Спираль-укурук-спираль менен спираль-буру-спиральдын негизги айырмасы - спирал-укурук-спираль белоктун димеризациясы ортомчулук кылат, ал эми спираль-буру-спираль ДНК менен байланышуу аркылуу ген экспрессиясын жөнгө салат.
Белок мотиви – бул ДНКнын өзгөчө функциялары менен байланышкан кыска сакталган ырааттуулук. Ал, негизинен, уникалдуу химиялык же биологиялык милдети менен атайын структуралык сайт менен байланышкан. Бул мотивдер ар түрдүү белок молекулалары менен аминокислоталардын үч өлчөмдүү түзүлүштөрүнүн кичинекей аймактарын камтыйт. Адатта, жеке мотивдер бир нече элементтерди камтыйт. Спираль-укурук-спираль жана спирал-бурулуш-спираль үч элементти камтыйт. Алардын белок структуралык мотивдеринде узундугу ар кандай илмектер жана түзүлүшү такталбаган.
Helix-Loop-Helix деген эмне?
Спираль-улак-спирал (HLH) - димеризациялоочу транскрипция факторлорунун эң чоң үй-бүлөлөрүнүн бирин аныктаган белоктун структуралык мотиви. Бул транскрипция факторлорунун курамында ДНКнын байланыш механизмин жеңилдетүү үчүн аминокислоталардын калдыктары бар жана алар димердик. Белоктун структуралык мотиви эки α-спиралдан турат жана алар илмек менен байланышкан. Бир спирал эки спиралдан кичирээк көрүнөт, ал эми циклдин ийкемдүүлүгү башка спиралга карата таңгактоо жана бүктөлүү аркылуу димеризацияга мүмкүндүк берет. Чоңураак көрүнгөн спираль көбүнчө ДНКны байланыштырган аймактарды камтыйт. HLH протеиндери E-куту деп аталган консенсус ырааттуулугу менен байланышат. Консенсус ырааттуулугу нуклеотид же аминокислота калдыктарын камтыган эсептелген тартип. E-box - бул кээ бир эукариоттордогу ДНКга жооп берүүчү элемент, ал белокту байланыштыруучу сайттын ролун аткарат жана гендин экспрессиясын жөнгө салат.
01-сүрөт: Спираль-укурук-спираль мотиви
HLH транскрипция факторлору клетканын өнүгүүсү жана активдүүлүгү үчүн маанилүү. HLH белоктору негизинен алты топко кирет, алар Адан F тамгаларына чейин көрсөтүлгөн. Ар бир топко кирген транскрипция факторлору:
А тобу: MyoD, Myf5, Beta2/NeuroD1, Scl, p-CaMK, NeuroD жана Neurogenins, В тобу: MAX, C-Myc, N-Myc жана TCF4
C тобу: AhR, BMAL-1-СААТ, HIF, NPAS1, NPAS3 жана MOP5
Группа D; EMC
E тобу: HEY1 жана HEY2
F тобу: EBF1
HLH транскрипциясынын факторлорунун көбү гетеродимердик болгондуктан, димеризация көбүнчө аларды жөнгө салат.
Helix-Turn-Helix деген эмне?
Helix-burn-helix (HTH) - ДНКны байланыштырууга жөндөмдүү протеиндин структуралык мотиви. Ар бир мономер эки α-спиралдан турат жана кыска аминокислота тизмеги менен кошулат. Бул ДНК спиралындагы оюк менен байланышат. HTH мотивдери адатта ген экспрессиясын жөнгө салат. HTH таануу жана ДНКга байланыш эки α-спираль аркылуу ишке ашырылат. Бир спирал N-терминал учунда, ал эми экинчиси С-терминалында. Көпчүлүк сценарийлерде спирал ДНКны таанууну ишке ашырат. Ошондуктан, ал таануу спиралы катары белгилүү. ДНКдагы оюк менен байланыш Ван-дер-Ваальстин өз ара аракеттенүүсү жана ачык негиздер менен суутек байланыштары аркылуу ишке ашат. Башка α-спирал белок менен ДНКнын өз ара аракеттенүүсүн турукташтырат жана таанууда негизги ролду ойнобойт. Бирок, таануу спиралынын жана калган спиралынын багыты окшош.
02-сүрөт: TetR үй-бүлөсүнүн спиралынын бурулушу
HTH спиралдардын түзүлүшү жана мейкиндик жайгашуусу боюнча классификацияланат. Негизги түрлөрү: эки спиралдуу, үч спиралдуу, тетра спиралдуу жана канаттуу HTH. Ди-спиралдуу түрү эки спиралдан жана көз карандысыз бүктөлүүчү белок домени бар эң жөнөкөй түрү. Tri-спираль түрү Myb транскрипциялык активаторунда кездешет. Тетра-спираль түрү кошумча C-терминал спиралына ээ. Акырында, канаттуу HTH 3-спираль байламчасынан жана 3-же 4-кылдуу бета барагынан түзүлөт.
Helix-Loop-Helix жана Helix-Turn-Helix менен кандай окшоштуктар бар?
- Спираль-укурук-спираль жана спираль-буру-спираль белоктун структуралык мотивдери.
- Экөө тең базалдык жана спецификалык транскрипция факторлорунда жалпы бөлүктү камтыйт.
- Алар эукариоттордо болот.
Helix-Loop-Helix жана Helix-Turn-Helix ортосунда кандай айырма бар?
Спираль-улак-спирал белоктун димеризациясына ортомчулук кылат, ал эми спираль-турн-спирал ДНКны байланыштыруу аркылуу ген экспрессиясын жөнгө салат. Ошентип, бул спирал-укурук-спираль жана спирал-буру-спираль ортосундагы негизги айырма. Мындан тышкары, HLH айрым прото-онкогендерди жана транскрипция факторлорун дифференциациялоого катышкан гендерди камтыйт, ал эми HTHде транскрипция факторлорун коддогон көптөгөн гомеотик гендер бар. Мындан тышкары, спираль-укурук-спираль негизинен цикл менен бириктирилген альфа-спиралдардан турат, ал эми спираль-айлануу-спираль негизинен оюк пайда кылган кыска аминокислота стенди менен кошулган илмектерден турат.
Төмөнкү инфографикада спиралдын айлануучу спиралынын жана спиралдын айлануучу спиралынын ортосундагы айырмачылыктар жанаша салыштыруу үчүн таблица түрүндө берилген.
Кыскача маалымат – Helix-Loop-Helix и Helix-Turn-Helix
Белок мотиви – бул ДНКнын өзгөчө функциялары менен байланышкан кыска сакталган ырааттуулук. Спираль-укурук-спираль жана спираль-буру-спираль белок структуралык мотивдердин эки түрү болуп саналат. Спираль-укурук-спираль менен спираль-бурулуш-спиралынын ортосундагы негизги айырма - спираль-укурук-спираль протеиндин димеризациясын ортомчулук кылат, ал эми спираль-бурулуш-спиралы ДНК байланышы аркылуу ген экспрессиясын жөнгө салат. HLH димеризациялоочу транскрипция факторлорунун ири үй-бүлөлөрүнүн бирин аныктаган белок структуралык мотиви. Белоктун структуралык мотиви эки α-спиралдан турат жана алар илмек менен байланышкан. HTH ДНКны байланыштыра алган белок структуралык мотиви болуп саналат. Ар бир мономер эки α-спиралдан турат жана кыска аминокислота тизмеги менен кошулуп, ДНК спиралынын оюгу менен байланышат. Ошентип, бул спирал-укурук-спираль менен спирал-бурулуш-спираль ортосундагы айырманы жалпылайт.
