Праймер менен промотордун ортосундагы негизги айырма - бул праймер коммерциялык синтезделген кыска ДНК ырааттуулугу, ал ПТРде максаттуу ДНК ырааттуулугун күчөтүү үчүн колдонулат, ал эми промоутер РНК үчүн коопсуз баштапкы байланышты камсыз кылган белгилүү бир ДНК ырааттуулугу. Транскрипцияны баштоо үчүн полимераз жана транскрипция факторлору.
Праймер жана промотор ДНК тизмегинин эки түрү. Праймер - полимераздык чынжыр реакциясы (ПТР) үчүн зарыл болгон ДНКнын кичинекей фрагменти. Ал ДНК тилкесинин каптал учуна толуктоочу кыска нуклеотиддик тизмектерге ээ. Праймерлердин эки түрү бар жана алар жаңы ДНК тилкелеринин синтези үчүн баштапкы чекит катары иштешет. Ал эми, промотор - бул гендин транскрипция башталган жеринин агымында жайгашкан белгилүү бир ДНК ырааттуулугу. Ал ДНК транскрипциясын көзөмөлдөө үчүн РНК полимераза жана транскрипция факторлору сыяктуу транскрипция механизминин компоненттери менен түздөн-түз өз ара аракеттенет. Демек, РНК полимераза жана башка транскрипция факторлору промоторлордун ырааттуулугу менен байланышып, транскрипцияны башташат.
Праймер деген эмне?
Праймерлер - максаттуу ДНК ырааттуулугун күчөтүү үчүн иштелип чыккан кыска ДНК тизмектери. Структуралык жактан алар ДНКнын кош жипчелеринин каптал учтарын толуктаган кыска нуклеотиддик тизмектерге ээ. Алар, адатта, болжол менен 20 нуклеотиддердин узундугу. ПТР учурунда Так полимераза нуклеотиддердин мурунку нуклеотиддердин ырааттуулугуна кошулушун катализдейт. Демек, праймерлер жаңы жиптердин синтези үчүн баштапкы чекит катары кызмат кылат. Taq полимераза 5' 3' багытында гана иштейт. Демек, ДНК синтези да ошол эле 5' 3' багытында ишке ашат. ДНК эки тилкелүү болгондуктан, ПТРде эки түрдөгү праймер керектелет. Алар ДНК синтези учурунда праймердин узартуу багытынын негизинде алдыга жана тескери праймер деп аталат.
01-сүрөт: Примерлер
Алга карай праймер антисездүү ДНК тилкеси менен жылдырат жана гендин + тилкесинин синтезин 5'ден 3'ге чейинки багытта баштайт. Ал кыска нуклеотиддердин ырааттуулугуна ээ, ал антисенстик жиптин 3' капталдагы учуна толукталат. Тескери праймер сезүү жипчеси менен кошулат жана коддоочу жиптин комплементарлык тилкесинин синтезин баштайт, ал – гендин 5'тен 3'ге чейинки багыты. Ошентип, тескери праймер коддоо тилкесинин 3' учуна кошумча иштелип чыккан. Арткы жана алдыга праймерлер максаттуу же кызыкдар болгон ДНКнын айрым аймактарынын миллиондогон-миллиарддаган көчүрмөлөрүн өндүрүү үчүн маанилүү.
Промоутер деген эмне?
Промотор – бул гендин транскрипция башталган жеринин агымында же 5′ аягында жайгашкан ДНК ырааттуулугу. Ал гендин транскрипциясын баштоо үчүн РНК полимеразаны жана айрым жөнгө салуучу элементтерди байланыштыруучу жерди камсыз кылат. Бул генди күйгүзүү же өчүрүү үчүн зарыл болгон жөнгө салуучу ырааттуулук. Промотордо белгилүү нуклеотиддердин тизмеги бар. Ал 100-1000 негизги жуп болушу мүмкүн. Промоутер транскрипциянын багытын көрсөтөт. Мындан тышкары, ал транскрипцияланышы керек болгон сезим тилкесин көрсөтөт.
02-сүрөт: Гендин промотору
Негизги промоутер, проксималдык промотер жана дисталдык промоутер сыяктуу промоутер элементтеринин үч түрү бар. Негизги промоутер - бул транскрипцияны баштоо үчүн зарыл болгон промоутордун минималдуу бөлүгү. Ал баштапкы кодонго эң жакын жайгашкан. TATA кутусу - көптөгөн эукариоттук ядролордун промоутерлеринде табылган сакталган аймак. Ал транскрипциянын башталышынан 25тен 35ке чейинки жуптар жайгашкан. Проксималдык промоутер негизги промоутерге көбүрөөк жогору карай жайгашкан. Жалпысынан, ал башталгыч кодонун агымында 250 база жупта жайгашкан жана негизги жөнгө салуучу элементтерди камтыйт. Дисталдык промотор проксималдык промоутерге чейин жайгашкан жана ал кошумча жөнгө салуучу элементтерди камтыйт. Бактериялык промоторлордун промоутерлеринде эки кыска ырааттуу элементтер бар. TATAAT - TTGACA -35те консенсус ырааттуулугу, ал эми бактериялык промотордун -10до жайгашкан консенсус ырааттуулугу. Алар -10 элемент жана -35 элемент катары белгилүү.
Праймер менен Промотердин кандай окшоштуктары бар?
- Праймер жана промотор ДНК тизмегинин эки түрү.
- Алар нуклеотиддердин тизмегинен турат.
- Праймер да, промотор да гендин экспрессиясы үчүн маанилүү.
Праймер менен Промотердин ортосунда кандай айырма бар?
Праймер - максаттуу ДНКны күчөтүү үчүн иштелип чыккан кыска нуклеотиддердин тизмеги. Ал эми, промотор - бул гендин транскрипция башталган жерине чейин жайгашкан белгилүү бир жөнгө салуучу ДНК ырааттуулугу. Ошентип, бул праймер менен промоутордун ортосундагы негизги айырма. Праймерлердин узундугу 20га жакын базалык жуптарды түзөт, ал эми промоутерде 100-1000 база жуптары болушу мүмкүн. Функционалдык жактан праймерлер жаңы тизмек синтези үчүн баштапкы ырааттуулук катары кызмат кылат, ал эми промоторлор РНК полимераза жана башка транскрипция факторлору үчүн байланыш жерлерин камсыз кылуу аркылуу ген транскрипциясын көзөмөлдөйт.
Мындан тышкары, промотор транскрипциянын багыты катары аныкталат жана гендин сезүү тилкесин көрсөтөт. Структуралык жактан алганда, праймер кыска, бир тилкелүү ДНК ырааттуулугу, ал эми промоутер узун эки тилкелүү ДНК тизмеги.
Төмөнкү инфографикалык таблицада праймер менен промоутордун ортосундагы айырмага байланыштуу көбүрөөк салыштыруулар келтирилген.
Корытынды – Primer vs Promoter
Праймерлер – максаттуу ДНКнын кош тилкесинин каптал учтарын толуктоочу кыска нуклеотиддик тизмектер. ПЦРде праймерлердин эки түрү колдонулат. Алар жаңы жиптердин синтези үчүн баштапкы ырааттуулук катары кызмат кылат. Праймерлер коммерциялык максатта иштелип чыккан жана алар температурага туруктуу катарлар. Башка жагынан алганда, промотор - бул транскрипциянын башталгыч сайтына чейин жайгашкан гендин жөнгө салуучу ырааттуулугу. Промоторлор гендердин транскрипциясын көзөмөлдөйт. Алар транскрипцияны баштоо үчүн РНК полимераза жана транскрипция факторлору үчүн байланыштыруучу жерлерди камсыз кылат. Ошентип, бул праймер менен промоутордун ортосундагы айырманын корутундусу.
