Контиг менен скелеттин негизги айырмасы - контигде боштуктар жок, ал эми скелет контигтерден жана боштуктардан турат.
Көп клеткалуу организмдердин геномунун тизилиши бир клеткалуу организмдердин секвенирлөөсүнө салыштырмалуу өтө кыйын. Бүтүндөй геномдук мылтык секвенирлөө – бул көп клеткалуу геномдор үчүн геномду секвенирлөөнүн оңой жана тез ыкмасы. Бул көптөгөн ДНК фрагменттерин параллелдүү тизген ыкма. Бул ыкмада кичинекей фрагменттер компьютердин жардамы менен чоңураак фрагменттерге, андан кийин чоңураак контигтерге чогултулат. Андан кийин контигдер складдарга жана акырында хромосомага чогулушат. Демек, контиг - бул нуклеотиддердин ырааттуулугунун үзгүлтүксүз узундугу, ал эми склад - контигтерден жана боштуктардан турган геномдун бир бөлүгү. Контиг да, скафод да реконструкцияланган геномдук тизмектер.
Contig деген эмне?
Contig – геномдук ырааттуулук. Бул A, C, G жана T негиздеринен турган ырааттуулуктун үзгүлтүксүз узундугу. Ал ДНКнын бир нече кичинекей биттерин узунураак ырааттуулукка бириктирүү менен түзүлөт. Жөнөкөй сөз менен айтканда, contig - бул ырааттуу фрагменттердин жыйындысы. Контиг түзүү жергиликтүү саптарды дал келүү жана тегиздөө ыкмаларынын негизинде кайталанган ырааттуулук фрагменттерин аныктоону камтыйт, алар ырааттуулуктун кабатталган учтарын аныктайт.
Контигтерде боштуктар жок. Бул складдын бир бөлүгү. Контигтер склад түзүүдө чынжырча менен байланат. Ал геномдогу контигдердин салыштырмалуу абалы жана багыты жөнүндө кошумча маалыматты талап кылат. Боштуктар контигдерди складда бөлүп турат. Негизинен, контигди чогултуу бүт геномдук мылтыктын секвенирлөөсүндө маанилүү кадам болуп саналат. Контигтер акыры толук геномдук ырааттуулукка чогултулат. Contig жыйындысы, адатта, саптарды дал келүү жана ырааттуу тегиздөө боюнча алгоритмдерди түшүнүүнү талап кылат.
Скафл деген эмне?
Скафод – бул акыры секвенирленген бүт геномдук мылтык клондорунан реконструкцияланган геномдук ырааттуулук. Структуралык жактан склад контигтерден жана боштуктардан турат. Ошондуктан, складдар контигдерди чынжырлап, аларды боштуктар менен ажыратып түзүлөт. Scaffold түзүү геномдогу контигдердин салыштырмалуу абалы жана багыты жөнүндө маалымат керек. Бүтүндөй геномдук мылтыктын жыйындысы ар бир геномдук ырааттуулукту бир складда көрсөтүүгө багытталган. Бирок, бул таптакыр мүмкүн эмес. Демек, бир хромосома бир нече складдар менен көрсөтүлүшү мүмкүн. Кээде складдар бири-бирине дал келиши мүмкүн. Андан тышкары, кээ бир складдарды чогултуу учурунда чыпкалоого болот.
02-сүрөт: Бүткүл геномдук мылтыктын жыйынына сереп салуу
Скафка боштугунун узундугу анын чыныгы узундугун көрсөтпөйт. Жалпысынан, боштуктар белгилүү бир белгиленген узундуктарга өзүм билемдик менен коюлат. Демек, бул боштуктар жана алардын узундугундагы белгисиздиктер геномдордогу функционалдык элементтердин чыныгы мейкиндик мамилелерин жана жетишпеген маалыматтын иш жүзүндөгү көлөмүн түшүнүүдө көйгөйлөрдү жаратат. Кээде боштуктар жетишпеген геномдук маалыматты билдирет.
Contig жана Scaffold ортосунда кандай окшоштуктар бар?
- Contig жана scaffold - бул нуклеотиддердин тизмегинен турган геномдук тизмектер.
- Скафалдар контигтерден жана боштуктардан турат.
Contig жана Scaffold ортосунда кандай айырма бар?
Контиг – бул ырааттуулук фрагменттеринин жыйындысынан чогултулган үзгүлтүксүз ырааттуулук. Ал эми, склад - бул контигдерди бириктирүү жолу менен реконструкцияланган геномдук ырааттуулуктун бир бөлүгү. Ошентип, бул contig жана scaffold ортосундагы негизги айырма. Мындан тышкары, контигтерде боштуктар болбойт, ал эми скелеттеги контигтер боштуктар менен бөлүнгөн.
Төмөндө инфографика таблицада контиг менен скафлд ортосундагы көбүрөөк айырмачылыктар келтирилген.
Кыскача маалымат – Контиг менен Scaffold
Контиг да, скафод да бүт геномду секвенирлөө долбоорлорунда реконструкцияланган нуклеотиддик тизмектер. Контиг - боштуктары жок A, C, G жана T негиздерин камтыган геномдук ырааттуулуктун үзгүлтүксүз узундугу. Скаффол геномдук ырааттуулук болуп саналат, контигтерден жана боштуктардан турат. Демек, эң кыска монтаждык компоненттер контигтер, ал эми складдар контигтердин жыйындысы. Акырында, сөөктөр бүт геномдук секвенирлөөдө хромосомаларга чогултулат. Ошентип, бул contig жана scaffold ортосундагы айырманы жыйынтыктайт.
