Негизги айырмасы – Блант жана жабышчаак аягы байлам
Рестрикциялуу эндонуклеазалар – кош саптуу ДНКны (dsDNA) кесип алган спецификалык ферменттер. Алар молекулярдык биологияда молекулярдык кайчы катары да белгилүү. Чектөө ферменттери таануу сайттары деп аталган dsDNAнын белгилүү кыска ырааттуулугун таанып, фосфодиэстер менен суутек байланыштарын ажыратып, кош жипчелерди ача алышат. Бул ферменттер тарабынан бөлүнүү натыйжасында ДНК фрагменттери жабышчаак жана туюк учу сыяктуу ар кандай учу менен өндүрүлөт. ДНК лигаза жаңы байланыштарды түзүү менен ДНКнын эки чектеш тилкесин бириктирүү үчүн Молекулярдык биологияда колдонулган фермент. Кадам ligation катары белгилүү жана ДНКнын аягы лигацияланган түрүнө жараша, алар туталак аягы лигация жана жабышчаак аягы ligation деп атоого болот. Тута жана жабышчаак аягы лигациянын ортосундагы негизги айырма, жабышчаак аягы 5' жана 3' ашыкчалардын ортосунда пайда болот, ал эми жабышчаак учуна эки туңгуюк учу камтыган ДНК фрагменттеринин ортосунда болот. Узун туңгуюк байлаганга салыштырмалуу, жабышчаак аягы натыйжалуураак жана туруктуу.
Блант аягы деген эмне?
Кээ бир чектөөчү эндонуклеазалар ДНКны карама-каршы негизде кесип, туңгуюк ДНК фрагменттерин жаратышы мүмкүн. Бул энзимдер туңгуюк кескичтер деп аталат; алар түз эле чектөө аянтынын ортосуна чейин бир жиптүү асма негиздерди калтырбастан жабышат. Туңка учтары ашпаган учтар катары да белгилүү, анткени алардын учтарында 3' жана 5' ашкан негиздери жок. Эки жип тегиз учтардагы негизги жуптардан бүтөт. Жалпы кесүүчү энзимдер EcoRV HaeIII, AluI жана SmaI болуп саналат.
Туңка аягы эки туңгуюк учтун ортосунда камтылган. Бул чыгып турган негиздер лигация эмес. Бул лигация жабышчаак аягы лигацияга караганда азыраак эффективдүү. Бирок, кээ бир учурларда, жабышчаак аягы лигацияга караганда, өзгөчө ПТР продуктуларын байлаганда, туңгуюк линия пайдалуураак болот. ПЦР продуктулары ар дайым туюк учтары менен чыгарылат. Туңка аягы байлатуу үчүн ДНКдагы кошумча учтарды талап кылбайт.
01-сүрөт: Eco RV энзими тарабынан үзгүлтүксүз өндүрүш
Жабышкак учу деген эмне?
Кээ бир чектөө эндонуклеазалары dsDNAны кесип, аягында бир тизмектүү ДНКнын ашыкча бөлүгүн калтырат. Бул учтар жабышчаак же ашыкча учтар деп аталат. Жабышкак учтары бири-бирине дал келген жабышчаактарды камтыган эки ДНК фрагменттеринин ортосунда пайда болот, анткени жабышчаак учтар жупташтырылбаган негиздерге ээ жана байланыштарды түзүү үчүн кошумча негиздер талап кылынат. Демек, дал келген байлам фрагменттерин өндүрүү үчүн ДНКнын эки булагы үчүн бирдей чектөө ферментин колдонуу зарыл.
Жабышкак аягы байлоо натыйжалуураак жана көбүнчө клондоо процесстеринде эң керектүү. жабышчаак учтарды пайда кылган бир нече чектөө ферменттери бар. Алар EcoRI, BamHI, HindIII ж.б.
02-сүрөт: Eco RI энзиминин жабышчаак өндүрүшү
Блунт менен жабышчаак аягы лигациянын ортосунда кандай айырма бар?
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| Туңка учу ДНКнын эки фрагменттеринин ортосунда пайда болот. | Жабышкак учтары жабышчаак эки дал келген ДНК фрагменттеринин ортосунда болот. |
| Ферменттер | |
| Токтогон кескичтер туюк учтарды чыгарат. | Жабышкак учу кескичтер жабышчаак же бириккен учтарды чыгарат. |
| Далыштыруу талабы | |
| Бул дал келген фрагменттерди же кошумча негиздерди талап кылбайт. | Негиз жуптарын түзүү үчүн учунда кошумча негиздер керек. |
| Натыйжалуулук | |
| Бул жабышчаак жабышка караганда натыйжалуураак | Бул туңгуюк байлаганга караганда натыйжалуураак. |
Кыскача маалымат – Блант жана жабышчаак аягы
Рестрикциялык эндонуклеазалар dsDNAны ажыратып, ар кандай учтары бар ДНК фрагменттерин чыгара алышат. Алар белгилүү ырааттуулукту таанып, жабышчаак жана туюк учтарды түзүүчү ДНКны чектешет. Жабышкак учтары фрагменттердин аягында жупташкан эмес негиздери бар. Туңка учтар түз кесилгендиктен пайда болот жана алардын учтарында базалык жуптар бар. Жабышкак аягы лигация үчүн бир-бирин толуктаган эки ДНК бөлүгү талап кылынат. Туңка аягы ligation ар кандай эки туюк учу үзүндүлөрдүн ортосунда пайда болот. Бул туңгуюк жана жабышчаак байлоонун ортосундагы айырма.
