Мотив менен домендин ортосундагы негизги айырма - бул мотив өз алдынча туруктуу эмес, ал эми домен өз алдынча туруктуу.
Белоктар биздин денебизде бар маанилүү биологиялык макромолекулалар. Башка жагынан алганда, гендин генетикалык коду бир белоктун аминокислота ырааттуулугун чечет. Мындан тышкары, белоктор биринчилик, экинчилик жана үчүнчү даражадагы түзүлүшкө ээ. Негизги түзүлүшү - полипептиддик чынжырдын аминокислота ырааттуулугу. Полипептид чынжырлары бири-бири менен бүктөлгөндө, белоктун экинчилик структурасын түзөт. Альфа спиралдары, бета баракчалары жана супер-экинчи структуралар экинчи даражадагы структураларга кирет. Супер-экинчи элементтердин кээ бир топтору белок мотивдери деп аталат. Протеиндин үчүнчү даражалуу түзүлүшү протеиндин милдетин чечүүчү анын үч өлчөмдүү түзүлүшүн билдирет. Домен - бул белок молекуласынын бүктөлгөн бөлүгү, ал глобулярдуу жана дискреттик функцияга ээ. Бул белоктун негизги функционалдуу жана үч өлчөмдүү түзүлүшү.
Мотив деген эмне?
Мотив - альфа спиральдары жана бета структуралары сыяктуу белоктордун супер экинчи элементтеринин белгилүү бир тобу. Алар ар кандай протеиндердеги кандайдыр бир калыптар. Мотивдер экинчи даражадагы структуралык элементтердин бүктөлүү схемаларын жана алардын өз ара аракеттенүүсүн сүрөттөйт. Бул бүктөлүүчү үлгүлөр үчүнчү даражадагы структураларда болгон окшош байланыштар аркылуу турукташтырылат. Бирок алар үчүнчү даражадагы структуралардай татаал эмес.
01-сүрөт: Мотив
Алар белоктордун экинчилик структураларынын жөнөкөй айкалышы. Мотив өзүнөн өзү туруктуу эмес. Мындан тышкары, мотивдер белоктун түзүлүшүн түшүндүрөт, бирок белоктун функциясын алдын ала айтышпайт. Белок оюмдарынын мисалдары: бета-альфа-бета мотиви, грек ачкыч оюму, бета бочка, бета-меандр мотиви ж.б.
Домен деген эмне?
Домен белоктун негизги, функционалдык жана үч өлчөмдүү бирдиги. Ал белгилүү бир функцияны аткарат. Бир белок бир нече ар кандай домендерге ээ болушу мүмкүн. Ар бир домен көз карандысыз бирдик болуп саналат. Бул глобулярдуу түзүлүш. Ал белгилүү бир функция же өз ара аракеттенүү үчүн жооптуу. Домендерди мүнөздөлбөгөн протеиндин функциясын гипотезалоо үчүн колдонсо болот. Белокту талдоодо аны эске алуу зарыл, анткени домендер белоктун функционалдуу бирдиктери болуп саналат.
02-сүрөт: Пируват киназынын үч башка домени
Домендер абдан туруктуу жана компакт түзүмдөр. Аларды башка аймактардан оңой эле айырмалоого болот. Пируват киназа 02-сүрөттө көрсөтүлгөндөй үч айырмалоочу доменге ээ. Домендин узундугу ар кандай болушу мүмкүн жана орточо узундугу 100 аминокислота. Ар бир домен экинчи структуралык бирдиктерден курулган гидрофобдук өзөктү камтыйт. Бир нече домендер чогуу протеиндин үчүнчү даражалуу түзүлүшүн түзөт.
Мотив менен домендин кандай окшоштуктары бар?
- Мотив жана домен белок молекулаларында бар бирдиктер.
- Алар белок үй-бүлөлөрүн классификациялоодо пайдалуу.
Мотив менен домендин ортосунда кандай айырма бар?
Мотив - альфа спиральдары жана бета структуралары сыяктуу белоктордун супер экинчи элементтеринин белгилүү бир тобу, ал эми домен белоктун функционалдык бирдиги. Мындан тышкары, мотив экинчи структура болуп саналат, ал эми домен белоктун үчүнчү структурасы үчүн жооптуу. Мындан тышкары, домен мотивден айырмаланып, көз карандысыз бирдик болуп саналат. Ошондой эле, домен белоктун функциясын сүрөттөйт, ал эми мотив жок. Бул мотив менен домендин ортосундагы негизги айырмачылыктар. Төмөнкү инфографикада мотив менен домендин ортосундагы айырма таблица түрүндө берилген.
Кыскача – Мотив менен Домен
Мотив – белок молекуласынын экинчилик структураларынын тизилиши. Ал доменден айырмаланып, адатта, өзү туруктуу эмес. Домен белоктун өз алдынча туруктуу структурасы. Ошондуктан, ал бир бөлүгү же бүтүндөй белок молекуласы болушу мүмкүн. Бул белоктун үч өлчөмдүү негизги иш бирдиги болуп саналат. Анын үстүнө, анын функциясы бар жана ал өз алдынча бирдик болуп саналат. Motif домендин бир бөлүгү болушу мүмкүн. Бирок домен мотивдин бир бөлүгү боло албайт. Бул мотив менен домендин ортосундагы айырма.
