QTL менен GWAS ортосундагы негизги айырма талдоодо колдонулган ырааттуулуктун түрүнө көз каранды. QTL полигендик тукум куучулук менен байланышкан фенотиптик белгилерди талдоо үчүн байланыш генинин локустарын колдонот, ал эми GWAS белгилүү бир шарттын бир нуклеотиддик полиморфизмдерин талдоо үчүн бүт геномдук тизмектерди колдонот.
QTL карталары жана GWAS ар кандай белгилердин генетикалык анализинде маанилүү роль ойнойт. Мындан тышкары, алар белгисиз этиологиясы менен ар кандай оору шарттарын талдоо үчүн маанилүү болуп саналат. Мындан тышкары, секвенирлөө эки техникада да негизги ролду ойнойт. Бул ыкмалар мындан ары тактыкты жана тактыкты жогорулатуу үчүн башка жогорку өткөрүү ыкмалары менен айкалыштырылышы мүмкүн.
QTL деген эмне?
QTL Сандык касиет локусун билдирет. Бул фенотиптик белги менен байланышкан ДНКнын аймагы. Жалпысынан алганда, QTL полигендик эффекттерди пайда кылат. QTLs бөлүштүрүлүшү ар кандай болот, жана QTLs саны белгилүү бир фенотиптик белгинин вариация даражасын сунуш кылат. Андан тышкары, алар адатта дискреттик мүнөздөмөлөрдү эмес, негизги үзгүлтүксүз мүнөздөмөлөрдү коддойт.
QTL аймактарын аныктоодо, белгилүү бир QTL аймагын ырааттуулук менен түзүү маанилүү. Мындан тышкары, изилдөөлөрдү жана изилдөөлөрдү жеңилдетүү үчүн жалпы QTL аймактарынын ырааттуулугун сактоо жана сактоо биоинформатиканы тартуу менен ишке ашат. Биз бул техниканы QTL картасы деп атайбыз. Кийинчерээк маалымат базасы QTL аймагынын ырааттуулугу менен түзүлөт.
01-сүрөт: QTL сканери
Мындан тышкары, QTL ырааттуулугун колдонуу негизинен BLAST куралына таянат, мында ырааттуулуктун окшоштугун аныктоого болот. Бул организмдердин ортосундагы мамилелерди чыгарууда маанилүү. Мындан тышкары, белгилүү бир полигендик фенотиптин татаалдыгын аныктоодо маанилүү. Ошондой эле белгилүү бир белгинин эволюциясын аныктайт.
Учурда QTL анализи ДНК микроэлементтери сыяктуу башка жогорку өткөрүү ыкмалары менен айкалыштырылган. Бул фенотиптин экспрессия анализинде маанилүү. Учурда окумуштуулар QTL маалымат базасын иштеп чыгууга абдан кызыкдар, анткени QTL аймактары ар кандай түрлөрдүн көптөгөн маанилүү белгилери үчүн жооптуу.
GWAS деген эмне?
GWAS Genome Wide Association Study дегенди билдирет. Ал ошондой эле бүт геном бирикмеси изилдөө билдирет. Бул изилдөөлөр, негизинен, байкоо изилдөөлөргө багытталган. Ал, адатта, белгилүү бир өзгөчөлүк менен байланышкан ар кандай адамдардын генетикалык варианттарын талдайт. Мындан тышкары, бүт геном GWAS талдоо үчүн маанилүү болуп саналат.
02-сүрөт: GWAS
GWAS ар кандай оорулар менен байланышкан бир нуклеотиддик полиморфизмдерди талдоодо маанилүү курал болуп саналат. Бул ошондой эле кеңири популяциядагы ар кандай жалгыз нуклеотиддик полиморфизмдердин салыштырма изилдөөсү. Мындан тышкары, GWAS изилдөө үлгүсү абдан жогору; демек, ал кесилиштүү когорттук изилдөө форматын да алат.
Мындан тышкары, биринчи GWAS изилдөө миокард инфаркты жана миокард инфаркты менен байланышкан гендерди талдоо боюнча өттү. Учурда GWAS этиологиясы белгисиз татаал оорулардын генетикалык фонун аныктоодо маанилүү ролду ойнойт.
QTL жана GWAS ортосунда кандай окшоштуктар бар?
- Алар анализ үчүн ДНК тизмегинин маалыматтарына таянышат.
- Экөө тең ар кандай каармандардын генетикалык теги менен байланышкан.
- Мындан тышкары, алар жыйынтыктарды чыгаруу жана чечмелөө үчүн биоинформатика куралдарын талап кылат.
- Алар көп популяцияларда жасалат.
QTL жана GWAS ортосунда кандай айырма бар?
QTL байланышкан ген локустарын колдонуу менен полигендик тукум куучулук менен байланышкан фенотиптик белгилерди талдайт, ал эми GWAS бүт геном тизмегин колдонуу менен белгилүү бир шарттын бир нуклеотиддик полиморфизмдерин талдайт. Ошентип, бул QTL жана GWAS ортосундагы негизги айырма. QTL картасы GWASга караганда салыштырмалуу азыраак татаал техника, анткени ал бүт геномдун секвенирлөөсүн талап кылат.
Төмөнкү инфографика QTL менен GWAS ортосундагы айырманы таблица түрүндө жалпылайт.
Кыскача – QTL жана GWAS
QTL картасы жана GWAS ар кандай фенотиптик белгилердин генетикалык фонун аныктоодо чоң роль ойнойт. Алар ошондой эле ар кандай оорулардын генетикалык өбөлгөлөрүн талдоого жардам берет. QTL картасы үзгүлтүксүз белгилер үчүн жооптуу байланыш гендерин түзөт, ошондой эле полигендик тукум куучулук гендердин картасын камтыйт. GWAS, экинчи жагынан, бир нуклеотиддик полиморфизмдер үчүн бүт геномду талдоо менен ишке ашат. Мындан тышкары, бул көбүрөөк калктын арасында ишке ашат. Ошентип, бул QTL менен GWAS ортосундагы айырманын корутундусу.
