Ник котормосунун акыркы толтуруунун негизги айырмасы - бул ар кандай гибриддештирүү реакциялары үчүн энбелгиленген ДНК зонддорун түзүүчү процесс, ал эми аягы толтуруу нуклеотиддерди бир тилкелүү ашыкчаларга кошуу менен бүдөмүк фрагменттерди түзүүчү ыкма.
Ник котормосу жана аягына толтуруу - молекулярдык биологияда колдонулган эки ыкма. Ник котормосу белгилүү бир нуклеотиддердин ырааттуулугун аныктоо үчүн гибриддештирүү үчүн зонддорду белгилөө үчүн колдонулат. Аяк толтуруу жабышчаак учтары бир жиптүү ашмалтайы бар туңгуюк фрагменттерди жасоо үчүн колдонулат. Эки техника тең чоң мааниге ээ жана алар молекулярдык изилдөө лабораторияларында үзгүлтүксүз аткарылат.
Ник котормосу деген эмне?
Ник котормосу ар кандай молекулярдык биологиялык ыкмалар үчүн маркаланган зонддорду даярдоо үчүн колдонулган маанилүү ыкма, мисалы, тазалоо, in situ гибриддештирүү, флуоресценттик in situ гибриддештирүү ж.б. Бул ДНКны белгилөөнүн in vitro ыкмасы. ДНК зонддору белгилүү ДНК же РНК тизмегин аныктоо үчүн колдонулат. Белгиленген зонддун жардамы менен нуклеин кислотасынын татаал аралашмасынан белгилүү фрагменттерди белгилөө же көрүү мүмкүн. Ошондуктан маркаланган зонддор ар кандай ыкмаларды колдонуу менен даярдалат. Ник которуу DNase 1 жана ДНК полимераза 1 ферменттеринин жардамы менен белгиленген зонддорду чыгарган ушундай ыкмалардын бири.
01-сүрөт: Ник котормосу
Ник которуу процесси DNase 1 ферментинин активдүүлүгү менен башталат. DNase 1 нуклеотиддердин ортосундагы фосфодиэстер байланыштарын ажыратуу жолу менен кош тилкелүү ДНКнын фосфат омурткасына никс киргизет. Ник түзүлгөндөн кийин, нуклеотиддин эркин 3′ OH тобу пайда болот жана ага ДНК полимераз 1 ферменти таасир этет. ДНК-полимераза 1дин 5′тен 3′ чейин экзонуклеазалык активдүүлүгү нуклеотиддерди никтен ДНК тилкесинин 3′ багытын көздөй жок кылат.
Ошол эле учурда ДНК-полимераза 1 ферментинин полимераздык активдүүлүгү иштейт жана алынып салынган нуклеотиддердин ордуна нуклеотиддерди кошот. Эгерде нуклеотиддер белгиленген болсо, алмаштыруу белгиленген нуклеотиддер менен ишке ашат жана ал идентификация үчүн ДНКны белгилейт. Акырында, бул жаңы синтезделген энбелгиленген ДНК ар кандай гибриддештирүү реакцияларында зонд катары колдонулушу мүмкүн.
Соңку толтуруу деген эмне?
Акырын толтуруу - бул молекулярдык биологияда туңгуюк фрагменттерди жасоо үчүн колдонулган ыкма. Чектөө тамак сиңирүү ашыкча бөлүктөрү менен пайда кылат. Бул фрагменттер плазмиддик векторлорго байланууга шайкеш келбеши мүмкүн. Шайкеш келбеген учтарды бириктирүүгө мүмкүндүк берүү үчүн векторлор көбүнчө бүдөмүк. Ошондуктан, ашыкча фрагменттерди нуклеотиддерди комплементарлык жипке кошуу менен полимеризациянын шаблону катары ашыкча бөлүктөрдү колдонуу менен өчүрүүгө болот. Бул процесс аягына толтуруу деп аталат.
ДНК полимеразалары, мисалы, ДНК Полимераза I жана T4 ДНК Полимеразанын Кленов фрагменти аягы толтурууну катализдейт. Алар (5′ → 3′) толтуруу үчүн нуклеотиддерди кошуп, кайра чайнашат (3′ → 5′). Жабышкак учтары толтурулгандан кийин, алар тунук болуп, векторго байланганга даяр.
Мындан тышкары, аягы толтурууну ДНК молекулаларын белгилөө үчүн колдонсо болот. Бирок, аны жабышчаак учтары бар ДНК молекулаларын белгилөө үчүн гана колдонсо болот. Ник котормосуна салыштырмалуу, аягы толтуруу ДНКнын сейрек бузулушуна алып келген жумшак ыкма.
Nick Translation жана End Filling ортосунда кандай окшоштуктар бар?
- Ник котормосу да, аягына толтуруу да молекулярдык биологиялык ыкмалар.
- Аларды зонддорду белгилөө үчүн колдонсо болот.
- Экөө тең in vitro
Nick Translation жана End Filling ортосунда кандай айырма бар?
Ник котормосу - гибриддештирүү үчүн белгиленген зонддорду түзгөн ыкма. Ал эми, аягы толтуруу векторлорго байлоо үчүн туюк фрагменттерди түзүүчү ыкма. Ошентип, бул ник котормосу менен аягы толтуруунун ортосундагы негизги айырма. Андан тышкары, Ник котормосу 5'-3′ экзонуклеаза активдүүлүгүн колдонууну талап кылат, ал эми аягы толтуруу 5’-3′ экзонуклеаза активдүүлүгүн талап кылбайт.
Төмөнкү инфографикада ник котормосунун жана аягына толтуруунун ортосундагы айырмачылыктар кененирээк берилген.
Корытынды – Ник котормосуна каршы бүтүрүү
Ник котормосу – бул радиобелгиленген нуклеотиддерди ДНКга камтыган ыкма. Ал DNase 1 жана E. coli ДНК полимераза 1 ферменттеринин активдүүлүгүнүн негизинде маркаланган зонддорду синтездейт. Экинчи жагынан, акырын толтуруу - бул туюк сыныктарды чыгаруучу техника. Фрагменттердин жабышчаак учтары болгондо (бир жиптүү ылдыйда), векторлорго байлануу үчүн аларды туюк учтар кылуу керек. Аяк толтуруу бири-бирине дал келген нуклеотиддерди кошот жана байламтага ылайыктуу болушу үчүн туңгуюк учу фрагменттерди жаратат. Ошентип, бул ник котормосу менен аягы толтуруунун ортосундагы айырманы жалпылайт.
