Негизги айырма – AFLP менен RFLP
ДНК изилдөөлөрү филогенетикалык байланыштарды түшүнүүдө жана аныктоодо, генетикалык ооруларды диагностикалоодо жана организмдин геномдорун картага түшүрүүдө чоң мааниге ээ. ДНК анализи менен байланышкан бир нече ыкмалар белгилүү бир генди же белгисиз ДНКнын бассейниндеги ДНК ырааттуулугун аныктоо үчүн да колдонулат. Алар молекулярдык маркерлер катары белгилүү. Күчөтүлгөн фрагмент узундугу полиморфизми (AFLP) жана чектөө фрагментинин узундугу полиморфизми (RFLP) организмдердин ортосундагы генетикалык өзгөрүүнү аныктоо үчүн молекулярдык биологияда иштелип чыккан эки молекулярдык маркер (метод) болуп саналат. Эки ыкма тең бирдей маанилүү жана артыкчылыктары менен кемчиликтери бар. AFLP менен RFLP ортосундагы негизги айырма AFLP сиңирүү ДНКсынын тандалма ПТР күчөтүүсүн камтыйт, ал эми RFLP ДНК фрагменттеринин тандалма ПТР күчөтүүсүн камтыбайт.
AFLP деген эмне?
AFLP (Ampplified Fragment Length Polymorphism) молекулярдык биологиядагы маанилүү курал болуп саналат жана генетикалык вариация анализинде кеңири колдонулат. AFLP фрагменттелген геномдук ДНКнын спецификалык ПТР күчөтүүсүнө жана гел электрофорези аркылуу авторадиографтар менен полиморфизмди аныктоого негизделген. AFLP штаммдардагы генетикалык айырмачылыктарды же өсүмдүктөрдүн, жаныбарлардын, бактериялардын жана козу карындардын, анын ичинде ар кандай падышалыктардын жакын түрлөрүн аныктоого чоң салым кошот. AFLP аз өлчөмдөгү белгисиз ДНК үлгүлөрү менен жүргүзүлүшү мүмкүн. Ал алдын ала ырааттуулукту билүүнү жана зонддорду долбоорлоону талап кылбайт.
AFLP кадамдары
- ДНКнын изоляциясы
- ДНКны чектөө эндонуклеазалары менен сиңирүү
- Адапторлор менен чектелген ДНК фрагменттерин лигациялоо
- Белгилүү чектөө жерлери бар фрагменттердин тандалма күчөтүлүшү
- Гель электрофорези менен ПТР продуктуларын бөлүү
- Гель матрицасын авторадиограф аркылуу визуалдаштыруу
AFLP - бул бир нече таксондордун, анын ичинде козу карындардын, бактериялардын, өсүмдүктөрдүн жана жаныбарлардын ДНК ырааттуулугун алдын ала билбестен ДНК профилин түзүүдө колдонула турган сезгич жана кайталануучу ыкма. Бул өтө сезгич мүнөзүнө байланыштуу популяциялардагы адамдардын ортосундагы бир аз айырмачылыктарды аныктоого жардам берет. AFLP геномдун картасын түзүүдө, соттук-медициналык изилдөөдө, ата-эненин текшерүүсүндө, генотиптөөдө жана башкаларда да маанилүү.
01-сүрөт: AFLP
RFLP деген эмне?
Чектөө фрагментинин узундугу полиморфизмдери (RFLPs) гомологдук ДНК тизмектериндеги генетикалык вариацияларды аныктоо үчүн колдонулган ыкма. Бул ДНК профилин түзүү үчүн иштелип чыккан биринчи ыкма. Организмдердин уникалдуу ДНК манжа издери же ДНК профилдери бар. RFLP түр ичиндеги же тыгыз байланышкан организмдердин ДНК профилдеринин ортосундагы вариацияны талдоо үчүн маанилүү инструмент катары кызмат кылат, анткени гомологдук тизмектер белгилүү бир организм үчүн уникалдуу болгон ар кандай чектөө жерлерине (жайгашкандарына) ээ. Гомологдук ДНК белгилүү бир чектөө эндонуклеазалары менен сиңирилгенде, ал ар бир адамга уникалдуу болгон ар кандай ДНК профилдерин пайда кылат. Ошондуктан, бул методдун принциби гомологдук ДНКны спецификалык чектөө ферменттери менен чектөө жана гелдик электрофорез жана блоттинг аркылуу фрагменттин узундугунун полиморфизмин талдоо аркылуу организмдер арасындагы генетикалык вариацияны аныктоо болуп саналат. Бүтүрүү үлгүлөрү ар бир организм үчүн уникалдуу жана спецификалык генотиптерди мүнөздөйт.
RFLP кадамдары
- Үлгүлөрдөн жетиштүү сандагы ДНКны бөлүп алуу
- ДНК үлгүлөрүн спецификалык чектөө эндонуклеазалары менен кыска ырааттуулукка фрагментациялоо
- Алынган фрагменттерди агароз гел электрофорези менен ар кандай узундуктагы бөлүү.
- Гель профилин Southern Blotting аркылуу мембранага өткөрүү
- Мембрананы энбелгиленген зонддор менен гибриддештирүү жана ар бир профилдеги фрагменттин узундугу полиморфизмине талдоо
RFLP - бул оорунун тукум куугунтугун аныктоодо жана үй-бүлө мүчөлөрүнүн арасында оорунун пайда болуу коркунучун аныктоодо абдан маанилүү ыкма. RFLP геномдун картасын түзүүдө, криминалистикадагы кылмышкерлерди аныктоодо, аталыкты аныктоодо ж.б. көп колдонулат. RFLP бир нече чектөөлөргө ээ. RFLP гибриддештирүү үчүн зонддорду долбоорлоо үчүн ырааттуулук маалыматтарын алдын ала билүүнү талап кылат. Ал ошондой эле анализдөө үчүн үлгүдөн жетиштүү сандагы ДНКны бөлүп алууну талап кылат, бул соттук изилдөөдө кыйын.
01-сүрөт: RRFLP картасы
AFLP менен RFLP ортосунда кандай айырма бар?
ALFP крш RFLP |
|
| AFLP сиңирилген ДНКнын тандалма ПТР күчөтүүсүн камтыйт. | RFLP, ПЦР-RFLP болбосо, ПТРди камтыбайт. |
| Изилдөө | |
| Алдын ала ырааттуулукту билүү талап кылынбайт. | Дайындалган RFLP зонддору үчүн ырааттуулукту алдын ала билүү талап кылынат. |
| Ишенимдүүлүк | |
| Бул ишенимдүү. | Бул AFLPге салыштырмалуу анча ишенимдүү эмес. |
| Полиморфизмди аныктоонун эффективдүүлүгү | |
| Бул RFLPге караганда полиморфизмди аныктоодо натыйжалуураак. | Бул AFLPге салыштырмалуу азыраак натыйжалуу. |
| Баасы | |
| Бул RFLPге салыштырмалуу бир аз кымбат. | Бул AFLPге салыштырмалуу арзаныраак. |
| Колдонмолор | |
| AFLPs геномдун картасына, ДНК манжа изине, генетикалык ар түрдүүлүктү изилдөөгө, аталыкты аныктоого жана соттук экспертизага колдонулду | RFLP анализи геномдун картасын түзүүдө, генетикалык бузулуулар үчүн гендерди локалдаштырууда, оору коркунучун аныктоодо жана аталыкты аныктоодо маанилүү курал болуп саналат. |
Корытынды – AFLP жана RFLP
AFLP жана RFLP көп түрдүүлүктү баалоо жана молекулярдык биологиядагы генетикалык мамилелерди баалоо үчүн генетикалык маркерлер катары колдонулган эки ыкма. AFLP RFLP караганда организмдердин ортосундагы генетикалык полиморфизмди аныктоо үчүн натыйжалуу жана сезгич ыкма катары кызмат кылат. Бирок, бул эки ыкма тең генетикалык вариацияларды аныктоодо ар кандай эффективдүүлүккө ээ болсо да, алар дагы эле ДНКнын манжа изин жана ооруну аныктоо үчүн колдонулат.
