NGS менен WGS ортосундагы негизги айырма - кийинки муундагы секвенирлөө (NGS) бул массалык параллелдүү экинчи муундагы секвенирлөө технологиясы, ал жогорку өткөрүү жөндөмдүүлүгү, арзан баада жана ылдам, ал эми бүт геномдук секвенирлөө (WGS) Сэнгер секвенциясы, мылтык менен мамиле же жогорку өтүмдүүлүк NGS секвенциясы сыяктуу секвенирлөө ыкмаларын колдонуу менен бир убакта клетканын бүт геномдук ДНКсын анализдөөнүн комплекстүү ыкмасы.
Акыркы бир нече он жылдыкта адамдардын жана башка жаныбарлардын геномун түшүнүү ылдам секвенирлөө ыкмаларынын жана биоинформатика каражаттарынын ачылышынан улам чоңойду. Сэнгер секвенциясы сыяктуу кадимки секвенирлөө ыкмаларынын өз чектөөлөрү бар болчу, бул кийинки муундун секвенциясы (NGS) жана нанопора секвенциясы сыяктуу жаңы тез секвенирлөө ыкмаларын иштеп чыгууну талап кылган. Бүтүндөй геномдук секвенирлөө (WGS) техникасы - бул акыркы ыкма, ал буга чейин көптөгөн геномдук изилдөө долбоорлорунда колдонулган, мисалы, Геномдук Англия, Улуу Британия тарабынан 100 000 геномдук долбоор. Ошентип, NGS жана WGS учурда көптөгөн геномдук долбоорлорго кошулган эки секвенирлөө ыкмасы.
NGS деген эмне?
NGS (кийинки муундун секвенированиеси) - бул массалык параллелдүү экинчи муундагы секвенирлөө технологиясы, ал жогорку өткөрүү жөндөмдүүлүгү, арзан баада жана ылдам. Кийинки муундагы секвенирлөөнүн так аныктамасы жок. Бирок биз аны кадимки капиллярга негизделген секвенирлөө ыкмаларынан так айырмалай алабыз. Кийинки муундагы секвенирлөө бир экспериментте жалпы көлөмү 1 миллион база жуптан ашкан ДНК молекуласынын секвенирлөөсүнө мүмкүндүк берет. Ал бир эле учурда бир нече адамдын ДНКсынын секвенирлөөсүнө жол берүү сыяктуу болуп көрбөгөндөй ылдамдыкты жана жогорку өткөрүү мүмкүнчүлүктөрүн сунуштайт. Буга жеке секвенирлөө реакцияларынын көлөмүн кичирейтүү аркылуу жетишилет. Мындан тышкары, бул ошондой эле аспаптардын өлчөмүн чектейт жана бир реакцияга реагенттердин баасын азайтат.
01-сүрөт: NGS платформалары
NGS - бул биологиялык изилдөө тармагында төңкөрүш жасаган кыска окулуучу секвенирлөө ыкмасы. Андан тышкары, NGS де-нов геномдун секвенциясы, бүт геномдун секвенциясы, транскриптомдун анализи, кичинекей РНК жана микро РНК секвенциясы, максаттуу секвенирлөө жана бүт экзома секвенциясы сыяктуу ар кандай тармактарда колдонулат.
WGS деген эмне?
WGS (толук геномдук секвенирлөө) – Сэнгер секвенциясы, мылтык мамилеси же жогорку өткөрүү жөндөмдүүлүгү NGS секвенциясы сыяктуу секвенирлөө ыкмаларын колдонуу менен бир убакта клетканын бүт геномдук ДНКсын анализдөөнүн комплекстүү ыкмасы. Ал ошондой эле толук геном тизмеги же толук геном секвенциясы катары белгилүү. Бүтүндөй геномдук секвенирлөө организмдин бардык хромосомалык ДНКсын, ошондой эле митохондриядагы ДНКны, ал эми өсүмдүктөр үчүн хлоропласттагы ДНКны бир убакта тизүүнү талап кылат. WGS илимпоздорго ДНКнын толук топтомун түзгөн бардык тамгалардын так ырааттуулугун окууга мүмкүндүк берет. NGS платформасын колдонгон WGS клиникалык орнотууну өзгөртөт деп күтүлүүдө.
02-сүрөт: WGS менен иерархиялык мылтыктын ырааттуулугу
Бүтүндөй геномдун секвенциясы клиникалык жардамга 2014-жылы киргизилген. Мындан тышкары, WGSди колдонуу ассоциациялык изилдөөлөрдөгү функционалдык варианттарды так аныктоо үчүн SNP деңгээлинде гендердин секвенирлөөсүн, жекелештирилген медицинадагы терапиялык кийлигишүүнү, эволюциялык биологияны, салыштырма геномикалык анализди камтыйт., мутацияларды жана кайра түзүүлөрдү изилдөө, сейрек кездешүүчү варианттардын ассоциациясын изилдөө жана оорунун сезгичтигин жана дары-дармекке жооп кайтаруу.
NGS жана WGS ортосунда кандай окшоштуктар бар?
- NGS жана WGS эки иреттөө техникасы.
- Эки техника тең ДНКны же РНКны тизмектейт.
- Бул ыкмалар жаңы жана ишенимдүү.
- Алар экөө тең ооруларды аныктоодо жана дарыларды табууда колдонулат.
NGS жана WGS ортосунда кандай айырма бар?
NGS массалык параллелдүү экинчи муундагы секвенирлөө технологиясы, ал жогорку өткөрүү жөндөмдүүлүгү, арзан баада жана ылдам, ал эми WGS секвенирлөө ыкмаларын колдонуу менен бир убакта клетканын бүт геномдук ДНКсын анализдөөнүн комплекстүү ыкмасы. Сэнгер секвенциясы, мылтыктын мамилеси же жогорку өткөрүү жөндөмдүүлүгү NGS секвенциясы катары. Ошентип, бул NGS жана WGS ортосундагы негизги айырма. Андан тышкары, NGS экинчи муундагы секвенирлөө ыкмаларынан гана турат, ал эми WGS биринчи, экинчи жана үчүнчү муундарды иреттөө ыкмаларынан турат.
Төмөнкү таблицада NGS менен WGS ортосундагы айырмачылыктар жанаша салыштыруу үчүн таблица түрүндө берилген.
Корытынды – NGS жана WGS
Акыркы он жылдыктарда заманбап молекулярдык изилдөөлөрдө ар кандай секвенирлөө ыкмалары дайыма колдонулуп келген. Ал тургай, алар көптөгөн клиникалык колдонмолор үчүн абдан күчтүү курал болуп саналат. NGS жана WGS учурда көптөгөн геномдук долбоорлорго киргизилген эки секвенирлөө ыкмасы болуп саналат. NGS экинчи муундагы секвенирлөө технологиясы, ал жогорку өткөрүү жөндөмдүүлүгү, арзан баада жана ылдам. Башка жагынан алганда, WGS Сэнгер секвенциясы, мылтык мамилеси же жогорку өткөрүү жөндөмдүүлүгү NGS секвенциясы сыяктуу секвенирлөө ыкмаларын колдонуу менен бир убакта клетканын бүт геномдук ДНКсын же толук геномдук ДНКсын талдоо ыкмасы. Демек, бул NGS менен WGS ортосундагы айырманын корутундусу.
