Бензоназа менен ДНаздын ортосундагы айырма

2024 Автор: Alex Aldridge | [email protected]. Акыркы өзгөртүү: 2023-12-17 13:44

Негизги айырмасы – Бензоназа менен DNase

Нуклеиндик кислоталардын бузулушу көптөгөн молекулярдык биология техникалары үчүн маанилүү. Ал ДНКнын жана РНКнын керексиз фрагменттеринен арылуу үчүн рекомбинанттык ДНК технологиясында кеңири колдонулат. Нуклеиндик кислотаны деградациялоочу ферменттер нуклеазалар деп аталат жана алар талап кылынган функцияга жараша ар кандай типте болушу мүмкүн. ДНКны бузуучу нуклеазалар ДНКлар деп аталат, ал эми РНКны бузуучу нуклеазалар РНКлар деп аталат. Бул энзимдер көбүнчө in vitro эксперименттерде колдонулат, анда таза ДНКны, РНКны же белокторду бөлүп алуу үчүн in vitro молекулярдык тесттер жүргүзүлөт. Бензоназалар ДНКны жана РНКны деградациялоочу нуклеазалардын бир түрү, ал эми ДНКлар ДНКны гана бузат. Бул бензоназа менен DNase ортосундагы негизги айырма.

Бензоназа деген эмне?

Бензоназа – бул Serratia marcescens компаниясынан генетикалык жактан иштелип чыккан эндонуклеаза. Бул энзим өнөр жайлык масштабда E. coli ээлеринде өндүрүлөт. Бензоназа эки тилкелүү ДНКны, сызыктуу ДНКны, тегерек ДНКны жана бир тилкелүү РНКны ажыратууга жөндөмдүү. Ошентип, Benzonase соода маанилүү болуп саналат. Бензоназа ферменти эки маанилүү дисульфиддик байланышы бар 245 окшош аминокислотадан, ~ 30 кДа суббирдиктен турган протеин димери. Бензоназа нуклеиндик кислоталарды 5' учунда бөлүп, натыйжада 5'учтары бош болгон фрагменттерди пайда кылат. Бензоназа нуклеиндик кислоталарды каалаган ырааттуулукта ажырата алат, бирок ГКга бай аймактарды артык көрөт.

Бензоназа -20 ^{0C сакталат. Ферменттин активдүүлүгү үчүн оптималдуу рН 8,0 – 9,2 деп табылган. Бензоназанын колдонмолоруна белоктун 2D гел электрофорези үчүн үлгүлөрдү даярдоо кирет, мында Бензоназа байланышкан нуклеиндик кислоталарды жок кылат жана рекомбинантты протеин препараттарынан нуклеин кислотасынын булгоочу заттарын жок кылат. Ал ошондой эле протеин экстрактыларынын илешкектүүлүгүн азайтуу жана клетка аралашмасындагы клеткалардын топтолушун алдын алуу үчүн колдонулат.}

DNase деген эмне?

ДНаза – бул эки саптуу ДНКны ажыратууга гана жөндөмдүү болгон нуклеаздык, гидролитикалык фермент. DNase эки негизги түрү бар: DNase I жана DNase II. DNase I 5' бош учтары бар полинуклеотиддерди пайда кылуу үчүн кош тилкелүү ДНКны ажыратууга катышат. DNase II 3' бош учтары же ашыкчалары бар полинуклеотиддик тилкелерди пайда кылуу үчүн кош тилкелүү ДНКны ажыратууга катышат.

DNase I

DNase I 7.0 – 8.0 ортосундагы оптималдуу рНда иштейт. Ферменттин активдүүлүгү Ca²⁺, Mg²⁺ же Mn^{2+ камтыган көптөгөн иондук кофакторлорго көз каранды. Mg}2+ ^{жана Mn}2+ ^{активдүүлүгү ДНаза I функциясын чечет. Mg} катышуусунда 2+^{, DNase I dsDNAнын ар бир тилкесин өз алдынча ажыратат. Бул кокустук менен ишке ашат. Ал эми, Mn}2+, ^{катышуусунда фермент эки ДНК тилкесин тең болжол менен бир жерден ажыратат. Бул бөлүнүү ДНК фрагменттеринин эки түрүн пайда кылат; бир түрү учтары туңгуюк, экинчиси бир же эки нуклеотиддик ашыкчалары бар.}

02-сүрөт: DNase

DNase II

DNase II 4,5-5,0 оптималдуу рНда иштейт жана анын активдүүлүгү үчүн DNase I сыяктуу эки валенттүү металл иондору талап кылынат. DNase II механизми үч негизги кадамдан турганы белгилүү.

1. ДНК омурткасы ичинде бир катар бир катар үзүлүүлөр пайда болот.
2. Кислотада эрүүчү нуклеотиддер жана олигонуклеотиддер өндүрүлөт.
3. Сызыктуу эмес гиперхромдук жылыш акыркы фазада болот.

ДНаза ферментинин негизги ингибиторлоруна металл хелаторлору, өткөөл металлдар жана натрий додецил сульфаты жана β – меркаптоэтанол сыяктуу химиялык заттар кирет.

ДНазанын негизги колдонулушуна ДНКсыз РНК экстрактыларын жана белок экстрактыларын даярдоо жана in vitro транскрипция эксперименттери учурунда шаблон ДНКсын алып салуу кирет.

Бензоназа менен ДНаздын кандай окшоштуктары бар?

• Экөө тең гидролитикалык ферменттер.
• Экөө тең нуклеазалар.
• Экөө тең нуклеин кислоталарынын фосфодиэстер байланыштарын ажыратуу аркылуу катышат.
• Экөө тең ферменттин активдүүлүгүн сактоо үчүн оптималдуу рН жана сактоо температурасын талап кылат.
• Ферменттердин ингибиторлоруна хелаттоочу агенттер, өткөөл металлдар жана жуучу химиялык заттар кирет.
• Колдонмолор негизинен ДНКнын, РНКнын жана протеиндердин жогорку тазалыктагы экстрактыларды алууга багытталган.
• Эки ферментти тең гендик инженерия аркылуу жасоого болот.

Бензоназа менен ДНаздын ортосунда кандай айырма бар?

Бензоназа vs DNase
Бензоназа - кош саптуу ДНКны, сызыктуу ДНКны, тегерек ДНКны жана РНКны ажыратууга жөндөмдүү фермент.	DNase - бул эки спиралдуу ДНКны ажыратууга жөндөмдүү фермент.
Фермент үчүн субстрат
ДНК да, РНК да бензоназанын субстраты.	ДНК - ДНазанын субстраты.
Структура
Бензоназанын оптималдуу pH диапазону 7,0 -8,0	DNase Iнин оптималдуу pH диапазондору 7,0 – 8,0 жана DNase II 4,5 – 5,0.

Кыскача маалымат – Бензоназа менен DNase

Нуклеаза ферменттери молекулярдык биология жана генетикалык инженерия боюнча ар кандай эксперименталдык процедураларда кеңири колдонулат. Бензоназа жана DNase нуклеазалардын эки түрү. Бензоназа ДНКны да, РНКны да деградациялоого катышат, ал эми DNase кош тилкелүү ДНКны ажыратууга катышат. Бул бензоназа жана DNase ортосундагы негизги айырма. Учурда бул нуклеазанын эки түрү тең рекомбинанттык ДНК технологиясы аркылуу өндүрүлгөн, бул эң жогорку өндүрүш үчүн оптималдаштырылган жогорку сапаттагы ферменттерди берет.

Benzonase vs DNaseтин PDF версиясын жүктөп алыңыз

Сиз бул макаланын PDF версиясын жүктөп алып, шилтеме эскертүүсүнө ылайык оффлайн максаттарында колдоно аласыз. Сураныч, PDF версиясын бул жерден жүктөп алыңыз Benzonase жана DNase ортосундагы айырма