоинформатика анализин камтыйт. Бирок, метагеномикага салыштырмалуу метатранскриптомиянын тармагы бир топ кыйын. mRNA же РНКны бүтүндөй алуу көрүнгөндөй оңой эмес. РНК кыйроого өтө жакын болгондуктан жана жашоо мөөнөтү өтө кыска болгондуктан, аларды сактоо жана сактоо мүмкүн болгон суроо болушу мүмкүн.
Метагеномика менен Метатранскриптомиянын кандай окшоштуктары бар?
- Метагеномика жана метатранскриптомика – организмдердин коомдоштуктарын, негизинен микробдук жамааттарды талдоо үчүн жогорку өткөрүү ыкмалары.
- Эки техника тең жыйынтыктарды чыгаруу үчүн микроаррей технологиясын колдонот.
- Алынган натыйжалар көбүнчө BLAST тегиздөө жана Филогенетикалык дарактар аркылуу талданат.
- Мындан тышкары, эки ыкма тең бир организмге эмес, топко же жамааттык организмдерге багытталган.
- Мындан тышкары, эки түшүнүк тең негизинен микробдорго карата изилденет – негизги себеби алардын ар түрдүү ролдору.
Метагеномика менен Метатранскриптомиянын ортосунда кандай айырма бар?
Метагеномика жана метатранскриптомика организмдердин коомчулугундагы генетикалык заттын анализин камтыйт. Ошентип, метагеномика ДНКнын схемаларына жана ырааттуулугуна тиешелүү, ал эми метатранскриптомика мРНКнын же транскрипцияланган ДНКнын анализин билдирет. Демек, бул метагеномика менен метатранскриптомиянын ортосундагы негизги айырма.
Андан тышкары, казып алуу процедурасы эки техникада тең айырмаланат; метагеномика ДНКны экстракциялоо процедураларын, ал эми метатранскриптомия РНКны алуу процедураларын камтыйт. Демек, бул да метагеномика менен метатранскриптомиянын ортосундагы олуттуу айырма.
Төмөнкү инфографика метагеномика менен метатранскриптомиянын айырмасын жалпылайт:
Кыскача – Метагеномика жана Метатранскриптомика
Метагеномика жана метатранскриптомика белгилүү бир шарт үчүн организмдер коомчулугун талдоочу жаңы изилдөө тармактары. Ошентип, метагеномика ДНК тизмегинин анализин билдирет. Ал эми, метатранскриптомика РНК ырааттуулугун же транскрипцияланган ДНК продуктуларын талдоону билдирет. Бул жагынан алганда, метатранскриптомика белгилүү бир окуя үчүн ген экспрессиясын аныктоого мүмкүндүк берет. Экөө тең мутацияларды жана алардын таасирин талдоодо маанилүү. Бул алдын ала диагноз үчүн колдонулган тез жана ишенимдүү ыкмалары болуп саналат. Ошентип, бул метагеномика менен метатранскриптомиянын ортосундагы айырманын корутундусу.
