MLVA менен MLSTтин негизги айырмасы MLVA микроб түрлөрүн мүнөздөш үчүн тандемдик кайталануучу ДНК ырааттуулугунун полиморфизмин колдонот, ал эми MLST микроб түрлөрүн мүнөздөө үчүн көп чарбалык гендердин ички фрагменттеринин ДНК тизмегинин полиморфизмин колдонот.
Микробдук терүү адатта инфекциянын булагын жана жолдорун аныктоо үчүн колдонулат. Бул эпидемияны тастыктайт же жокко чыгарат. Микробдорду терүү ошондой эле саламаттыкты сактоо менен байланышкан патогендердин кайчылаш өтүшүн байкайт жана вируленттүү штаммдарды тааныйт. Мындан тышкары, микробдук типтөө патогендик микроб түрлөрүнө каршы күрөшүү чараларынын натыйжалуулугун баалайт. MLVA жана MLST - микробдорду терүүдө колдонулган эки молекулярдык биологиялык ыкма.
MLVA деген эмне?
Бир нече локус VNTR анализи (MLVA) микроб түрлөрүн мүнөздөш үчүн тандемдик кайталануучу ДНК тизмегинин полиморфизмин колдонгон молекулярдык биологиялык ыкма. Бул микробдордун белгилүү бир түрлөрүнүн генетикалык анализи үчүн колдонулган ыкма.
MLVAнын биринчи кадамында ар бир максаттуу VNTR локусу ПТР аркылуу капталдагы аймакка тиешелүү праймерлер менен күчөтүлөт. Андан кийин алынган фрагменттердин өлчөмү капиллярдык секвенерде электрофорез аркылуу бөлүнөт. Ар бир локустун генотиптери жана ар бир үлгүдөн алынган натыйжалар түрү белгилүү болгон микроорганизмди мүнөздөөгө мүмкүндүк берет. Ал ошондой эле аллелдерди терүү жана MLVA маалымат базаларына салыштыруу аркылуу түрчөлөрдү аныктоого мүмкүндүк берет.
01-сүрөт: MLVA
Бул MLVA ыкмасы MLST ыкмасына караганда көбүрөөк тандалма. Мындан тышкары, MLVA ыкмасы ДНК секвенирлөө кадамын талап кылбайт. Ошентип, ал жакын түрчөлөрдү же клондук түрлөрдү айырмалоого мүмкүндүк берет.
MLST деген эмне?
Multilocus sequence typing (MLST) – микроб түрлөрүн мүнөздөө үчүн бир нече үй гендердин ички фрагменттеринин ДНК тизмегинин полиморфизмин колдонгон ыкма. MLST – бир нече локустарды терүү үчүн генетикалык анализдин ыкмасы.
02-сүрөт: MLST
Бул микробдук түрлөрдүн ар кандай штаммдарын айырмалоо үчүн маалымдама ыкмасы катары колдонулган секвенирлөөнүн бир түрү. Бул ыкма чарбалык гендердин секвенирлөөсүнө негизделген. Үй чарба гендери, адатта, бактерия сыяктуу микробдук агенттердин маанилүү белокторун коддойт. Үй чарба гендердин бул ырааттуулугу убакыттын өтүшү менен туруктуу полиморфизмди көрсөтүү өзгөчөлүгүнө ээ. Демек, чарбалык гендердин ырааттуулугундагы айырмачылыктар штаммдарды бири-биринен айырмалоо үчүн жетиштүү. Андан тышкары, иштелип чыккан биринчи MLST схемасы Neisseria meningitidis, менингококк менингитинин жана септицемиянын козгогучу. MLST киргизилгенден бери адамдын козгогучтары үчүн гана эмес, өсүмдүктөрдүн козгогучтары үчүн да колдонулуп келет.
MLVA менен MLSTтин кандай окшоштуктары бар?
- MLVA жана MLST - микробдорду терүүдө колдонулган эки молекулярдык биологиялык ыкма.
- Эки ыкманы тең микробдордун филогенетикалык анализи үчүн колдонсо болот.
- Эки техника тең генетикалык полиморфизмге негизделген.
- Аларды микробдук козгогучтарды пайда кылган адамдын ооруларын аныктоо үчүн колдонсо болот.
- Эки ыкманы тең тажрыйбалуу молекулярдык биологдор аткарышы керек.
MLVA менен MLSTтин ортосунда кандай айырма бар?
MLVA – микроб түрлөрүн мүнөздөө үчүн тандемдик кайталануучу ДНК тизмегинин полиморфизмин колдонгон ыкма. Ошол эле учурда, MLST микроб түрлөрүн мүнөздөө үчүн бир нече үй чарба гендердин ички фрагменттеринин ДНК тизмегинин полиморфизмин колдонгон ыкма. Ошентип, бул MLVA жана MLST ортосундагы негизги айырма. Андан тышкары, MLVA ыкмасы MLST ыкмасына караганда көбүрөөк тандалма.
Төмөнкү инфографикада MLVA менен MLST ортосундагы айырмачылыктар жанаша салыштыруу үчүн таблица түрүндө берилген.
Кыскача маалымат – MLVA менен MLST
MLVA жана MLST микробдорду терүүдө колдонулган эки молекулярдык биологиялык ыкмалар. MLVA микроб түрлөрүн мүнөздөө үчүн тандемдик кайталануучу ДНК ырааттуулугунун полиморфизмин колдонот, ал эми MLST микроб түрлөрүн мүнөздөө үчүн бир нече үй гендердин ички фрагменттеринин ДНК тизмегинин полиморфизмин колдонот. Демек, бул MLVA менен MLST ортосундагы негизги айырма.
