ITS1 менен ITS2 ортосундагы негизги айырма ITS1 эукариоттордогу 18S жана 5.8S рРНК гендердин ортосунда жайгашкан мейкиндик ДНКсы, ал эми ITS2 эукариоттордогу 5.8S жана 28S рРНК гендердин ортосунда жайгашкан мейкиндик ДНКсы.
Ички транскрипцияланган мейкиндик (ITS) – көбүнчө хромосомадагы кичинекей суббирдик рибосомалык РНК менен чоң суббирдик рибосомалык РНК гендердин ортосунда же полицистрондук рРНК прекурсорунун транскрипт молекуласындагы тиешелүү транскрипцияланган аймакта жайгашкан мейкиндик ДНКсы. Бактерияларда жана археяларда 16S жана 23S рРНК гендердин ортосунда бир гана ITS бар. Бирок эукариоттордо эки ITS спасер ДНКсы бар: ITS1 (18S жана 5. ортосунда.8S рРНК гендер) жана ITS2 (5.8S жана 28S рРНКнын ортосунда). Демек, ITS1 жана ITS2 эукариоттордогу рРНК гендердин ортосунда табылган эки мейкиндик ДНКсы.
ITS1 деген эмне?
ITS1 - эукариоттордогу 18S жана 5.8S рРНК гендердин ортосунда жайгашкан мейкиндиктүү ДНК. ITS рРНК гендердин ортосунда жайгашкан иштебеген мейкиндик ДНКсынын бир бөлүгүн билдирет. ITS1 ITS2ге караганда көбүрөөк узундукка ээ. ITS1 узундугу өзгөрүшү болжол менен (200-300bp). ITS1 сыяктуу ITS маркерлери ар кандай таксондордун филогенетикалык мамилелерин түшүндүрүүдө натыйжалуулугун далилдешти. Мындан тышкары, ITS1 spacer ДНК ITS2 spacer ДНКга караганда азыраак сакталат. ITS1 структуралары бир кыйла кичине таксономиялык бирдиктерде гана сакталат. Ар бир эукариоттук рибосомалык кластерде тышкы транскрипцияланган бөлгүчтөр (5’ жана 3’ ETS) деп аталган аймактар да бар.
01-сүрөт: ITS1 аймагы
ITS1 разрядчы ДНКсы 5'сырткы транскрипцияланган боштукка (5' ETS) абдан жакын. Андан тышкары, кимдир-бирөө филогенетикалык мамилелерди изилдөө үчүн ITS1 аймагын күчөткүсү келсе, бул максат үчүн белгилүү бир праймер жупту (кайтарым жана алдыга праймерлер) колдонушу керек. ITS1 аймагын күчөтүү үчүн лабораториялардын ПТР протоколдорунда адатта эки праймер топтому колдонулат. Алар ITS1 алдыга жана ITS2 артка же ITS1 алдыга жана ITS4 артка.
ITS2 деген эмне?
ITS2 эукариоттордогу 5,8S жана 28S рРНК гендердин ортосунда жайгашкан мейкиндик ДНКсы. ITS2 аймагы ITS1 аймагына караганда кыскараак узундукка ээ. ITS2 узундугу өзгөрүшү болжол менен (180-240bp). Бирок ITS2 аймагы көптөгөн таксономикалык бирдиктерде ITS1 аймагына караганда көбүрөөк сакталган. Ал бардык ITS2 ырааттуулугу экинчилик структуранын жалпы өзөгүн бөлүшөрүн аныктайт. Мындан тышкары, ITS2 аймагынын 40% бардык ангиоспермдердин арасында сакталат, ал эми ITS2 аймагынын 50% үй-бүлөдө жана андан жогорку деңгээлде тегиздөө мүмкүн.
02-сүрөт: ITS2 аймагы
Сактоо чөйрөсүнө карабастан, ITS2 аймагын колдонуу филогенетикалык мамилелерди изилдөөдө, айрыкча грибоктун ДНК штрих-коддорунда ITS1 аймагы сыяктуу абдан популярдуу. ITS2 аймагын күчөтүү үчүн лабораториялардын ПТР протоколдорунда көбүнчө белгилүү бир праймер топтому колдонулат. Бул ITS1 алдыга жана ITS4 тескери. Бирок ПТР протоколу бул праймер топтомун колдонгондо, ал ITS1 аймагын ITS2 аймагы менен бирге күчөтөт. Андан тышкары, ITS2 мейкиндиктин ДНКсы 3'тышкы транскрипцияланган боштукка (3' ETS) абдан жакын.
ITS1 менен ITS2 ортосундагы окшоштуктар
- ITS1 жана ITS2 рРНК гендердин ортосунда жайгашкан эки мейкиндик ДНКсы.
- Алар эукариоттордо гана бар.
- Экөөнү тең белгилүү жуптарды колдонуу менен күчөтсө болот.
- Алар экөө тең rRNA жетилгенде иштебей турган кошумча продуктулар катары эксцизге алынат.
- Экөө тең филогенетикалык мамилелерди изилдөө үчүн, өзгөчө грибоктун ДНКсынын штрих-коддоосу үчүн абдан маанилүү.
ITS1 менен ITS2нин ортосундагы айырма
ITS1 - эукариоттордогу 18S жана 5.8S рРНК гендеринин ортосунда жайгашкан мейкиндик ДНКсы, ал эми ITS2 - эукариоттордогу 5.8S жана 28S рРНК гендердин ортосунда жайгашкан мейкиндик ДНКсы. Ошентип, бул ITS1 жана ITS2 ортосундагы негизги айырма. Андан тышкары, ITS1 ITS2ге салыштырмалуу көбүрөөк узундукка ээ. Башка жагынан алганда, ITS2 ITS1ге салыштырмалуу кыскараак узундукка ээ. Бул ITS1 менен ITS2 ортосундагы дагы бир айырма.
Төмөнкү инфографикада ITS1 менен ITS2 ортосундагы айырмачылыктар жанаша салыштыруу үчүн таблица түрүндө келтирилген.
Корытынды – ITS1 менен ITS2
Ички транскрипцияланган аймак (ITS) - рРНК гендердин ортосунда жайгашкан спасер ДНКнын функционалдык эмес бөлүгү. Бактерияларда жана археяларда бир гана ITS аймагы бар. Бирок эукариоттордо эки ITS аймагы бар: ITS1 жана ITS2. ITS1 - эукариоттордогу 18S жана 5.8S рРНК гендердин ортосунда жайгашкан, ал эми ITS2 - эукариоттордогу 5.8S жана 28S рРНК гендердин ортосунда жайгашкан мейкиндик ДНКсы. Ошентип, бул ITS1 менен ITS2 ортосундагы айырманын корутундусу.
