Негизги айырма – RAPD жана RFLP
Генетикалык маркерлер Молекулярдык биологияда индивиддердин жана түрлөрдүн ортосундагы генетикалык вариацияларды аныктоо үчүн колдонулат. Random Amplified Polymorphic ДНК (RAPD) жана Чектөө фрагментинин узундугу полиморфизми (RFLP) лабораторияларда дайыма колдонулган эки маанилүү молекулярдык маркерлер болуп саналат. RAPD кыска жана ыктыярдуу олигонуклеотиддик праймерлер менен аткарылат жана ал организмдин ДНКсынын шаблону боюнча бир нече жерлерди кокустук менен күчөтүүгө негизделген. RFLP белгилүү бир чектөө эндонуклеазасы менен аткарылат жана ал келип чыккан чектөө фрагменттеринин жана гибриддештирүүнүн полиморфизмине негизделген. RAPL менен RFLP ортосундагы негизги айырма, RAPD алдын ала ырааттуулук билими жок аткарылган ПТР техникасынын бир түрү, ал эми RFLP ПТРге катышпайт жана техниканы аткаруу үчүн алдын ала ырааттуулук билимин талап кылат.
RAPD деген эмне?
RAPD - молекулярдык биологиядагы пайдалуу молекулярдык маркер. Бул тез жана жеңил техника. RAPD максаттуу ДНК шаблонунун бир нече жерлеринин кокустук күчөшүнүн натыйжасында полиморфтук ДНК ырааттуулугуна алып келген ыкма катары аныкталышы мүмкүн. RAPD ПЦР күчөтүү үчүн ыктыярдуу ырааттуулугу бар кыска олигонуклеотиддик праймерлерди колдонот. Праймерлер жасалма жол менен алдын ала ырааттуулук билимсиз синтезделет. Демек, ал жеңил жана пайдалуу ыкма катары каралат.
Төмөнкү негизги кадамдар RAPD үчүн камтылган.
- Максаттуу ДНКнын алынышы
- Кокус тандалып алынган праймерлердин жардамы менен максаттуу ДНКнын бир нече жерлерин күчөтүү
- Күчтүү ПТР азыктарынын гел электрофорези
- Этидий бромиди менен боёо жана полиморфизмди аныктоо
Праймерди күйдүрүүнүн өзгөрүшүнүн натыйжасында күчөтүү учурунда ар кандай узундуктагы ар кандай фрагменттер пайда болот. Демек, гелдер боюнча лента үлгүлөрү жеке адамдар жана түрлөр арасында ар кандай болот. Ошентип, RAPD идентификация жана дифференциялоодо организмдердин генетикалык вариациясын аныктоого мүмкүндүк берет.
RAPD молекулярдык биологиянын ар кандай изилдөөлөрүндө колдонулат, мисалы, жакын түрлөрдүн ортосундагы генетикалык айырманы аныктоо, гендик карта түзүү, ДНК манжа изин алуу, тукум куума ооруларды аныктоо ж.б.
01-сүрөт: RAPD
RFLP деген эмне?
Чектөө фрагментинин узундугу полиморфизмдери (RFLPs) - гомологдук ДНК тизмектериндеги генетикалык вариацияны аныктоо үчүн молекулярдык биологияда колдонулган молекулярдык маркер. Бул ДНК манжа изин изилдөө үчүн иштелип чыккан биринчи генетикалык маркер. Бардык организмдер өзгөчө чектөө ферменттери менен чектелгенде уникалдуу ДНК профилдерин чыгарышат. RFLP инсандардын уникалдуу ДНК профилдерин өндүрүүдө жана алардын арасындагы генетикалык вариацияны аныктоодо маанилүү курал катары кызмат кылат. ДНК үлгүлөрү спецификалык чектөө эндонуклеазалары менен сиңирилгенде, ал ар бир адамга уникалдуу болгон ар кандай ДНК профилдерин берет. Ошондуктан, бул методдун принциби гомологдук ДНКны спецификалык чектөө ферменттери менен чектөө жана гелдик электрофорез жана блоттинг аркылуу фрагменттин узундугунун полиморфизмин талдоо аркылуу организмдер арасындагы генетикалык вариацияны аныктоо болуп саналат. Бүтүрүү үлгүлөрү ар бир организм үчүн уникалдуу жана спецификалык генотиптерди мүнөздөйт.
Төмөнкү кадамдар RFLP менен коштолот.
- Үлгүлөрдөн жетиштүү сандагы ДНКны бөлүп алуу
- ДНК үлгүлөрүн спецификалык чектөө эндонуклеазалары менен кыска ырааттуулукка фрагментациялоо
- Алынган фрагменттерди агароз гел электрофорези менен ар кандай узундуктагы бөлүү.
- Гель профилин Southern Blotting аркылуу мембранага өткөрүү
- Мембрананы энбелгиленген зонддор менен гибриддештирүү жана ар бир профилдеги фрагменттин узундугу полиморфизмине талдоо
RFLP тукум куучулук оорулардын диагностикасы, геномдун картасын түзүү, соттук-медициналык изилдөөлөрдөгү кылмышты аныктоо, аталыкты аныктоо ж.б. сыяктуу ар кандай колдонмолорго ээ.
02-сүрөт: RFLP генотиптөө
RAPD менен RFLP ортосунда кандай айырма бар?
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD – кокус праймерлерге жана ПТРге негизделген молекулярдык маркер. | RFLP - ар кандай узундуктагы чектөө фрагменттерин өндүрүүгө негизделген молекулярдык маркер. |
| Талап кылынган үлгү | |
| Чакан ДНК үлгүлөрү RAPD анализи үчүн жетиштүү. | RFLP анализи үчүн көп сандагы экстракцияланган ДНК үлгүсү талап кылынат. |
| Убакыт | |
| RAPD – тез процесс. | RFLP көп убакытты талап кылган процесс. |
| Праймерди колдонуу | |
| Кокус праймерлер колдонулат жана бир эле праймерлер ар кандай түрлөр үчүн колдонулушу мүмкүн. | Түргө тиешелүү зонддор RFLPде гибриддештирүү үчүн колдонулат. |
| Ишенимдүүлүк | |
| Техниканын ишенимдүүлүгү RFLPге салыштырмалуу азыраак. | RFLP - ишенимдүү техника. |
| Блотинг | |
| RAPD түштүк тазалоону камтыйт. | Түштүк тазалоо - RFLPдин бир кадамы. |
| Аллельдик вариацияны аныктоо | |
| Аллельдик вариацияларды RAPD аныктоо мүмкүн эмес. | Аллельдик вариациялар RFLP аркылуу аныкталат. |
| Изилдөөнүн зарылдыгы | |
| RAPD алдын ала ырааттуулукту билүүнү талап кылбайт. | Зондду долбоорлоо үчүн ырааттуулукту алдын ала билүү талап кылынат. |
| PCR | |
| ПЦР RAPD менен катышат | ПТР RFLP менен катышпайт. |
| Кайталануу | |
| RAPD төмөн кайталанууга жөндөмдүү | RFLP RAPDге салыштырмалуу жогорку кайталанууга жөндөмдүү. |
Кыскача – RAPD жана RFLP
RAPD жана RFLP молекулярдык биологияда колдонулган маанилүү маркерлер болуп саналат. Эки ыкма тең организмдер арасындагы генетикалык өзгөрүүнү аныктоого жөндөмдүү. RAPD туш келди праймерлерди колдонуу менен жүзөгө ашырылат. RFLP атайын чектөө энзимдерин колдонуу менен жүзөгө ашырылат. Эки ыкма тең жеке организмдер үчүн уникалдуу ДНК профилдерин чыгарат. RAPD RFLP караганда салыштырмалуу бир нече кадамдарды камтыйт. Бирок ал RFLPге караганда азыраак ишенимдүү жана кайталануучу натыйжаларды берет. Бул RAPD менен RFLP ортосундагы негизги айырма.
